Locus 4355

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>2R_DroMel_CAF1 14325074 102 + 20766785
GUUUCGGUAAUCUGACACCUAUAUUGAUCUUCAGCCCAGUCAAUGGGC---AAUCACCC--AUCGAUUAGCAUUCCUAAUCA-------GUCGCAUUAUCAGCCGCAUUAUCAG
.....((((((.((((.................(((((.....)))))---........--...((((((.....)))))).-------)))).)))))).............. ( -24.20)
>DroSec_CAF1 1605 102 + 1
GUUGGGGUAAUCUGACACCUAUAUUGAUCUUCAGCCCAGUCAAUGGGC---AAUCACCC--AACGAUUAGCAUUCCUAAUCA-------GUCGCAUUAUCAGCCCCAUUAUCAG
..(((((((((.((((.................(((((.....)))))---........--...((((((.....)))))).-------)))).)))....))))))....... ( -28.20)
>DroSim_CAF1 1605 102 + 1
GUUGGGGUAAUCUGACACCUAUAUUGAUCUUCAGCCCAGUCAAUGGGC---AAUCACCC--AUCGAUUAGCAUUCCUAAUCA-------GCCGCAUUAUCAGCCCCAUUAUCAG
..(((((....((((..................(((((.....)))))---........--...((((((.....)))))).-------.........)))))))))....... ( -25.40)
>DroEre_CAF1 1585 90 + 1
GUUUGUGCAAUCUGACACCUAUAUUGAUCUUCAGCCCAGUCAAUGGGC---AAUCAGCCGCAU--------------UAUCA-------GCCGUAUUAUCAACCGCAUUAUCAU
(...((((...((((.........((.....))(((((.....)))))---..))))..))))--------------...).-------((.((.......)).))........ ( -17.60)
>DroYak_CAF1 1588 104 + 1
GGUUGGGUAAUCUGACACCCAUAUUGAUCUUCAGCCCAGUCAAUGGGC---AAUCACCCCCAUCGAUUAGCACAGCUAAUCA-------GUCGCAUUAUCAGCGGCAUUAUCAU
((((((((........)))))............(((((.....)))))---....)))......(((((((...))))))).-------(((((.......)))))........ ( -31.80)
>DroAna_CAF1 1984 110 + 1
GGCUGUGUAAUCAGAAUCCCAUUUUGAUCUUCAGCCCAAUCAAUGGGGUCCGGACA-CU--AUCGAUUAGUUACGGUUAUCAGCUAUCAGGCGUGUUAUCAAUAGCUGU-UCAA
(((((....((((((((...))))))))...))))).((((.((((.((....)).-))--)).)))).(..((((((((..(((....))).((....))))))))))-.).. ( -24.90)
>consensus
GUUUGGGUAAUCUGACACCUAUAUUGAUCUUCAGCCCAGUCAAUGGGC___AAUCACCC__AUCGAUUAGCAUUCCUAAUCA_______GUCGCAUUAUCAGCCGCAUUAUCAG
.....((((((.((..........((((.....(((((.....)))))....))))........((((((.....))))))..........)).)))))).............. (-11.51 = -13.32 +   1.81) 

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Window 3

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>2R_DroMel_CAF1 14325074 102 - 20766785
CUGAUAAUGCGGCUGAUAAUGCGAC-------UGAUUAGGAAUGCUAAUCGAU--GGGUGAUU---GCCCAUUGACUGGGCUGAAGAUCAAUAUAGGUGUCAGAUUACCGAAAC
.((((....(((((.(.........-------.((((((.....))))))(((--((((....---)))))))...).)))))...)))).....((((......))))..... ( -28.40)
>DroSec_CAF1 1605 102 - 1
CUGAUAAUGGGGCUGAUAAUGCGAC-------UGAUUAGGAAUGCUAAUCGUU--GGGUGAUU---GCCCAUUGACUGGGCUGAAGAUCAAUAUAGGUGUCAGAUUACCCCAAC
.......(((((((((((((.((((-------.((((((.....)))))))))--).))((((---(((((.....)))))....))))........))))))....))))).. ( -33.10)
>DroSim_CAF1 1605 102 - 1
CUGAUAAUGGGGCUGAUAAUGCGGC-------UGAUUAGGAAUGCUAAUCGAU--GGGUGAUU---GCCCAUUGACUGGGCUGAAGAUCAAUAUAGGUGUCAGAUUACCCCAAC
.......(((((((((((.......-------(((((......(((..(((((--((((....---)))))))))...)))....))))).......))))))....))))).. ( -33.64)
>DroEre_CAF1 1585 90 - 1
AUGAUAAUGCGGUUGAUAAUACGGC-------UGAUA--------------AUGCGGCUGAUU---GCCCAUUGACUGGGCUGAAGAUCAAUAUAGGUGUCAGAUUGCACAAAC
.(((((.....((((((....((((-------((...--------------...))))))...---(((((.....))))).....)))))).....)))))............ ( -25.60)
>DroYak_CAF1 1588 104 - 1
AUGAUAAUGCCGCUGAUAAUGCGAC-------UGAUUAGCUGUGCUAAUCGAUGGGGGUGAUU---GCCCAUUGACUGGGCUGAAGAUCAAUAUGGGUGUCAGAUUACCCAACC
.((((...(((((.......))...-------.(((((((...)))))))((((((.(....)---.)))))).....))).....))))...((((((......))))))... ( -32.40)
>DroAna_CAF1 1984 110 - 1
UUGA-ACAGCUAUUGAUAACACGCCUGAUAGCUGAUAACCGUAACUAAUCGAU--AG-UGUCCGGACCCCAUUGAUUGGGCUGAAGAUCAAAAUGGGAUUCUGAUUACACAGCC
....-.((((((((............))))))))...................--.(-(((.((((.((((((((((........)))))..)))))..))))...)))).... ( -25.00)
>consensus
CUGAUAAUGCGGCUGAUAAUGCGAC_______UGAUUAGGAAUGCUAAUCGAU__GGGUGAUU___GCCCAUUGACUGGGCUGAAGAUCAAUAUAGGUGUCAGAUUACCCAAAC
............((((((...............((((((.....))))))........(((((...(((((.....)))))....))))).......))))))........... (-15.58 = -17.30 +   1.72) 

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