Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 14,315,699 – 14,315,803 |
Length | 104 |
Max. P | 0.805694 |
Location | 14,315,699 – 14,315,803 |
---|---|
Length | 104 |
Sequences | 6 |
Columns | 115 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.66 |
Mean single sequence MFE | -26.23 |
Consensus MFE | -18.30 |
Energy contribution | -18.47 |
Covariance contribution | 0.17 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -1.80 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | 0.63 |
SVM RNA-class probability | 0.805694 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 14315699 104 + 20766785 AAUCAAUCAGCAUUUAUGAGCCGCCAUAAAG-GCA-GAGCACCAGC--UUGCUUGGAGUGUUUAUUGGUGGCCAUU-------UAUAGUAUAUUCGCGUAUAUUUUGAUUGAUUG ((((((((((.((..(((.(((((((((((.-((.-(((((.....--.)))))...)).)))).)))))))))).-------.))(((((((....))))))))))))))))). ( -34.70) >DroPse_CAF1 48700 108 + 1 UAUCAAUCAACAUUUAUGAGCUUCUAUAAAAAAAA-GAGUUU------CUGCUUUGAGUGUUUAUUGGAUGCCAUUAGGGGUAUAUAGUAUAGUCUGGUAUAUUUUGAUUGAUUG .(((((((((.((.(((.((((.(((((......(-((((..------..)))))..............((((......)))))))))...)).)).))).)).))))))))).. ( -22.80) >DroEre_CAF1 45536 106 + 1 AAUCAAUCAGCAUUUAUGAGCCGCCAUAAAG-GCA-GUGCGCUAGCACCAGCUUGGAGUGUUUAUUGGCUGCCAUU-------UAUAGUAUAUUCGCGUAUAUUUUGAUUGAUUG ((((((((((.((..(((.((.((((((((.-((.-.(((....)))((.....)).)).)))).)))).))))).-------.))(((((((....))))))))))))))))). ( -29.80) >DroYak_CAF1 45926 107 + 1 AAUCAAUCAGCAUUUAUGAGCCGCCAUAAAG-GCAAGAGCACCAGCACCAGCUUGGAGUGUUUAUUGGCUGCCAUU-------UAUAGUAUAUUCGCGUAUAUUUUGAUUGAUUG ((((((((((.((..(((.((.((((((((.-((..((((..........))))...)).)))).)))).))))).-------.))(((((((....))))))))))))))))). ( -29.00) >DroAna_CAF1 53478 94 + 1 AAUCAAUCAGCAAUUAUGAGCCGCCAUAAAA-CCA-GA------------GCUUGGAGUGUUUAUUGGAUGCCAUU-------UAUAGUAUAUUUUCGUAGAUUUUGAUUGAUUG ((((((((((.(.(((((((...(((((((.-(((-(.------------..))))....)))).)))((((....-------....))))...))))))).).)))))))))). ( -18.30) >DroPer_CAF1 48729 107 + 1 UAUCAAUCAACAUUUAUGAGCUUCUAUAAAA-AAA-GAGUUU------CUGCUUUGAGUGUUUAUUGGAUGCCAUUAGGGGUAUAUAGUAUAGUCUGGUAUAUUUUGAUUGAUUG .(((((((((.((.(((.((((.(((((...-..(-((((..------..)))))..............((((......)))))))))...)).)).))).)).))))))))).. ( -22.80) >consensus AAUCAAUCAGCAUUUAUGAGCCGCCAUAAAA_GCA_GAGCAC______CUGCUUGGAGUGUUUAUUGGAUGCCAUU_______UAUAGUAUAUUCGCGUAUAUUUUGAUUGAUUG ((((((((((.....(((.((.((((((((......((((..........))))......)))).)))).)))))...........((((((......)))))))))))))))). (-18.30 = -18.47 + 0.17)
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