Locus 4303

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	14,148,331 – 14,148,503
Length	172
Max. P	0.876357

overview

Window 4

Location	14,148,331 – 14,148,429
Length	98
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.72
Mean single sequence MFE	-41.32
Consensus MFE	-26.42
Energy contribution	-26.32
Covariance contribution	-0.11
Combinations/Pair	1.33
Mean z-score	-2.51
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	0.75
SVM RNA-class probability	0.840259
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14148331 98 + 20766785
UAGCCACCGCC---------U---ACAGCGGUGUUAUUGCCAUACUUGGGUAGCGAUUGACCAGCUGACCGCUCAUAGCCACCGCGACUAUCU-UCUUUGGUGUCGCGGUG
.(((((((((.---------.---...))))))..............((.((((.........)))).)))))......(((((((((.(((.-.....)))))))))))) ( -36.20)
>DroVir_CAF1 912 96 + 1
UAGCCGG---C---------U---UGGGCCGAGUUAUUGCCGUAUUUGGGCAGCGCUAGUGCAGCUGACCGCUCAUAGCCACCGCGACUAUCUUUCUUUGGUGUCGCGGUG
.....((---(---------(---((((((((((.........)))))((((((((....)).)))).))))))).))))((((((((.(((.......))))))))))). ( -40.90)
>DroGri_CAF1 1106 95 + 1
UAGCCAG---C---------U---GGCGUCGAGUUAUUGCCAUAUUUGGCCAGCGCUUGGACCGCUGAGCGCUCAUAGCCACCGCGACUAUCU-UCUUUGGUGUCGCGGUG
..(((..---.---------.---))).....(((((.((((....)))).((((((..(....)..)))))).)))))(((((((((.(((.-.....)))))))))))) ( -42.70)
>DroWil_CAF1 669 107 + 1
UAGCCGCCACCGCCAGCAGAU---UGGGCUGCAUUGUUGCCGUAUUUGGGCAGGGUUUGGGCAGCUGACCGCUCAUAGCCACCGCGACUAUCU-UCUUUGAUGUCGCGGUG
((((.(((...(((.((((..---....))))....(((((.......))))))))...))).))))...((.....))(((((((((.(((.-.....)))))))))))) ( -45.10)
>DroMoj_CAF1 878 98 + 1
UAGCUGG---C---------UACCUGGGCCGAGUUAUUGCCGUAUUUGGGCAGCGCUUGUGCAGCUGACCGCUCAUAGCCACCGCGACUAUCU-UCUUUGGUGUCGCGGUG
.....((---(---------((..((((((((((.........)))))((((((((....)).)))).))))))))))))((((((((.(((.-.....))))))))))). ( -41.50)
>DroAna_CAF1 632 98 + 1
UAGCCACCGCC---------G---GCAGCCGAGUUAUUGCCGUACUUGGGCAGCGAUUGACCAGCCGAUCGCUCAUAGCCACCGCGACUAUCU-UCUUUGGUGUCGCGGUG
..(((.....(---------(---((((........))))))......)))((((((((......))))))))......(((((((((.(((.-.....)))))))))))) ( -41.50)
>consensus
UAGCCAC___C_________U___UGGGCCGAGUUAUUGCCGUAUUUGGGCAGCGCUUGAGCAGCUGACCGCUCAUAGCCACCGCGACUAUCU_UCUUUGGUGUCGCGGUG
.........................(((((((((.........)))))((((((.........)))).)))))).....(((((((((.(((.......)))))))))))) (-26.42 = -26.32 +  -0.11)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	14,148,331 – 14,148,429
Length	98
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.72
Mean single sequence MFE	-39.24
Consensus MFE	-25.00
Energy contribution	-25.47
Covariance contribution	0.47
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-2.74
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	0.89
SVM RNA-class probability	0.876357
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14148331 98 - 20766785
CACCGCGACACCAAAGA-AGAUAGUCGCGGUGGCUAUGAGCGGUCAGCUGGUCAAUCGCUACCCAAGUAUGGCAAUAACACCGCUGU---A---------GGCGGUGGCUA
(((((((((........-.....)))))))))((((((...((..(((.........)))..))...)))))).....((((((...---.---------.)))))).... ( -39.42)
>DroVir_CAF1 912 96 - 1
CACCGCGACACCAAAGAAAGAUAGUCGCGGUGGCUAUGAGCGGUCAGCUGCACUAGCGCUGCCCAAAUACGGCAAUAACUCGGCCCA---A---------G---CCGGCUA
(((((((((..............)))))))))((((.(.((((....)))).)))))((((((.......))))......((((...---.---------)---))))).. ( -37.84)
>DroGri_CAF1 1106 95 - 1
CACCGCGACACCAAAGA-AGAUAGUCGCGGUGGCUAUGAGCGCUCAGCGGUCCAAGCGCUGGCCAAAUAUGGCAAUAACUCGACGCC---A---------G---CUGGCUA
(((((((((........-.....)))))))))((.....))((.((((((.(((.....))))).....((((...........)))---)---------)---))))).. ( -36.42)
>DroWil_CAF1 669 107 - 1
CACCGCGACAUCAAAGA-AGAUAGUCGCGGUGGCUAUGAGCGGUCAGCUGCCCAAACCCUGCCCAAAUACGGCAACAAUGCAGCCCA---AUCUGCUGGCGGUGGCGGCUA
((((((((((((.....-.))).)))))))))......(((.((((.(((((.......((((.......)))).....((((....---..)))).))))))))).))). ( -46.10)
>DroMoj_CAF1 878 98 - 1
CACCGCGACACCAAAGA-AGAUAGUCGCGGUGGCUAUGAGCGGUCAGCUGCACAAGCGCUGCCCAAAUACGGCAAUAACUCGGCCCAGGUA---------G---CCAGCUA
.((((((((........-.....))))))))((((((..(.((((.(((.....)))((((........))))........)))))..)))---------)---))..... ( -37.12)
>DroAna_CAF1 632 98 - 1
CACCGCGACACCAAAGA-AGAUAGUCGCGGUGGCUAUGAGCGAUCGGCUGGUCAAUCGCUGCCCAAGUACGGCAAUAACUCGGCUGC---C---------GGCGGUGGCUA
(((((((((........-.....)))))))))......(((.((((.((((.((..((.((((.......))))......))..)))---)---------)))))).))). ( -38.52)
>consensus
CACCGCGACACCAAAGA_AGAUAGUCGCGGUGGCUAUGAGCGGUCAGCUGCACAAGCGCUGCCCAAAUACGGCAAUAACUCGGCCCA___A_________G___CCGGCUA
(((((((((..............)))))))))......(((((.((((.((....)))))).))......(((.........)))......................))). (-25.00 = -25.47 +   0.47)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	14,148,350 – 14,148,466
Length	116
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	87.70
Mean single sequence MFE	-47.24
Consensus MFE	-35.93
Energy contribution	-35.79
Covariance contribution	-0.14
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-3.22
Structure conservation index	0.76
SVM decision value	0.62
SVM RNA-class probability	0.801818
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14148350 116 - 20766785
AGGUGGUAC---UCAUCAACAACGGGAUUUUCGGCCUGGCCACCGCGACACCAAAGA-AGAUAGUCGCGGUGGCUAUGAGCGGUCAGCUGGUCAAUCGCUACCCAAGUAUGGCAAUAACA
.((((((.(---((.........)))......(((((((((((((((((........-.....)))))))))))))..(((.....)))))))....))))))................. ( -42.02)
>DroVir_CAF1 928 117 - 1
CGGCGGCAA---UCAUCAACAACGGGAUUUUCGGCAUGGCCACCGCGACACCAAAGAAAGAUAGUCGCGGUGGCUAUGAGCGGUCAGCUGCACUAGCGCUGCCCAAAUACGGCAAUAACU
.((((((..---......................(((((((((((((((..............))))))))))))))).((((....))))......))))))................. ( -46.84)
>DroGri_CAF1 1122 119 - 1
CGGCGGCAGCCACCAGCAACAACGGGAUUUUCGGCAUGGCCACCGCGACACCAAAGA-AGAUAGUCGCGGUGGCUAUGAGCGCUCAGCGGUCCAAGCGCUGGCCAAAUAUGGCAAUAACU
.(((....)))..((((.......(((((.....(((((((((((((((........-.....))))))))))))))).((.....)))))))....))))((((....))))....... ( -50.92)
>DroWil_CAF1 697 119 - 1
AGGUGGAGGCCAGCAUCAACAACGGGAUUUUCGGCCUGGCCACCGCGACAUCAAAGA-AGAUAGUCGCGGUGGCUAUGAGCGGUCAGCUGCCCAAACCCUGCCCAAAUACGGCAACAAUG
.((..(.((((.((.(((....((((........))))((((((((((((((.....-.))).)))))))))))..)))))))))..)..)).......((((.......))))...... ( -49.40)
>DroMoj_CAF1 897 116 - 1
CGGCGGUAA---UCAUCAACAACGGGAUUUUCGGCAUGGCCACCGCGACACCAAAGA-AGAUAGUCGCGGUGGCUAUGAGCGGUCAGCUGCACAAGCGCUGCCCAAAUACGGCAAUAACU
..((.(((.---......................(((((((((((((((........-.....)))))))))))))))...((.((((.((....)))))).))...))).))....... ( -45.82)
>DroAna_CAF1 651 116 - 1
AGGCAGUGC---UCAUCAACAACGGGAUUUUCGGCCUGGCCACCGCGACACCAAAGA-AGAUAGUCGCGGUGGCUAUGAGCGAUCGGCUGGUCAAUCGCUGCCCAAGUACGGCAAUAACU
.((((((((---((((......((((........))))(((((((((((........-.....))))))))))).))))))((((....))))....))))))................. ( -48.42)
>consensus
AGGCGGUAA___UCAUCAACAACGGGAUUUUCGGCAUGGCCACCGCGACACCAAAGA_AGAUAGUCGCGGUGGCUAUGAGCGGUCAGCUGCACAAGCGCUGCCCAAAUACGGCAAUAACU
.((((((.......(((........)))...((((.(((((((((((((..............)))))))))))))(((....))))))).......))))))................. (-35.93 = -35.79 +  -0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	14,148,390 – 14,148,503
Length	113
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	88.81
Mean single sequence MFE	-47.94
Consensus MFE	-35.96
Energy contribution	-35.37
Covariance contribution	-0.58
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-2.82
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	-0.01
SVM RNA-class probability	0.530692
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14148390 113 - 20766785
GGAACCGGGGCAGCAGCCAGAGU---AGCUAUCGCUCGGGAGGUGGUAC---UCAUCAACAACGGGAUUUUCGGCCUGGCCACCGCGACACCAAAGA-AGAUAGUCGCGGUGGCUAUGAG
((..(((((((....))).((((---(.(((((........))))))))---))................))))))(((((((((((((........-.....))))))))))))).... ( -45.12)
>DroVir_CAF1 968 114 - 1
GCAAUCGAGGCAGCAGCCAGAGC---AGCUAUCGCUCGGGCGGCGGCAA---UCAUCAACAACGGGAUUUUCGGCAUGGCCACCGCGACACCAAAGAAAGAUAGUCGCGGUGGCUAUGAG
....(((((((.((.(((.((((---.......)))).))).)).))((---((.((......)))))))))))(((((((((((((((..............))))))))))))))).. ( -50.14)
>DroGri_CAF1 1162 116 - 1
GCAAUCGCGGCAACAGCCAGAGC---AGCUAUCGCUCCGGCGGCGGCAGCCACCAGCAACAACGGGAUUUUCGGCAUGGCCACCGCGACACCAAAGA-AGAUAGUCGCGGUGGCUAUGAG
..((((.((......(((.((((---.......)))).)))(((....)))...........)).)))).....(((((((((((((((........-.....))))))))))))))).. ( -52.02)
>DroWil_CAF1 737 116 - 1
GAAAUCGGGGCAACAGCCAAAGC---AGCUAUCGCUCUGGAGGUGGAGGCCAGCAUCAACAACGGGAUUUUCGGCCUGGCCACCGCGACAUCAAAGA-AGAUAGUCGCGGUGGCUAUGAG
....(((((((...(((......---.)))...)))))))......(((((((.(((........))).)).)))))(((((((((((((((.....-.))).))))))))))))..... ( -47.20)
>DroMoj_CAF1 937 116 - 1
GUAACCGAGGCAGCAGCCAAAGCAGCAGCUAUCGCUCCGGCGGCGGUAA---UCAUCAACAACGGGAUUUUCGGCAUGGCCACCGCGACACCAAAGA-AGAUAGUCGCGGUGGCUAUGAG
....(((((((.((.((....)).)).))(((((((.....))))))).---.................)))))(((((((((((((((........-.....))))))))))))))).. ( -46.52)
>DroAna_CAF1 691 113 - 1
GUAACCGGGGCAGCAGCCAGAGC---AGUUAUCGCUCCGGAGGCAGUGC---UCAUCAACAACGGGAUUUUCGGCCUGGCCACCGCGACACCAAAGA-AGAUAGUCGCGGUGGCUAUGAG
((..((((((((((.((....))---.)))...)))))))..))....(---((((......((((........))))(((((((((((........-.....))))))))))).))))) ( -46.62)
>consensus
GCAACCGGGGCAGCAGCCAGAGC___AGCUAUCGCUCCGGAGGCGGUAA___UCAUCAACAACGGGAUUUUCGGCAUGGCCACCGCGACACCAAAGA_AGAUAGUCGCGGUGGCUAUGAG
....(((.(((....)))..(((....))).(((((.....)))))................)))...........(((((((((((((..............))))))))))))).... (-35.96 = -35.37 +  -0.58)

alignment

secondary structure

dotplot

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