Locus 4301

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 14,143,617 – 14,143,734
Length 117
Max. P 0.683074
window6901

overview

Window 1

Location 14,143,617 – 14,143,734
Length 117
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.77
Mean single sequence MFE -49.68
Consensus MFE -39.24
Energy contribution -39.92
Covariance contribution 0.67
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -2.50
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 0.31
SVM RNA-class probability 0.683074
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14143617 117 - 20766785
GCUGCGGAUGGGAGGGCAAAGAGGGAUGCAACACCUUCUCCACGAACGGAUUCGUCUCCAGGUAUUUGGCAACCUUCAGAGCAUUCUUCUGGUGCUGUUCCAUGCGCAGCGAGAGCG
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>DroSec_CAF1 3441 117 - 1
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>DroSim_CAF1 3418 117 - 1
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>DroEre_CAF1 3432 117 - 1
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>DroYak_CAF1 3393 117 - 1
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>DroAna_CAF1 3434 117 - 1
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>consensus
GCUGCGGAUGGGAGGGCAAAGAGGGAUGCAACACCUUCUCCACGAACGGAUGCGUCUCCAGGUAUUUGGCAAUCUUCAGAGCAUUCUUCUGGUGCUGCUCCAUGCGCAGCGAGAGGG
((((((.(((((..((((.((((((........))))))(((.(((.((((((.(((..((((........))))..)))))))))))))))))))..))))).))))))....... (-39.24 = -39.92 +   0.67)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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