Locus 430

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 2,498,331 – 2,498,451
Length 120
Max. P 0.945596
window834

overview

Window 4

Location 2,498,331 – 2,498,451
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.22
Mean single sequence MFE -49.38
Consensus MFE -25.56
Energy contribution -26.95
Covariance contribution 1.39
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -2.79
Structure conservation index 0.52
SVM decision value 1.35
SVM RNA-class probability 0.945596
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2498331 120 - 20766785
CUUCUUGAGUUGGACGGUCAGCUGAUGCUUCUGGCUGUGCAGAUCGGCCAGCUGCUCGUCCAGUCGGGUUAUCUGGCCGCGUGUGUCAUCCAGGGCCACCUGGUUCUGGCGCUCCACCUC
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>DroVir_CAF1 16302 120 - 1
CUUCUUCAGUUGCACCACCAGCUGGUGCUUCUUGUGGUGCAAAUCGGCCAGCUGCUCGUCCAGUCGGCUGAUCUCACCACGUGUAUCCGCUAGCGACAAAUUAUUUUCGCGUUCACGUGC
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>DroPse_CAF1 11838 120 - 1
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>DroEre_CAF1 10112 120 - 1
CUUUUUAAGUUGGACGGUGAGCUGAUGCUUCUGGCUGUGCAGGUCGGCCAGCUGCUCAUCCAGUCGGGUGAUCUGGCCGCGUGUAUCGUCCAGGGCCACCUGGUUCUGGCGGUCUACCUC
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>DroAna_CAF1 10674 120 - 1
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>DroPer_CAF1 13093 120 - 1
CUUCUUAAGCUGGACCAACAGCUGGUGCUUCUGACUGUGCAGAUCCGCCAGCUGCUCGUCCAGCUUGGUGAUCUCGUCACGUGUUUCCUCCAGAGCCUGCUGGUUCUCGCGCUCCCGCUC
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>consensus
CUUCUUAAGCUGGACCAUCAGCUGGUGCUUCUGACUGUGCAGAUCGGCCAGCUGCUCGUCCAGCCGGGUGAUCUCGCCACGUGUAUCCUCCAGAGCCAGCUGGUUCUCGCGCUCCCGCUC
........(((((((.(.((((((((...((((......))))...)))))))).).)))))))...(((.......)))((((.....((((......)))).....))))........ (-25.56 = -26.95 +   1.39)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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