| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 14,074,869 – 14,074,964 |
| Length | 95 |
| Max. P | 0.876429 |
| Location | 14,074,869 – 14,074,964 |
|---|---|
| Length | 95 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 101 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 76.41 |
| Mean single sequence MFE | -39.58 |
| Consensus MFE | -15.41 |
| Energy contribution | -14.17 |
| Covariance contribution | -1.25 |
| Combinations/Pair | 1.61 |
| Mean z-score | -2.50 |
| Structure conservation index | 0.39 |
| SVM decision value | 0.89 |
| SVM RNA-class probability | 0.876429 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 14074869 95 - 20766785 UUGACUCUGGCGGAUCCAGGAG---AUUUGGAU---CCCAGGGCGGAGCUAAUAGAAGCGGUUAACAAAACACUGGUUAACAAGCCACUGGUUAGGAGCUC ..(..((((((((((((((...---..))))))---))((((((...(((......))).((((((.........))))))..))).)))))))))..).. ( -32.00) >DroPse_CAF1 1735 98 - 1 CUCACUCUGGCCGAUUUGGGGGCCAACGCGGGG---CCGAAUGCGGAGCUGAUCGAGGCCGUUAACAAGCCUCUGAUCAGCAAGCCGCUGGUGAGAAGCUC ((((((.(((((........)))))..((((..---(((....))).((((((((((((.........))))).)))))))...)))).))))))...... ( -45.70) >DroEre_CAF1 1472 95 - 1 UUGACUCUGACGGAUCCAGGAG---AUCUGGAU---CCAAGGGCGGAGCUCAUAGAGGCGGUUAACAAAACACUGGUUAGCAAGCCACUGGUCAGGAGCUC .((.((((...((((((((...---..))))))---)).))))))((((((.(((.(((.((((((.........))))))..))).))).....)))))) ( -37.30) >DroYak_CAF1 1622 95 - 1 UUGACGCUGGCGGAUCCAGGAG---AUCUGGAU---CCACGGGCGGAGCUCAUUGAGGCGGUGAACAAGACACUGGUUAGCAAGCCGCUGGUCAGGAGCUC ....((((.(.((((((((...---..))))))---)).).))))((((((.((((((((((......(((....))).....))))))..)))))))))) ( -45.00) >DroAna_CAF1 1617 98 - 1 UUAACUCUGGCCGACCUGGAAG---CUAUGGAUGAGCCCAGUGCCGAGCUGAUCGAGGCCAUCAACAAGCCGCUGAUCAGCAAGCCCCUUGUCAGGAGCUC .......((((....((((..(---((.......))))))).)))).((((((((.(((.........)))..)))))))).(((.(((....))).))). ( -31.80) >DroPer_CAF1 1633 98 - 1 CUCACUCUGGCCGAUUUGGGGGCCAACGCGGGG---CCGAAUGCGGAGCUGAUCGAGGCCGUUAACAAGCCUCUGAUCAGCAAGCCGCUGGUGAGAAGCUC ((((((.(((((........)))))..((((..---(((....))).((((((((((((.........))))).)))))))...)))).))))))...... ( -45.70) >consensus UUGACUCUGGCCGAUCCAGGAG___AUCUGGAU___CCAAGGGCGGAGCUGAUCGAGGCCGUUAACAAGACACUGAUCAGCAAGCCGCUGGUCAGGAGCUC (((((..((((...((((.(......).))))...............((((((((..(............)..))))))))..))))...)))))...... (-15.41 = -14.17 + -1.25)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:15:36 2006