Locus 4262

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 14,074,727 – 14,074,841
Length 114
Max. P 0.607548
window6841

overview

Window 1

Location 14,074,727 – 14,074,841
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.56
Mean single sequence MFE -57.97
Consensus MFE -32.93
Energy contribution -33.41
Covariance contribution 0.48
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -1.93
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 0.15
SVM RNA-class probability 0.607548
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14074727 114 + 20766785
CUCCAGCUCGGCCAGCUGUUCGGCAGUGGGCAGCUUAAUAGGCACUCCACCGCCCAAAGUGCUGGCCUUGGCGCCCAAACUCU------UGGUGCGGGCAUAGGUCAACAGCGGUGAACU
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>DroVir_CAF1 1867 120 + 1
CUCCAGCUCGGCCAGCUGCUCGGCGGUGGGCAGCCGCAGAGGCAUGCCGCCGCCCAGCGUGCUGGCCUUACCGCUCUGACUCUUGAGCUUGGUGCGCGCAUAUGUCUGCAGCGGGGAGCU
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>DroPse_CAF1 1593 114 + 1
CUCCAGCUCCGCCAGCUGCUCGGCCGUGGGCAGCUUCAGGGGCACUCCCGCGCCCAGGGUCGAGGCCUUGGCACUGAGGCUCU------UGGUGCGGGCGUAGGUCAGCAGCGGGGAGCU
....((((((.((.((((((.(((((((((..(((.....)))...)))))(((((((((....))))).((((..((...))------..))))))))...)))))))))))))))))) ( -65.00)
>DroMoj_CAF1 2094 120 + 1
CUCCAGCUCAGCCAGCUGCUCGGCCGUGGGCAGCCGCAGUGGCAUGCCGCCACCCAAGGUGCUCGCCUUGCCACUCUGGCUCUUCAGCUUGGUGCGCGCAUACGUCUGCAGCGGGGAGCC
.....((((..((.(((((..(((.(((.(((((((.(((((((.((((((......))))...))..))))))).))))).....((.....)))).)))..))).))))))).)))). ( -53.00)
>DroAna_CAF1 1475 114 + 1
CUCCAGCUCGGCCAGUUGCUCGGCAGUUGGCAGCUUUAUGGGCACUCCGCCGCCCAAGGUGCUGGCCUUGGCACCCAGACUCU------UGGUGCGGGCAUAGGUCAGCAGUGGAGAGCU
((((((((.((((...((((((((....((((.((...(((((........))))))).)))).)))...(((((.((...))------.))))))))))..)))))))..))))).... ( -50.80)
>DroPer_CAF1 1491 114 + 1
CUCCAGCUCCGCCAGCUGCUCGGCCGUGGGCAGUUUCAGGGGCACUCCCGCGCCCAGGGUCGAGGCCUUGGCACUGAGGCUCU------UGGUGCGGGCGUAGGUCAGCAGCGGGGAGCU
....((((((.((.((((((.(((((((((.(((.(.....).))))))))(((((((((....))))).((((..((...))------..))))))))...)))))))))))))))))) ( -64.10)
>consensus
CUCCAGCUCGGCCAGCUGCUCGGCCGUGGGCAGCUUCAGGGGCACUCCGCCGCCCAAGGUGCUGGCCUUGGCACUCAGACUCU______UGGUGCGGGCAUAGGUCAGCAGCGGGGAGCU
((((.(((..((((((((((((....))))))))).....)))........(((((((((....))))).(((((...............)))))))))..........))))))).... (-32.93 = -33.41 +   0.48)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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