| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 14,074,487 – 14,074,607 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.861511 |
| Location | 14,074,487 – 14,074,607 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 80.33 |
| Mean single sequence MFE | -48.12 |
| Consensus MFE | -32.91 |
| Energy contribution | -33.42 |
| Covariance contribution | 0.51 |
| Combinations/Pair | 1.47 |
| Mean z-score | -1.98 |
| Structure conservation index | 0.68 |
| SVM decision value | 0.83 |
| SVM RNA-class probability | 0.861511 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 14074487 120 - 20766785 UGCUCCACCUCCUCCAGUUCCAGUUCCGGUUCGGACCAACUGCUCAAUGGAAAACUGAUGGCCACUUCCUACUUGGCUAGCGUAGAAAGUCUGGCGGAGAGUGAGAACGAGCUGGGCGAU .(((((((((((.(((((((((....(((((......))))).....)))))..(((.((((((.........))))))...))).....)))).)))).))).....))))........ ( -36.80) >DroVir_CAF1 1627 120 - 1 UGCUCCACAUCGUCCAGUUCGAGCUCUGGCUCCGAUCAGCUGCUCAAUGGCAAGCUGGCUGCCACCUCGUAUUUGGCCAGCGUCGAGAGCCUGGCCGAGAGCGAGAACGAGCUGGGCGAU ........(((((((((((((.....((((...(.(((((((((....))).))))))).)))).(((((.(((((((((.(.(....))))))))))).)))))..))))))))))))) ( -61.40) >DroGri_CAF1 1786 120 - 1 UGCUCAACAUCCUCGAGCUCAAGUUCUGGCUCCGAUCAGCUGCUCAACGGCAAGCUGACAGCCACAUCGUAUUUGGCCAGCGUGGAGAGCUUGGCCGAGAGCGAGAACGAGCUGGGCGAU ........((((((.(((((..(((((((((....(((((((((....))).)))))).)))))..((((.((((((((((.......)).)))))))).)))))))))))))))).))) ( -50.50) >DroWil_CAF1 1491 117 - 1 UGUUCCACCUCCUCAUCAUCGAGCUCUGGCUCGGAUCAGUUGCUCAAUGGCAAACUGA---CUACCUCAUAUCUGGCCAGCAUGGAGAGUCUGGCUGAGAGUGAGAAUGGUCUUGGGGAU .........((((((..(((((((....))))((.(((((((((....))).))))))---))..(((((.((((((((((.......).)))))).))))))))...)))..)))))). ( -40.60) >DroMoj_CAF1 1854 120 - 1 UGCUCCACGUCGUCCAGCUCCAGUUCGGGCUCGGACCAGCUGCUCAAUGGCAAGCUGGCUGCCACCUCCUAUUUGGCCAGUGUUGAGAGUUUGGCCGAGAGCGAGAACGAGCUGGGCGAC ........((((((((((((..((((..((((((.(((((((((....))).))))))...)).........((((((((...(....).))))))))))))..)))))))))))))))) ( -60.40) >DroAna_CAF1 1235 120 - 1 UGCUCCACUUCCUCAAGCUCGAGUUCCGGAUCAGACCAGUUGCUGAACGGCAAACUGACAGCCACCUCGUAUCUGGCCAGUGUGGAGAGCCUGGCGGAGAGUGAGAAUGAUCUCGGAGAC ..(((((((((((((.((((.(((((((..((((........)))).)))..)))).....((((((.((.....)).)).)))).)))).))).))).)))((((....)))))))).. ( -39.00) >consensus UGCUCCACAUCCUCCAGCUCGAGUUCUGGCUCGGACCAGCUGCUCAAUGGCAAACUGACAGCCACCUCGUAUUUGGCCAGCGUGGAGAGCCUGGCCGAGAGCGAGAACGAGCUGGGCGAU .........((.((((((((.......(((.....(((((((((....))).))))))..)))..(((((.(((((((((.((.....))))))))))).)))))...)))))))).)). (-32.91 = -33.42 + 0.51)
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