Locus 4255

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 14,052,071 – 14,052,228
Length 157
Max. P 0.842561
window6832 window6833 window6834

overview

Window 2

Location 14,052,071 – 14,052,188
Length 117
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.10
Mean single sequence MFE -31.98
Consensus MFE -20.60
Energy contribution -21.27
Covariance contribution 0.67
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -1.82
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 0.76
SVM RNA-class probability 0.842561
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14052071 117 + 20766785
CUUUUAUCUCUCUCUUUCUCUUUAGCUCCGGCAAUGUCUGCGGUCUGCCCCAGUUGCACAAGCUGCGCCAGGACAAUUGCGGUCUGUACAGCCACAUCCGUGGCAUUCCCAUCUCCU
......................(((..(((.((((((((((((....)).(((((.....))))).))..)))).))))))).)))....(((((....)))))............. ( -27.60)
>DroVir_CAF1 33732 109 + 1
------U-UAUUUUCCACU-UACAGUUCCGCCAAUGGCUGCGGUCUGCCCCAGCUGCACAAGCUGCGCCAGGAUAAUUGUGGCCUGUACAGCCACAUCCGUGGCAUUCCCACCUCGU
------.-...........-..(((..((((........)))).)))...(((((.....))))).(((((((....((((((.......))))))))).))))............. ( -32.80)
>DroGri_CAF1 25704 110 + 1
------UCUCUCUUCCACU-UACAGCUCCGCCAAUGGUUGCGGUCUUCCCCAGCUGCACAAGCAGCGCCAGGACAAUUGUGGACUCUAUAGCCACAUUCGUGGUAUUCCCACCUCUU
------.......(((((.-....((.(((....)))..)).(((((.....(((((....)))))...)))))....))))).......(((((....)))))............. ( -29.60)
>DroEre_CAF1 19593 103 + 1
------U--------CUCCCCUCAGCUCCGGCAACGUGUGCGGUCUGCCCCAGUUGCACAAGCUGCGCCAGGACAAUUGCGGUCUGUACAGCCACAUCCGUGGCAUUCCCAUCUCCU
------.--------.......(((((.((....))(((((((.(((...))))))))))))))).(((((((....((.((.((....)))).))))).))))............. ( -30.80)
>DroMoj_CAF1 26774 110 + 1
------C-UUCUCUCCUCUUUUCAGUGCCGCCAACGGCUGUGCUCUGCCUCAGCUGAACAAGCUCCGCCAGGACAACUGCGGCCUGUACAGCCACAUUCGUGGCAUUCCCACCUCGU
------.-...............((((((((....((((((((...(((.(((((.....)))(((....)))....)).)))..))))))))......)))))))).......... ( -35.80)
>DroAna_CAF1 31499 108 + 1
------CCUCUCUCUGU---UGUAGCUCCGCCAAUGCCUGCGGUCUGCCCCAGCUGCACAAGCUGCGCCAGGACAAUUGCGGUCUCUACAGCCACAUCCGUGGCAUCCCCAUCUCCU
------...........---(((((..((((.(((.(((((((....)).(((((.....))))).).))))...)))))))...)))))(((((....)))))............. ( -35.30)
>consensus
______U_UCUCUUCCUCU_UUCAGCUCCGCCAAUGGCUGCGGUCUGCCCCAGCUGCACAAGCUGCGCCAGGACAAUUGCGGUCUGUACAGCCACAUCCGUGGCAUUCCCACCUCCU
......................(((..(((.((((........((((.(.(((((.....))))).).))))...))))))).)))....(((((....)))))............. (-20.60 = -21.27 +   0.67)

alignment

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secondary structure

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Window 3

Location 14,052,108 – 14,052,228
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.22
Mean single sequence MFE -43.30
Consensus MFE -25.63
Energy contribution -25.25
Covariance contribution -0.38
Combinations/Pair 1.52
Mean z-score -1.84
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.07
SVM RNA-class probability 0.568899
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14052108 120 + 20766785
CUGCGGUCUGCCCCAGUUGCACAAGCUGCGCCAGGACAAUUGCGGUCUGUACAGCCACAUCCGUGGCAUUCCCAUCUCCUAUGGAAAUGUGGAUUUGCUGACCACCGGUGUCCGUGCCUU
(((.((....)).)))..((((..((...))..(((((...(.((((.(((..(((((....)))))..((((((.(((...))).))).)))..))).)))).)...)))))))))... ( -41.90)
>DroVir_CAF1 33761 120 + 1
CUGCGGUCUGCCCCAGCUGCACAAGCUGCGCCAGGAUAAUUGUGGCCUGUACAGCCACAUCCGUGGCAUUCCCACCUCGUAUGGCGAUGUUAGCUCCUUGACUGCCGGCGUGCGCAGCUU
.(((((.(((...)))))))).((((((((((((((....((((((.......))))))))).))))...........(((((.((..(((((....)))))...)).)))))))))))) ( -47.70)
>DroPse_CAF1 25865 120 + 1
UUGCGGUCUACCCCAGCUGCACAAGCUGCGCCAGGACAACUGCGGUUUGUAUAGCCACAUCCGCGGCAUUCCCAUCUCGUAUGGCGAUGUCAACUCCCUCACAGCGGGCGUCCGCAGCUU
.((((((........)))))).((((((((((((((...((((((..(((......))).))))))...))).........))))((((((..((.......))..)))))).))))))) ( -43.10)
>DroGri_CAF1 25734 120 + 1
UUGCGGUCUUCCCCAGCUGCACAAGCAGCGCCAGGACAAUUGUGGACUCUAUAGCCACAUUCGUGGUAUUCCCACCUCUUAUGGCGAUGCUAGCUCGCUGACUGCUGGCGUGCGCAGCUU
....((......))((((((...((((.((((((((....(((((.((....)))))))...((((.....)))).)))..))))).)))).((.((((.......)))).)))))))). ( -44.20)
>DroWil_CAF1 31372 120 + 1
CUGCGGCUUGCCCCAAUUGCAUAAACUCCGUCAGGAUAAUUGUGGCCUUUAUAGCCAUAUUCGUGGCAUUCCCAUCUCGUAUGGCGAUGUGAAUGCCUUGACUGCUGGAGUCCGCAAUUU
.(((((..(((.......)))...((((((.(((......((((((.......)))))).(((.(((((((.((((.(.....).)))).))))))).)))))).))))))))))).... ( -43.60)
>DroMoj_CAF1 26804 120 + 1
CUGUGCUCUGCCUCAGCUGAACAAGCUCCGCCAGGACAACUGCGGCCUGUACAGCCACAUUCGUGGCAUUCCCACCUCGUAUGGCGAUGUCAACUCCUUGACUGCCGGUGUGCGCAGCUU
((((((.(.(((..((((.....))))((((.((.....))))))........(((((....)))))...............((((..(((((....))))))))))))).))))))... ( -39.30)
>consensus
CUGCGGUCUGCCCCAGCUGCACAAGCUGCGCCAGGACAAUUGCGGCCUGUACAGCCACAUCCGUGGCAUUCCCACCUCGUAUGGCGAUGUCAACUCCCUGACUGCCGGCGUCCGCAGCUU
((((((.......(((((.....)))))((((.(((....((.(((.......))).))))).(((((((.(((.......))).)))))))..............)))).))))))... (-25.63 = -25.25 +  -0.38)

alignment

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Window 4

Location 14,052,108 – 14,052,228
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.22
Mean single sequence MFE -47.20
Consensus MFE -25.32
Energy contribution -25.60
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -2.07
Structure conservation index 0.54
SVM decision value -0.06
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14052108 120 - 20766785
AAGGCACGGACACCGGUGGUCAGCAAAUCCACAUUUCCAUAGGAGAUGGGAAUGCCACGGAUGUGGCUGUACAGACCGCAAUUGUCCUGGCGCAGCUUGUGCAACUGGGGCAGACCGCAG
...(((((((((...((((((......(((.(((((((...))))))))))..(((((....)))))......))))))...))))).(((...))).))))..(((.((....)).))) ( -48.90)
>DroVir_CAF1 33761 120 - 1
AAGCUGCGCACGCCGGCAGUCAAGGAGCUAACAUCGCCAUACGAGGUGGGAAUGCCACGGAUGUGGCUGUACAGGCCACAAUUAUCCUGGCGCAGCUUGUGCAGCUGGGGCAGACCGCAG
.(((((((((.((..((.((((.(((((.....(((((......)))))....))......(((((((.....)))))))....))))))))).)).)))))))))(.((....)).).. ( -49.00)
>DroPse_CAF1 25865 120 - 1
AAGCUGCGGACGCCCGCUGUGAGGGAGUUGACAUCGCCAUACGAGAUGGGAAUGCCGCGGAUGUGGCUAUACAAACCGCAGUUGUCCUGGCGCAGCUUGUGCAGCUGGGGUAGACCGCAA
...((((((...(((((((((.((((.......)).)).))).)).))))....)))))).(((((((......(((.((((((..(.(((...))).)..)))))).))))).))))). ( -46.40)
>DroGri_CAF1 25734 120 - 1
AAGCUGCGCACGCCAGCAGUCAGCGAGCUAGCAUCGCCAUAAGAGGUGGGAAUACCACGAAUGUGGCUAUAGAGUCCACAAUUGUCCUGGCGCUGCUUGUGCAGCUGGGGAAGACCGCAA
.(((((((((.((..((.....))..)).((((.(((((.....((((....))))((((.(((((((....)).))))).))))..))))).)))))))))))))(.((....)).).. ( -47.70)
>DroWil_CAF1 31372 120 - 1
AAAUUGCGGACUCCAGCAGUCAAGGCAUUCACAUCGCCAUACGAGAUGGGAAUGCCACGAAUAUGGCUAUAAAGGCCACAAUUAUCCUGACGGAGUUUAUGCAAUUGGGGCAAGCCGCAG
.(((((((((((((..(((....(((((((.((((.........)))).))))))).......(((((.....)))))........)))..))))))..)))))))(.((....)).).. ( -43.50)
>DroMoj_CAF1 26804 120 - 1
AAGCUGCGCACACCGGCAGUCAAGGAGUUGACAUCGCCAUACGAGGUGGGAAUGCCACGAAUGUGGCUGUACAGGCCGCAGUUGUCCUGGCGGAGCUUGUUCAGCUGAGGCAGAGCACAG
(((((.(((.((..(((((((((....))))).(((((......)))))...))))((((.(((((((.....))))))).))))..))))).)))))((((.((....)).)))).... ( -47.70)
>consensus
AAGCUGCGCACGCCGGCAGUCAAGGAGUUAACAUCGCCAUACGAGAUGGGAAUGCCACGAAUGUGGCUAUACAGGCCACAAUUGUCCUGGCGCAGCUUGUGCAGCUGGGGCAGACCGCAG
....(((((.(.(((((.((..(.(((((....((.((((.....)))))).(((((.((.(((((((....)).)))))....)).))))).))))).))).))))).)....))))). (-25.32 = -25.60 +   0.28)

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