Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 13,984,226 – 13,984,327 |
Length | 101 |
Max. P | 0.681175 |
Location | 13,984,226 – 13,984,327 |
---|---|
Length | 101 |
Sequences | 6 |
Columns | 110 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 82.72 |
Mean single sequence MFE | -27.07 |
Consensus MFE | -18.89 |
Energy contribution | -18.87 |
Covariance contribution | -0.02 |
Combinations/Pair | 1.16 |
Mean z-score | -1.96 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | 0.31 |
SVM RNA-class probability | 0.681175 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 13984226 101 + 20766785 -AAUUUUGACAU----GUAAACGGAAGAC---UGUCUGUUUGAUUGCCAAAUUA-CCAGGCAAUUAAGAGCAGCCAAACGCUGAGCUCCACUGAUUGCCUUCCCCACGCC -...((((.((.----.((((((((....---..))))))))..)).))))...-..(((((((((.(((((((.....)))..))))...))))))))).......... ( -26.60) >DroSec_CAF1 22540 101 + 1 -UAUUUUGACAU----GUAAACGGAAGAC---UGUCUGUUUGAUUGCCAAAUUA-CCAGGCAAUUAAGAGCAGCCAAAUGCUGAGCUCCACUGAUUGCCAUUUCGACCUC -...((((.((.----.((((((((....---..))))))))..)).))))...-...((((((((.(((((((.....)))..))))...))))))))........... ( -26.40) >DroSim_CAF1 22199 101 + 1 -AAUUUUGACAU----GUAAACGGAAGAC---UGUCUGUUUGAUUGCCAAAUUA-CCAGGCAAUUAAGAGCAGCCAAAUGCUGAGCUCCACUGAUUGCCAUUUCGACCCC -...((((.((.----.((((((((....---..))))))))..)).))))...-...((((((((.(((((((.....)))..))))...))))))))........... ( -26.40) >DroEre_CAF1 22981 94 + 1 -AAUUUUGACAU----GUAAACGGAAGAC---CGUCUGUUUGAUUGCCAAAUUA-CCAGGCAAUUAAGAGCAGCCAAAUGCUGAGCUCCACUGAUUGCCUUU-------C -...((((.((.----.((((((((....---..))))))))..)).))))...-..(((((((((.(((((((.....)))..))))...)))))))))..-------. ( -26.50) >DroYak_CAF1 22731 94 + 1 -AAUUUUGACAU----GUAAACGGAAGAC---GGUCUGUUUGAUUGCCAAAUUA-CGAGGCAAUUAAAAGCAGCCCAAUGCUGAGCUCCACUGAUUGCCAUU-------C -...((((.((.----.((((((((....---..))))))))..)).))))...-...((((((((..((((((.....)))..)))....))))))))...-------. ( -23.00) >DroAna_CAF1 22642 104 + 1 CAUUUUUGGCAUGACUGCCAACGGAAAGCGGUUGUCAGUUUGAUUUCCAAAUUAGCCAGGCAAUUAAGAGCGGCUCAUGGCCGAA----ACUGAUUGCAUUU-CCAGCU- .....((((((....)))))).(((((..(((((...(((((.....))))))))))..(((((((....((((.....))))..----..))))))).)))-))....- ( -33.50) >consensus _AAUUUUGACAU____GUAAACGGAAGAC___UGUCUGUUUGAUUGCCAAAUUA_CCAGGCAAUUAAGAGCAGCCAAAUGCUGAGCUCCACUGAUUGCCAUU_C_ACC_C ................((((.(((.((((....)))).((((((((((..........))))))))))..((((.....)))).......))).))))............ (-18.89 = -18.87 + -0.02)
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