Locus 4221

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	13,862,346 – 13,862,476
Length	130
Max. P	0.917767

overview

Window 9

Location	13,862,346 – 13,862,458
Length	112
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.06
Mean single sequence MFE	-25.54
Consensus MFE	-14.80
Energy contribution	-16.36
Covariance contribution	1.56
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-2.54
Structure conservation index	0.58
SVM decision value	1.12
SVM RNA-class probability	0.917767
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13862346 112 - 20766785
UUUACAGAUGCAGAUACAGAUA------CAGAUCCAGAU--AGAUAUGGAGUACACUUUGUAUUUGUUAUUCUGUGAAAGCAAAUAAAAUACAUUUUCUAUCUGUCUAUCUCCAUUCGCA
....(..(((.(((((((((((------((((....(((--(((((..(((....)))..))))))))..)))))(((((.............))))).))))))..)))).)))..).. ( -25.92)
>DroSec_CAF1 162294 120 - 1
UUUACCAAUGCAGAUACAGAUGCAGAUGCAGAUACAGAUACAGAUAUGGAGUACGAUUUGUAUUUGUUAUUCUGUGAAAGCAAAUAAAAUACAUUUUCUAUCUGUCUAUCUCCAUUCGCA
........(((..((..(((((((((((((((.((((((((((((.((.....))))))))))))))...)))))(((((.............))))).))))))..))))..))..))) ( -29.52)
>DroSim_CAF1 167595 114 - 1
UUUACCAAUGCAGAUACAGAUG------CAGAUACAGAUACAGAUAUGGAGUACGAUUUGUAUUUGUUAUUCUGUGAAAGCAAAUAAAAUACAUUUUCUAUCUGUCUAUCUCCAUUCGCA
......((((.(((((((((((------((((.((((((((((((.((.....))))))))))))))...)))))(((((.............))))).))))))..)))).)))).... ( -28.12)
>DroEre_CAF1 163237 104 - 1
----------CCGAUACAGAUA------CAGAUACAGAUACGGAUAUGGAGUACACUUUGUAUUUGUUAUGCUGUGAAAGCAAAUAAAAUACAUUUUCUAUCUGUCUAUCUGAAUUCGCA
----------.(((..((((((------((((((.(((.(((((((..(((....)))..)))))))..((((.....))))............))).)))))))..)))))...))).. ( -28.00)
>DroYak_CAF1 167996 90 - 1
------------------------------GAUACAGUUACGGAUAUGGAGUACACUUUGUAUUUGCUAUUCUGUGAAAGCAAAUAAAAUACAUUUUCUAUCUGUCUAUCUCAUUUCGCA
------------------------------((((.....(((((((.((((.........((((((((.(((...)))))))))))........))))))))))).)))).......... ( -16.13)
>consensus
UUUAC__AUGCAGAUACAGAUA______CAGAUACAGAUACAGAUAUGGAGUACACUUUGUAUUUGUUAUUCUGUGAAAGCAAAUAAAAUACAUUUUCUAUCUGUCUAUCUCCAUUCGCA
.............................(((((((((((((((((..(((....)))..))))))(((((.(((....))))))))...........)))))))..))))......... (-14.80 = -16.36 +   1.56)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	13,862,386 – 13,862,476
Length	90
Sequences	4
Columns	98
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.35
Mean single sequence MFE	-21.18
Consensus MFE	-12.41
Energy contribution	-13.72
Covariance contribution	1.31
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.31
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	0.89
SVM RNA-class probability	0.875074
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13862386 90 - 20766785
GAUACAGAUACAGACACAUUUACAGAUGCAGAUACAGAUA------CAGAUCCAGAU--AGAUAUGGAGUACACUUUGUAUUUGUUAUUCUGUGAAAG
..................((((((((.(((((((((((..------....((((...--.....))))......)))))))))))...)))))))).. ( -25.30)
>DroSec_CAF1 162334 98 - 1
GAUACAGAUACAGAUACAUUUACCAAUGCAGAUACAGAUGCAGAUGCAGAUACAGAUACAGAUAUGGAGUACGAUUUGUAUUUGUUAUUCUGUGAAAG
..........................((((........))))...(((((.((((((((((((.((.....))))))))))))))...)))))..... ( -22.10)
>DroSim_CAF1 167635 86 - 1
GAUA------CAGAUACAUUUACCAAUGCAGAUACAGAUG------CAGAUACAGAUACAGAUAUGGAGUACGAUUUGUAUUUGUUAUUCUGUGAAAG
..((------((((............((((........))------))...((((((((((((.((.....))))))))))))))...)))))).... ( -21.20)
>DroEre_CAF1 163277 80 - 1
GAUACAGAUACCGAUA------------CCGAUACAGAUA------CAGAUACAGAUACGGAUAUGGAGUACACUUUGUAUUUGUUAUGCUGUGAAAG
................------------............------....(((((..(((((((..(((....)))..)))))))....))))).... ( -16.10)
>consensus
GAUACAGAUACAGAUACAUUUACCAAUGCAGAUACAGAUA______CAGAUACAGAUACAGAUAUGGAGUACAAUUUGUAUUUGUUAUUCUGUGAAAG
..................................................((((((.(((((((..(((....)))..)))))))...)))))).... (-12.41 = -13.72 +   1.31)

alignment

secondary structure

dotplot

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