Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 13,659,531 – 13,659,633 |
Length | 102 |
Max. P | 0.521295 |
Location | 13,659,531 – 13,659,633 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 6 |
Columns | 114 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.27 |
Mean single sequence MFE | -49.68 |
Consensus MFE | -32.77 |
Energy contribution | -31.86 |
Covariance contribution | -0.91 |
Combinations/Pair | 1.41 |
Mean z-score | -1.18 |
Structure conservation index | 0.66 |
SVM decision value | -0.02 |
SVM RNA-class probability | 0.521295 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 13659531 102 - 20766785 GGGGAUCUGCAUGUUGGGUGCUGC---AGUUUGCUGGCCAGUAAUAGCGCGUGCUCCAGUGUUGCGCAUGUUGUUAGCCGCA---------GCAGCGGCGGCAUGUGUGCCCUG ((((...((((((((((.((((((---((....))(((.((((((((((((.((......))))))).))))))).))))))---------))).)..)))))))))..)))). ( -42.40) >DroVir_CAF1 17595 114 - 1 AGCGAUUUGCAUAUUGGGAGCGGCCACCGAUUGCUGGCCUGUGAUAGCGCGUGCGCCAGAGCUGCGCAUAUUGUUGGCUGCAGCAGCGGCAGCAGCUGCAGCGUGGGUGCCCUG .((.....)).....(((.(((.((((....(((.((((.(..((((((((.((......))))))).)))..).)))))))((.(((((....))))).)))))).)))))). ( -50.00) >DroGri_CAF1 17922 114 - 1 AGCGAUCUGCAUGUUGGGAGCGGCCACCGAUUGCUGGCCAGUGAUGGCGCGUGCCCCCGAGCUGCGCAUAUUGCUGGCUGCAGCUGCAGCAGCAGCGGCGGCAUGUGUGCCCUG .((.....)).....(((.((((((.((...(((.((((((..((((((((.((......))))))).)))..)))))))))(((((....))))))).))).)))...))).. ( -55.00) >DroWil_CAF1 18401 111 - 1 AGCAAUCUGCAUAUUGGGAGCGGCAACAGACUGUUGUCCGGUAAUGGCGCGUGCUCCAGAGUUGCGCAUAUUGUUGGCUGCAGCGGCU---GCGGCGGCAGCAUGUGUACCCUG .((.....)).....(((.((.((..(((.(((((((((..((((((((((.(((....)))))))).)))))..))..)))))))))---)..)).)).((....)).))).. ( -42.70) >DroMoj_CAF1 17684 114 - 1 GGCGAUCUGCAUGUUGGGAGCGGCCACCGACUGUUGGCCUGUAAUGGCGCGAGCACCGGAGCUGCGCAUAUUAUUGGCCGCAGCGGCGGCAGCGGCAGCGGCGUGUGUGCCCUG ((((....((((((((.(.((.(((.(((.((((.((((.((((((((((.(((......))))))).)))))).))))))))))).))).))..)..)))))))).))))... ( -57.60) >DroAna_CAF1 15682 108 - 1 GGCGAUUUGCAUGUUGGGUGCCGCGACGGUCUGCUGACCGGUAAUGGCACGGGCGCCAGUGUUGCGCAUGUUAUUAGCCGCGGCG------GCAGCGGCGGCGUGCGUGCCCUG (((.....((((....((((((.((.(((((....)))))((....)).)))))))).)))).(((((((((....(((((....------...)))))))))))))))))... ( -50.40) >consensus AGCGAUCUGCAUGUUGGGAGCGGCCACCGACUGCUGGCCAGUAAUGGCGCGUGCGCCAGAGCUGCGCAUAUUGUUGGCCGCAGCGGC____GCAGCGGCGGCAUGUGUGCCCUG ........((((((((...((.((......((((.((((((((((((((((.((......))))))).)))))))))))))))........)).))..))))))))........ (-32.77 = -31.86 + -0.91)
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