Locus 415

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 2,443,772 – 2,443,924
Length 152
Max. P 0.949212
window810 window811

overview

Window 0

Location 2,443,772 – 2,443,884
Length 112
Sequences 6
Columns 115
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.43
Mean single sequence MFE -55.35
Consensus MFE -30.76
Energy contribution -34.23
Covariance contribution 3.48
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -2.50
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 1.39
SVM RNA-class probability 0.949212
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2443772 112 + 20766785
CAGAGUCCGGCGAGGAGUCCGGCGAACCGGCCAAAUUGGCGGGCAACUGCUGCAGCUCGCGCAUCUCGUGCAGCUGCAGC---GCGUGGGGCUGCGGAUCCUUAGUCCGCAGCAC
......((.(((((..((((((....)).(((.....)))))))..))(((((((((.((((.....)))))))))))))---.))).))(((((((((.....))))))))).. ( -61.10)
>DroPse_CAF1 6075 112 + 1
CCGAGUCCGGCG---AGUCCGGGGAUCCGACUAGAUUCGAGGGCAGCUGCUGCAGCUCGCGCAUCUCGUGGAGCUGCAGCUGCGACUGCACCUGGGGGUCCUUGGUGCGCAGCAG
....((...(((---...((((((((((((......)).((((((((.((((((((((.(((.....)))))))))))))...).)))).)))..))))))))))..))).)).. ( -56.00)
>DroEre_CAF1 5720 112 + 1
CCGAGUCCGGCGAGGAGUCCGGUGAGCCGGUUAAAUUCGCGGGCAACUGCUGCAGCUCGCGCAUCUCGUGCAGCUGCAGC---GCGUGGGGCUGCGGAUCCUUGGUCCGCAGCAC
((..(((((.((((....((((....)))).....))))))))).((((((((((((.((((.....)))))))))))))---).)))).(((((((((.....))))))))).. ( -65.00)
>DroYak_CAF1 5693 112 + 1
CCGAGUCCGGCGAGGAGUCCGGUGAAGCGGCUAAAUUCGUGGGCAACUGCUGCAGCUCGCGCAUCUCGUGCAGCUGGAGC---GCGUGGGGCUGCGGAUCCUUGGUCCGCAGCAC
((..(((((.((((.((.(((......)))))...))))))))).((((((.(((((.((((.....))))))))).)))---).)))).(((((((((.....))))))))).. ( -56.30)
>DroMoj_CAF1 6448 103 + 1
UGCCAUCUGGUG---AUUCAGGUGAACCAGCCAGAUUGUCAGGCAGCUGCUGCAGCUCGCGCAUCUCGUGCAGCUGCAGU---------UGCUGCGGAUCUUUGGUGCGCAUCAG
((((((((((..---..))))))).....((((((..(((..(((((.(((((((((.((((.....)))))))))))))---------.))))).))).))))))..))).... ( -50.50)
>DroAna_CAF1 5607 107 + 1
-----UCCGGCGAGGAGUCCGGCGUUCCAGCCAGGUUCGUCUGCAGCUGCUGCAUCUCGCGCAUCUCGUGCAGCUGUAUC---GCCUGUGGCUGGGGAUCCUUGGUGCGCAGCAU
-----...(((((.((..(.(((......))).)..))...(((((((((.((.....))((.....)))))))))))))---)))((((((..((....))..)).)))).... ( -43.20)
>consensus
CCGAGUCCGGCGAGGAGUCCGGUGAACCGGCCAAAUUCGCGGGCAACUGCUGCAGCUCGCGCAUCUCGUGCAGCUGCAGC___GCGUGGGGCUGCGGAUCCUUGGUCCGCAGCAC
....(((((.((((....((((....)))).....)))))))))....(((((((((.((((.....)))))))))))))..........((((((.((.....)).)))))).. (-30.76 = -34.23 +   3.48)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 2,443,807 – 2,443,924
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.14
Mean single sequence MFE -46.53
Consensus MFE -24.17
Energy contribution -25.90
Covariance contribution 1.73
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.64
Structure conservation index 0.52
SVM decision value 0.87
SVM RNA-class probability 0.871758
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2443807 117 + 20766785
UUGGCGGGCAACUGCUGCAGCUCGCGCAUCUCGUGCAGCUGCAGC---GCGUGGGGCUGCGGAUCCUUAGUCCGCAGCACUACAAUCUCAGAGUUCUGCUUCACGAACUCAAUGUCGGGU
((((((((.....(((((((((.((((.....)))))))))))))---..((((.(((((((((.....))))))))).))))...))).((((((........))))))...))))).. ( -58.40)
>DroVir_CAF1 6464 111 + 1
UUGUCCGGCAGCUGUUGCAGUUCACGCAUCUCGUGCAGCUUCAAU---------UGCUGCGGAUCUUUGGUGCGCAAUAGCACAAUUUCCGAGUUCUGUUUCACAAACUCAAUGUCCGGC
....((((((((((((((.(....)(((((((.((((((......---------.)))))))).....))))))))))))).........(((((.((.....)))))))..)).)))). ( -39.20)
>DroPse_CAF1 6107 120 + 1
UUCGAGGGCAGCUGCUGCAGCUCGCGCAUCUCGUGGAGCUGCAGCUGCGACUGCACCUGGGGGUCCUUGGUGCGCAGCAGGACUAUCUCCGAGUUCUGCUUGACGAACUCAAUGUCCGGG
.....(((((((.((((((((((.(((.....))))))))))))).))((..(((((.(((...))).)))))..(((((((((.......)))))))))........))..)))))... ( -57.20)
>DroGri_CAF1 6502 111 + 1
UUGUCGGGCAACUGCUGCAAUUCACGCAUCUCGUGCAGCUGCAAC---------UGCUGCGGAUCCUUGUGGCGCAACAGCACAAUCUCCGAGUUCUGCUUGACAAACUCAAUGUCCGGC
..((((((((...((..(((.((.((((.(...(((....)))..---------.).))))))...)))..))((....)).........(((((.((.....)))))))..)))))))) ( -35.60)
>DroMoj_CAF1 6480 111 + 1
UUGUCAGGCAGCUGCUGCAGCUCGCGCAUCUCGUGCAGCUGCAGU---------UGCUGCGGAUCUUUGGUGCGCAUCAGCACAAUCUCCGAGUUCUGCUUGGCAAACUCAAUGUCCGGC
..(((..(((((.(((((((((.((((.....)))))))))))))---------.)))))((((..(((((((......)))).....(((((.....)))))......))).))))))) ( -51.80)
>DroAna_CAF1 5637 117 + 1
UUCGUCUGCAGCUGCUGCAUCUCGCGCAUCUCGUGCAGCUGUAUC---GCCUGUGGCUGGGGAUCCUUGGUGCGCAGCAUCACUAUCUCCGAGUUCUGCUUCACUAACUCCAUGUCCGGC
......(((((((((.((.....))((.....)))))))))))..---(((.(.((((((((....((((((.((((..((.........))...))))..))))))))))).))))))) ( -37.00)
>consensus
UUGGCGGGCAGCUGCUGCAGCUCGCGCAUCUCGUGCAGCUGCAGC_________UGCUGCGGAUCCUUGGUGCGCAGCAGCACAAUCUCCGAGUUCUGCUUCACAAACUCAAUGUCCGGC
.......(((((.(((((((((((((.....)))).)))))))))..........)))))((((.....((((......)))).......(((((.((.....)))))))...))))... (-24.17 = -25.90 +   1.73)

alignment

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