Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 13,529,681 – 13,529,814 |
Length | 133 |
Max. P | 0.996631 |
Location | 13,529,681 – 13,529,774 |
---|---|
Length | 93 |
Sequences | 6 |
Columns | 101 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 87.65 |
Mean single sequence MFE | -31.87 |
Consensus MFE | -28.33 |
Energy contribution | -28.03 |
Covariance contribution | -0.30 |
Combinations/Pair | 1.21 |
Mean z-score | -2.08 |
Structure conservation index | 0.89 |
SVM decision value | 1.32 |
SVM RNA-class probability | 0.941833 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 13529681 93 - 20766785 AACAGUUGCAU--------UUGCUGCGCUGGACGCCAGCACACACACGCAUCCACAUCCGUUUCCGGUUCCGGCAGCAGCCAAGCCACGAAUCGGAAGCGA ......(((..--------.((.((.(((((...))))).))))...)))........((((((((((((.(((.........)))..)))))))))))). ( -33.00) >DroSec_CAF1 78089 93 - 1 AACAGUUGCAU--------UUGCUGCGCUGGACGCCAGCACACACACGCAUCCACAUCCGUUUCCGGUUCCGGCAGCAGCCAAGCCACGAAUCGGAAGCGA ......(((..--------.((.((.(((((...))))).))))...)))........((((((((((((.(((.........)))..)))))))))))). ( -33.00) >DroSim_CAF1 80904 93 - 1 AACAGUUGCAU--------UUGCUGCGCUGGACGCCAGCACACACACGCAUCCACAUCCGUUUCCGGUUCCGGCAGCAGCCAAGCCACGAAUCGGAAGCGA ......(((..--------.((.((.(((((...))))).))))...)))........((((((((((((.(((.........)))..)))))))))))). ( -33.00) >DroEre_CAF1 78467 91 - 1 AACAGUUGCAU--------UUGCUGCGCUGGACCCCGGCACA--CACGCAUCCACAUCCGUUUCCGGUUCCGGCAGCAGCACAGCCACGAAUCGGAAGCGA ......(((..--------.((.((.(((((...))))).))--)).)))........((((((((((((.(((.........)))..)))))))))))). ( -31.60) >DroYak_CAF1 81172 91 - 1 AACAGUUGCAU--------UUGCUGCGCUGGACUCCAGCACA--CACGCAUCCACAUCCGUUUCCGGUUCCGGCAGCAGCGUAGCCACGAAUCGGAAGCGA ......(((..--------.((.((.(((((...))))).))--)).)))........((((((((((((.(((.((...)).)))..)))))))))))). ( -32.90) >DroAna_CAF1 78953 99 - 1 AACAGUUGCAGCACUAACCGUGCCGUGCAGA--GCCCGUACGCACACGCAUCCACAUCCGCUUCCGUUUCCGGCAACAGUCAAGCCACAAAACGGAAGAGA ......(((.((((.....)))).((((...--........))))..)))........(.(((((((((..(((.........)))...))))))))).). ( -27.70) >consensus AACAGUUGCAU________UUGCUGCGCUGGACGCCAGCACACACACGCAUCCACAUCCGUUUCCGGUUCCGGCAGCAGCCAAGCCACGAAUCGGAAGCGA ....((.(((..........))).))((((.....))))...................((((((((((((.(((.........)))..)))))))))))). (-28.33 = -28.03 + -0.30)
Location | 13,529,707 – 13,529,814 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 6 |
Columns | 115 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 87.77 |
Mean single sequence MFE | -45.53 |
Consensus MFE | -40.20 |
Energy contribution | -40.28 |
Covariance contribution | 0.09 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -3.54 |
Structure conservation index | 0.88 |
SVM decision value | 2.72 |
SVM RNA-class probability | 0.996631 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 13529707 107 + 20766785 UGCCGGAACCGGAAACGGAUGUGGAUGCGUGUGUGUGCUGGCGUCCAGCGCAGCAA--------AUGCAACUGUUGCAGGUAAAAUGCAACUGCAGCUGCAACAGAUGCAGUGAC ..(((.(.(((....))).).))).(((((.((((((((((...))))))).(((.--------.((((...((((((.......))))))))))..))).))).)))))..... ( -46.90) >DroSec_CAF1 78115 107 + 1 UGCCGGAACCGGAAACGGAUGUGGAUGCGUGUGUGUGCUGGCGUCCAGCGCAGCAA--------AUGCAACUGUUGCAGGUGAAAUGCAACUGCAGCUGCAACAGAUGCAGUGAC ..(((.(.(((....))).).))).(((((.((((((((((...))))))).(((.--------.((((...((((((.......))))))))))..))).))).)))))..... ( -46.90) >DroSim_CAF1 80930 107 + 1 UGCCGGAACCGGAAACGGAUGUGGAUGCGUGUGUGUGCUGGCGUCCAGCGCAGCAA--------AUGCAACUGUUGCAGGUGAAAUGCAACUGCAGCUGCAACAGAUGCAGUGAC ..(((.(.(((....))).).))).(((((.((((((((((...))))))).(((.--------.((((...((((((.......))))))))))..))).))).)))))..... ( -46.90) >DroEre_CAF1 78493 105 + 1 UGCCGGAACCGGAAACGGAUGUGGAUGCGUG--UGUGCCGGGGUCCAGCGCAGCAA--------AUGCAACUGUUGCAGGUGAAAUGCAACUGCGGGUGCAACAAAUGCAGCGAC ..(((.(.(((....))).).))).(((((.--(((((.((...)).)))))(((.--------.((((...((((((.......))))))))))..))).....)))))..... ( -38.90) >DroYak_CAF1 81198 105 + 1 UGCCGGAACCGGAAACGGAUGUGGAUGCGUG--UGUGCUGGAGUCCAGCGCAGCAA--------AUGCAACUGUUGCAGGUGAAAUGCAAGUGCAGCUGCAACAGAUGCAGUGAC ..(((.(.(((....))).).))).(((...--((((((((...))))))))))).--------.((((.(((((((((.((...........)).))))))))).))))..... ( -46.30) >DroAna_CAF1 78979 108 + 1 UGCCGGAAACGGAAGCGGAUGUGGAUGCGUGUGCGUACGGGC--UCUGCACGGCACGGUUAGUGCUGCAACUGUUGCA-----ACUGCAAGUGCAACUGCAACAGAUGCAGUGAC ..(((....)))..((.(.((..((.((.(((....))).))--))..))).)).........((((((.((((((((-----..(((....)))..)))))))).))))))... ( -47.30) >consensus UGCCGGAACCGGAAACGGAUGUGGAUGCGUGUGUGUGCUGGCGUCCAGCGCAGCAA________AUGCAACUGUUGCAGGUGAAAUGCAACUGCAGCUGCAACAGAUGCAGUGAC ..(((.(.(((....))).).))).(((.....((((((((...)))))))))))..........((((.(((((((((......(((....))).))))))))).))))..... (-40.20 = -40.28 + 0.09)
Location | 13,529,707 – 13,529,814 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 6 |
Columns | 115 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 87.77 |
Mean single sequence MFE | -34.88 |
Consensus MFE | -29.71 |
Energy contribution | -30.02 |
Covariance contribution | 0.31 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -2.29 |
Structure conservation index | 0.85 |
SVM decision value | 1.05 |
SVM RNA-class probability | 0.906566 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 13529707 107 - 20766785 GUCACUGCAUCUGUUGCAGCUGCAGUUGCAUUUUACCUGCAACAGUUGCAU--------UUGCUGCGCUGGACGCCAGCACACACACGCAUCCACAUCCGUUUCCGGUUCCGGCA ((.(.((((.(((((((((.(((....)))......))))))))).)))).--------).))...((((((.(((.((........))....((....))....))))))))). ( -34.00) >DroSec_CAF1 78115 107 - 1 GUCACUGCAUCUGUUGCAGCUGCAGUUGCAUUUCACCUGCAACAGUUGCAU--------UUGCUGCGCUGGACGCCAGCACACACACGCAUCCACAUCCGUUUCCGGUUCCGGCA ((.(.((((.(((((((((.(((....)))......))))))))).)))).--------).))...((((((.(((.((........))....((....))....))))))))). ( -34.00) >DroSim_CAF1 80930 107 - 1 GUCACUGCAUCUGUUGCAGCUGCAGUUGCAUUUCACCUGCAACAGUUGCAU--------UUGCUGCGCUGGACGCCAGCACACACACGCAUCCACAUCCGUUUCCGGUUCCGGCA ((.(.((((.(((((((((.(((....)))......))))))))).)))).--------).))...((((((.(((.((........))....((....))....))))))))). ( -34.00) >DroEre_CAF1 78493 105 - 1 GUCGCUGCAUUUGUUGCACCCGCAGUUGCAUUUCACCUGCAACAGUUGCAU--------UUGCUGCGCUGGACCCCGGCACA--CACGCAUCCACAUCCGUUUCCGGUUCCGGCA ...((.(((..((((((....)))((((((.......))))))....))).--------.))).))((((((..((((....--.(((.((....)).)))..)))).)))))). ( -33.90) >DroYak_CAF1 81198 105 - 1 GUCACUGCAUCUGUUGCAGCUGCACUUGCAUUUCACCUGCAACAGUUGCAU--------UUGCUGCGCUGGACUCCAGCACA--CACGCAUCCACAUCCGUUUCCGGUUCCGGCA (((..((((.(((((((((.(((....)))......))))))))).)))).--------.(((((.(((((...))))).))--...))).......(((....)))....))). ( -34.40) >DroAna_CAF1 78979 108 - 1 GUCACUGCAUCUGUUGCAGUUGCACUUGCAGU-----UGCAACAGUUGCAGCACUAACCGUGCCGUGCAGA--GCCCGUACGCACACGCAUCCACAUCCGCUUCCGUUUCCGGCA (((.(((((.((((((((..(((....)))..-----)))))))).)))))........((((.((((...--....))))))))..........................))). ( -39.00) >consensus GUCACUGCAUCUGUUGCAGCUGCAGUUGCAUUUCACCUGCAACAGUUGCAU________UUGCUGCGCUGGACGCCAGCACACACACGCAUCCACAUCCGUUUCCGGUUCCGGCA .....((((.(((((((((.(((....)))......))))))))).))))..........(((((.((((.....))))..................(((....)))...))))) (-29.71 = -30.02 + 0.31)
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