| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 13,504,507 – 13,504,607 |
| Length | 100 |
| Max. P | 0.917315 |
| Location | 13,504,507 – 13,504,607 |
|---|---|
| Length | 100 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 114 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 76.53 |
| Mean single sequence MFE | -44.42 |
| Consensus MFE | -28.15 |
| Energy contribution | -28.10 |
| Covariance contribution | -0.05 |
| Combinations/Pair | 1.48 |
| Mean z-score | -1.81 |
| Structure conservation index | 0.63 |
| SVM decision value | 1.11 |
| SVM RNA-class probability | 0.917315 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 13504507 100 + 20766785 CUCCAGAUGGUUCUCCACGGGCUCCGGCCGAUGUACUGGGAUGGGAUAUGGUCCGGCCGUAUCUUUGGCCUGGAUCCGGGAGUGCGAAUGCGUCUGGAGC-------------- (((((((((((.((((.((((.(((((((((....(......)((((((((.....)))))))))))))).))))))))))).)).....))))))))).-------------- ( -47.80) >DroEre_CAF1 54101 100 + 1 CUCCAGAUGGUUCUCCACGGGCUCCGGCCGGUGCACUGGGAUGGGAUAGGGUCCGGCCGUAUCUUUGGCCUGGAUCCGGGAGUGGGAGUGCGUCUGAAGC-------------- ...((((((...((((....(((((..((((....)))).........(((((((((((......))))).)))))).))))).))))..))))))....-------------- ( -45.60) >DroWil_CAF1 21087 100 + 1 AUCUAGAUGAUUCUCAACUGGCUCGGACUUAUGCAUGGGUAUGGGAUAUGGCCCAGCUGUGUCUUUGGCCUGAAUGCGGGAAUGCGAAUGCGAUUGGUGC-------------- ..((((.((.....)).))))...(.(((..(((((((((..((((((((((...))))))))))..))))...((((....)))).)))))...))).)-------------- ( -25.70) >DroYak_CAF1 55547 100 + 1 CUCCAGAUGGUUCUCCACCGGCUCCGGCCGGUGCACUGGUAUGGGAUAUGGUCCGGCCGUAUCUUUGGCCUGGAUCCGGGAGUGGGAGUGCGUUUGGAGC-------------- (((((((((...((((.((((.((((((((((((....))))(((((((((.....)))))))))))))).))).)))).....))))..))))))))).-------------- ( -50.10) >DroMoj_CAF1 25032 107 + 1 CUCCAGAUGGUUCUCAACGGGCUCAGGCCUGUGGGCAGGUAUUGGAUACGGCCCGGCCGUAUCUUUGGCCUGAAUACGUGAGUGUUGCUGCAUCUGAAGCUGCUGC-------U ...((((((...((((.(((((....)))))))))(((((...(((((((((...)))))))))...)))))(((((....)))))....)))))).(((....))-------) ( -48.30) >DroAna_CAF1 54380 114 + 1 CUCCAGAUGGUUCUCCAAGGGCUCGGGUCGGUGUAUCGGUAUGGGAUACGGCCCGGCUGUGUCUUUGGCCUGGAUACGCGAGUGCGACUGCUGCUGGGGAUGCUGGAGGUGAGU ((((((.....((((((..(((...(((((((((((((((..((((((((((...))))))))))..)))..))))))).....))))))))..))))))..))))))...... ( -49.00) >consensus CUCCAGAUGGUUCUCCACGGGCUCCGGCCGGUGCACUGGUAUGGGAUAUGGCCCGGCCGUAUCUUUGGCCUGGAUCCGGGAGUGCGAAUGCGUCUGGAGC______________ (((((((((...((((.((((((....((((....))))...((((((((((...)))))))))).))))))......))))........)))))))))............... (-28.15 = -28.10 + -0.05)
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