Locus 4091

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	13,480,815 – 13,480,920
Length	105
Max. P	0.582025

overview

Window 6

Location	13,480,815 – 13,480,920
Length	105
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	88.52
Mean single sequence MFE	-36.03
Consensus MFE	-27.72
Energy contribution	-27.80
Covariance contribution	0.08
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.50
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	0.02
SVM RNA-class probability	0.545780
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13480815 105 + 20766785
AGCUCCAUGGAGCUACAUGGCAGCUACAGCAUCAUCUCGCAUUUAAUAUGCGUGCGGCUGGCUGUUGUGGCAAAUAAUUCGUCUGAUGAUGAUGGCCAUG---CUGGA---
(((((....))))).((((((.((((((((((((.(((((((.....)))))...)).))).))))))))).......(((((....)))))..))))))---.....--- ( -42.40)
>DroSec_CAF1 29506 105 + 1
AGCUCCAUGGAGCAACAUGGCAGCUACAACAUCAUCUCGCAUUUAAUAUGCGUGCGGCUGGCUGUUGUGGCAAAUAAUUCGCCUGAUGAUGAUGGCCAUG---CUGGC---
.((((....))))..((((((.((((((((((((.(((((((.....)))))...)).))).))))))))).......(((.(....).)))..))))))---.....--- ( -37.10)
>DroSim_CAF1 29635 105 + 1
AGCUCCAUGCAGCAACAUGGCAGCUACAACAUCAUCUCGCAUUUAAUAUGCGUGCGGCUGGCUGUUGUGGCAAAUAAUUCGCCUGAUGAUGAUGGCCAUG---CUGGC---
(((((((((......))))).)))).((.(((((((.(((((.....))))).(((((.....)))))(((.........))).))))))).))(((...---..)))--- ( -35.40)
>DroEre_CAF1 29930 98 + 1
AGCUCC-------AACAUGGCAGCUACAACAUCAUCUCGCAUUUAAUGUGCGUGUGGCUGGCUGUUGUGGCAAAUAAUUCGCCUGAUGAUGAUGGCCAUG---CUGGA---
...(((-------(.((((((.((((((((((((((.(((((.....)))))...)).))).))))))))).......(((.(....).)))..))))))---.))))--- ( -36.20)
>DroYak_CAF1 31002 101 + 1
AGCUUC-------AACAUGGCAGCUACAACAUCAUCUCGCAUUUAAUAUGCGUGCGGCUGGCUGUUGUGGCAAAUAAUUCGCCUGAUGAUGAUGGCCAUG---CUGGCGUA
.(((..-------..((((((.((((((((((((.(((((((.....)))))...)).))).))))))))).......(((.(....).)))..))))))---..)))... ( -33.50)
>DroAna_CAF1 30401 98 + 1
AG----------CAACAUGGCAGCUACAACAUCAUCUCGCAUUUAAUAUGCGUGCGGCUGCCUGUUGUGGCAAAUAAUACGCCUGAUGAUGAUGGUGAUGGCGUUGAA---
.(----------(((((.((((((..((.........(((((.....)))))))..))))))))))))..........(((((................)))))....--- ( -31.59)
>consensus
AGCUCC______CAACAUGGCAGCUACAACAUCAUCUCGCAUUUAAUAUGCGUGCGGCUGGCUGUUGUGGCAAAUAAUUCGCCUGAUGAUGAUGGCCAUG___CUGGA___
...............((((((.((((((((((((.(((((((.....)))))...)).))).))))))))).......(((.(....).)))..))))))........... (-27.72 = -27.80 +   0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	13,480,815 – 13,480,920
Length	105
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	88.52
Mean single sequence MFE	-35.96
Consensus MFE	-25.78
Energy contribution	-26.62
Covariance contribution	0.83
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-3.37
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	0.10
SVM RNA-class probability	0.582025
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13480815 105 - 20766785
---UCCAG---CAUGGCCAUCAUCAUCAGACGAAUUAUUUGCCACAACAGCCAGCCGCACGCAUAUUAAAUGCGAGAUGAUGCUGUAGCUGCCAUGUAGCUCCAUGGAGCU
---....(---((((((((.(((((((......................((.....)).(((((.....))))).))))))).)).....)))))))(((((....))))) ( -33.60)
>DroSec_CAF1 29506 105 - 1
---GCCAG---CAUGGCCAUCAUCAUCAGGCGAAUUAUUUGCCACAACAGCCAGCCGCACGCAUAUUAAAUGCGAGAUGAUGUUGUAGCUGCCAUGUUGCUCCAUGGAGCU
---...((---((((((((.(((((((.(((((.....)))))......((.....)).(((((.....))))).))))))).)).....))))))))((((....)))). ( -39.30)
>DroSim_CAF1 29635 105 - 1
---GCCAG---CAUGGCCAUCAUCAUCAGGCGAAUUAUUUGCCACAACAGCCAGCCGCACGCAUAUUAAAUGCGAGAUGAUGUUGUAGCUGCCAUGUUGCUGCAUGGAGCU
---(((..---...)))((.(((((((.(((((.....)))))......((.....)).(((((.....))))).))))))).)).((((.((((((....)))))))))) ( -38.10)
>DroEre_CAF1 29930 98 - 1
---UCCAG---CAUGGCCAUCAUCAUCAGGCGAAUUAUUUGCCACAACAGCCAGCCACACGCACAUUAAAUGCGAGAUGAUGUUGUAGCUGCCAUGUU-------GGAGCU
---(((((---((((((((.(((((((.(((((.....)))))................((((.......)))).))))))).)).....))))))))-------)))... ( -38.50)
>DroYak_CAF1 31002 101 - 1
UACGCCAG---CAUGGCCAUCAUCAUCAGGCGAAUUAUUUGCCACAACAGCCAGCCGCACGCAUAUUAAAUGCGAGAUGAUGUUGUAGCUGCCAUGUU-------GAAGCU
...(((((---((((((((.(((((((.(((((.....)))))......((.....)).(((((.....))))).))))))).)).....))))))))-------)..)). ( -36.60)
>DroAna_CAF1 30401 98 - 1
---UUCAACGCCAUCACCAUCAUCAUCAGGCGUAUUAUUUGCCACAACAGGCAGCCGCACGCAUAUUAAAUGCGAGAUGAUGUUGUAGCUGCCAUGUUG----------CU
---....(((((................)))))...........(((((((((((..(((((((.....))))).........))..)))))).)))))----------.. ( -29.69)
>consensus
___GCCAG___CAUGGCCAUCAUCAUCAGGCGAAUUAUUUGCCACAACAGCCAGCCGCACGCAUAUUAAAUGCGAGAUGAUGUUGUAGCUGCCAUGUUG______GGAGCU
...........((((((((.(((((((.(((((.....)))))................(((((.....))))).))))))).)).....))))))............... (-25.78 = -26.62 +   0.83)

alignment

secondary structure

dotplot

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