Locus 4031

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	13,310,771 – 13,310,935
Length	164
Max. P	0.999816

overview

Window 8

Location	13,310,771 – 13,310,861
Length	90
Sequences	5
Columns	94
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	90.72
Mean single sequence MFE	-25.86
Consensus MFE	-20.54
Energy contribution	-20.98
Covariance contribution	0.44
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-1.89
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	0.97
SVM RNA-class probability	0.892212
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13310771 90 + 20766785
AGAGUCGAAAUA----UUAUUAGUCCAUGUUUCUCGCAGUGCUGUCAUGGAUGUGGCCACGGUUACAGCUAUGGUUAUUGCUUUGGCUUUAACU
((((((((((((----(.........)))))))..((((((...((((((.((((((....)))))).)))))).))))))...)))))).... ( -26.40)
>DroSec_CAF1 10759 90 + 1
AGAGUCGAAAUA----UGAUUAGUCCUUGUUUCUCGCAGUGCAGUCAUGGAUGUGGCCACGGUUACAGCUAUGGUUAUUGCUUUGGCUUUAACU
((((((((((((----.((....))..))))))..((((((...((((((.((((((....)))))).)))))).))))))...)))))).... ( -26.90)
>DroSim_CAF1 11832 90 + 1
AGAGUAGAAAUA----UGAUUAGUCCUUGUUUCUCGCAGUGUAGUCAUGGAUGUGGCCACGGUUACAGCUAUGGUUAUUGCUUUGGCUUUAACU
((((((((((((----.((....))..))))))).((((((...((((((.((((((....)))))).)))))).))))))....))))).... ( -25.40)
>DroEre_CAF1 10979 90 + 1
AGAGACAAACAA----UUAUUAGUCCUUGUUUCUCGCAGUGCAGUCAUGGAUAUGGCCACGGUUACAGCUAUGGUUAUUGCUUUGGCUUUAACU
((((((((((..----......))..))))))))...(((..(((((.((..(((((((..((....))..)))))))..)).)))))...))) ( -22.80)
>DroYak_CAF1 11068 94 + 1
AGAGCCAAACAAACUACUGCAAGUCCUUGUUUCUCGCAGUGCAGUCAUGGAUAUGGCCACGGUUACAGCUAUGGUUAUUGCUUUGGCUUUAACU
((((((((((((..((((((.((.........)).)))))).(..(((((...((((....))))...)))))..).))).))))))))).... ( -27.80)
>consensus
AGAGUCGAAAUA____UUAUUAGUCCUUGUUUCUCGCAGUGCAGUCAUGGAUGUGGCCACGGUUACAGCUAUGGUUAUUGCUUUGGCUUUAACU
(((((((((...................(.....)((((((...((((((.((((((....)))))).)))))).))))))))))))))).... (-20.54 = -20.98 +   0.44)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	13,310,825 – 13,310,935
Length	110
Sequences	5
Columns	115
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.14
Mean single sequence MFE	-37.54
Consensus MFE	-36.22
Energy contribution	-36.06
Covariance contribution	-0.16
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.48
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	4.15
SVM RNA-class probability	0.999816
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13310825 110 + 20766785
ACGGUUACAGCUAUGGUUAUUGCUUUGGCUUUAACUAUUGCUU-----GGCUUUGGCUUUGGCUUCGGCUAUGGCUGUGCCCACUGACAUGGAUAUGGAUAUGGAUAUGGAUAGG
..((.(((((((((((((...(((..((((..(.(((.....)-----)).)..))))..)))...))))))))))))).)).(((.((((..(((....)))..))))..))). ( -35.40)
>DroSec_CAF1 10813 110 + 1
ACGGUUACAGCUAUGGUUAUUGCUUUGGCUUUAACUAUUGCUU-----GGCUUUGGCUUUGGCUUCGGCUAUGGCUGUGCCCACUGACAUGGAUAUGGAUAUGGACAUGGAUAGG
..((.(((((((((((((...(((..((((..(.(((.....)-----)).)..))))..)))...))))))))))))).)).(((.((((..(((....)))..))))..))). ( -37.90)
>DroSim_CAF1 11886 110 + 1
ACGGUUACAGCUAUGGUUAUUGCUUUGGCUUUAACUAUUGCUU-----GGCUUUGGCUUUGGCUUCGGCUAUGGCUGUGCCCACUGACAUGGAUAUGGAUAUGGACAUGGAUAGG
..((.(((((((((((((...(((..((((..(.(((.....)-----)).)..))))..)))...))))))))))))).)).(((.((((..(((....)))..))))..))). ( -37.90)
>DroEre_CAF1 11033 115 + 1
ACGGUUACAGCUAUGGUUAUUGCUUUGGCUUUAACUAUUGCUUGGUUUGGCUUUGGCUUUGGCUUCGGCUAUGGCUGUGCCCACUGACAUGGAUAUGGAUAUGGACAUGGAUAGG
..((.(((((((((.......(((..((((..(((((.....))))).))))..)))...(((....)))))))))))).)).(((.((((..(((....)))..))))..))). ( -38.50)
>DroYak_CAF1 11126 110 + 1
ACGGUUACAGCUAUGGUUAUUGCUUUGGCUUUAACUAUUGCUU-----GGCUGUGGCUUUGGCUUCGGCUAUGGCUGUGCCCACUGACAUGGAUAUGGAUAUGGUCAUGGAUAGG
(((((((.(((.(((((((..((....))..))))))).))))-----))))))((((.((((....)))).))))....(((.(((((((........))).)))))))..... ( -38.00)
>consensus
ACGGUUACAGCUAUGGUUAUUGCUUUGGCUUUAACUAUUGCUU_____GGCUUUGGCUUUGGCUUCGGCUAUGGCUGUGCCCACUGACAUGGAUAUGGAUAUGGACAUGGAUAGG
..((.(((((((((((((...(((..((((.........(((......)))...))))..)))...))))))))))))).)).(((.((((..(((....)))..))))..))). (-36.22 = -36.06 +  -0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:10:03 2006