Locus 4028

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 13,298,638 – 13,298,787
Length 149
Max. P 0.983498
window6492 window6493 window6494

overview

Window 2

Location 13,298,638 – 13,298,751
Length 113
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.93
Mean single sequence MFE -25.95
Consensus MFE -21.04
Energy contribution -20.85
Covariance contribution -0.19
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.47
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.29
SVM RNA-class probability 0.668609
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13298638 113 + 20766785
-----GUUCGAUCUCGCUGACUGUUCCAUUGAACAACUGACUAGAUGCAGCAUAGCGCUCUUCAAAAUCGCUUUUCAACGUCAGCUAUGCCGACAUCUUGCCAAUUUACCAACGGAGU--
-----(((((((...((.....))...)))))))...((.(.((((((.(((((((...(((.((((....)))).)).)...))))))).).))))).).))...............-- ( -22.50)
>DroVir_CAF1 26737 105 + 1
------------UU-GUUGAUUGUUCCAUUGAAUAACUGACUAGAUGCAGCAUAGCGCUAUAAAAAUGCGCUUUCAAACGUCAGCUAUGCCGACAUCUUGCCAAUUGAACAACAGAUG--
------------((-((((.((((((....)))))).((.(.((((((.(((((((((.........))((........))..))))))).).))))).).))......))))))...-- ( -25.10)
>DroGri_CAF1 26280 104 + 1
------------AU-GUUGAGUGUUCCAUUGAAUAACUGACUAGAUGCAGCAUAGCGCUAUAA-GAUGCGCUUUCAAACGUCAGCUAUGCCGACAUCUUGCCAAUUCACCAACAGAUG--
------------.(-((((.((((((....)))....((.(.((((((.(((((((((.....-...))((........))..))))))).).))))).).))...))))))))....-- ( -25.20)
>DroMoj_CAF1 27257 115 + 1
CAUUAUAAUG-ACU-GUUGACUGUUCCAUUGAAUAACUGACUAGAUGCAGCAUAGCGCUAUGC-AAUGCGCUUUGAAACGUCAGCUAUGCCGACAUCUUGCCAAUUCAACAAUAGAUG--
..........-.((-((((..(((((....)))))..((.(.((((((.(((((((((.....-...))....(((....)))))))))).).))))).).))......))))))...-- ( -27.50)
>DroAna_CAF1 24688 120 + 1
CAGAGUUUCGAUCUUGUUGACUGUUCCAUUGAACAACUGACUAGAUGCAGCAUAGCGCUCUCAAAAUUCGUUUUCCAACGUCAGCUAUGCCGACAUCUUGCCAAUUUAACAACAGAUUCU
.........(((((.((((..(((((....)))))..((.(.((((((.(((((((............((((....))))...))))))).).))))).).))......))))))))).. ( -27.66)
>DroPer_CAF1 24989 110 + 1
------CUCGAUCU-GUUGACUGUUCCAUUGAAUAACUGACUAGAUGCAGCAUAGCGUUCUCAAAGAUCGCUUUUCAACUUCAGCUAUGCCGACAUCUUGCCAAUUUACCAACAGAU---
------....((((-((((..(((((....)))))..((.(.((((((.(((((((......((((....)))).........))))))).).))))).).))......))))))))--- ( -27.76)
>consensus
_______UCG_UCU_GUUGACUGUUCCAUUGAAUAACUGACUAGAUGCAGCAUAGCGCUAUAAAAAUGCGCUUUCAAACGUCAGCUAUGCCGACAUCUUGCCAAUUUAACAACAGAUG__
...............((((..(((((....)))))..((.(.((((((.(((((((...........................))))))).).))))).).))......))))....... (-21.04 = -20.85 +  -0.19)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 3

Location 13,298,638 – 13,298,751
Length 113
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.93
Mean single sequence MFE -39.58
Consensus MFE -35.92
Energy contribution -35.50
Covariance contribution -0.42
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -4.24
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 1.95
SVM RNA-class probability 0.983498
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13298638 113 - 20766785
--ACUCCGUUGGUAAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUGAAAAGCGAUUUUGAAGAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUCAGUUGUUCAAUGGAACAGUCAGCGAGAUCGAAC-----
--..((((((((..(((((((.(((((.(((((((((...((((....)))).....(.....))))))))))))))).)))))))..))))))))........((....))...----- ( -42.00)
>DroVir_CAF1 26737 105 - 1
--CAUCUGUUGUUCAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUUGAAAGCGCAUUUUUAUAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUCAGUUAUUCAAUGGAACAAUCAAC-AA------------
--..(((((((...(((((((.(((((.(((((((((....(((....)))((.........)))))))))))))))).)))))))...))))))).........-..------------ ( -36.50)
>DroGri_CAF1 26280 104 - 1
--CAUCUGUUGGUGAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUUGAAAGCGCAUC-UUAUAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUCAGUUAUUCAAUGGAACACUCAAC-AU------------
--..((((((((..(((((((.(((((.(((((((((....(((....)))((...-.....)))))))))))))))).)))))))..)))))))).........-..------------ ( -38.40)
>DroMoj_CAF1 27257 115 - 1
--CAUCUAUUGUUGAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUUCAAAGCGCAUU-GCAUAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUCAGUUAUUCAAUGGAACAGUCAAC-AGU-CAUUAUAAUG
--..(((((((...(((((((.(((((.(((((((((((.((((....))))))..-((...)))))))))))))))).)))))))...))))))).........-...-.......... ( -39.80)
>DroAna_CAF1 24688 120 - 1
AGAAUCUGUUGUUAAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUGGAAAACGAAUUUUGAGAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUCAGUUGUUCAAUGGAACAGUCAACAAGAUCGAAACUCUG
.((.(((((((...(((((((.(((((.(((((((((...((((....)))).....(....).)))))))))))))).)))))))((((....))))...)))).)))))......... ( -40.50)
>DroPer_CAF1 24989 110 - 1
---AUCUGUUGGUAAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGAAGUUGAAAAGCGAUCUUUGAGAACGCUAUGCUGCAUCUAGUCAGUUAUUCAAUGGAACAGUCAAC-AGAUCGAG------
---(((((((((..(((((((.(((((.(((((((((....(((....)))(.((.....)).))))))))))))))).))))))).(((....)))...)))))-))))....------ ( -40.30)
>consensus
__CAUCUGUUGGUAAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUGGAAAGCGAAUUUUGAGAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUCAGUUAUUCAAUGGAACAGUCAAC_AGA_CGA_______
....(((((((...(((((((.(((((.(((((((((....(((....)))(...........))))))))))))))).)))))))...)))))))........................ (-35.92 = -35.50 +  -0.42)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

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Window 4

Location 13,298,673 – 13,298,787
Length 114
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.54
Mean single sequence MFE -34.83
Consensus MFE -22.51
Energy contribution -22.48
Covariance contribution -0.03
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -1.82
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.68
SVM RNA-class probability 0.820983
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13298673 114 - 20766785
UUGGGGUUUCGUCCAUGUCGGAUCGAUCGUAUAUCA---ACUCCGUUGGUAAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUGAAAAGCGAUUUUGAAGAGCGCUAUGCUGCAUCUAG
..((((((((((((.....))).))).........)---)))))((..(....)..)).(((((.(((((((((...((((....)))).....(.....))))))))))))))).. ( -36.20)
>DroPse_CAF1 25033 98 - 1
----------GCGCGUCUCGG----AUCGUACCGC-----AUCUGUUGGUAAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGAAGUUGAAAAGCGAUCUUUGAGAACGCUAUGCUGCAUCUAG
----------..(((((((((----(((((.((((-----((((((..(....)..)).))))).)))..((((....))))....)))))))..))).)))).............. ( -31.20)
>DroEre_CAF1 25187 114 - 1
UUUGGUUUUGAGCCAUGUCGGAUCGAUCGUAUAGCA---CCUCCGUUGGUAAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUGAAAAGCGCUUUUAAAGAGCGCUAUGCUGCAUCUAG
.(..((((...((((...((((..............---..)))).))))))))..)..(((((.(((((((((....(((....)))((((.....)))))))))))))))))).. ( -37.19)
>DroYak_CAF1 24372 114 - 1
UUUGGGUUUGAGCCAUGUCGGCUCGAUCGUAUAGCA---CCUCUGUUGGUAAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUGAAAAGCGAUUUUGAAGAUCGCUAUGCUGCAUCUAG
...(((((((((((.....))))))).........)---))).(((..(....)..)))(((((.(((((((((....(((....)))((((.....)))))))))))))))))).. ( -39.80)
>DroAna_CAF1 24728 112 - 1
UUCGGU-----AGCAGAUUGGAGCGAUCAUAUAGCCAAGAAUCUGUUGUUAAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUGGAAAACGAAUUUUGAGAGCGCUAUGCUGCAUCUAG
...(((-----.((........)).))).....(((((.(((.....)))...))))).(((((.(((((((((...((((....)))).....(....).)))))))))))))).. ( -33.40)
>DroPer_CAF1 25022 98 - 1
----------GCGCGUCUCGG----AUCGUACCGC-----AUCUGUUGGUAAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGAAGUUGAAAAGCGAUCUUUGAGAACGCUAUGCUGCAUCUAG
----------..(((((((((----(((((.((((-----((((((..(....)..)).))))).)))..((((....))))....)))))))..))).)))).............. ( -31.20)
>consensus
UU_GG_____GCCCAUGUCGGAUCGAUCGUAUAGCA____AUCUGUUGGUAAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUGAAAAGCGAUUUUUAAGAGCGCUAUGCUGCAUCUAG
............................................((..(....)..)).(((((.(((((((((....(((....)))(.((.....)).))))))))))))))).. (-22.51 = -22.48 +  -0.03)

alignment

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