Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,394,924 – 2,395,069 |
Length | 145 |
Max. P | 0.968281 |
Location | 2,394,924 – 2,395,044 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 93.50 |
Mean single sequence MFE | -31.46 |
Consensus MFE | -26.64 |
Energy contribution | -26.68 |
Covariance contribution | 0.04 |
Combinations/Pair | 1.09 |
Mean z-score | -1.42 |
Structure conservation index | 0.85 |
SVM decision value | 0.49 |
SVM RNA-class probability | 0.756190 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 2394924 120 - 20766785 CCUACUGGCGAUACUUCAUUACGUUACUGAGAACUGCGCACACAGCUCUCUCGGAUUGAAAUCCAAUGACGUCUAGUGGGAUUUCAUAGCUGAGUUCUAUUCGGUCUCACUGCUGUUCUU ((((((((.((....))...((((((..((((.(((......))).))))..((((....))))..)))))))))))))).....(((((((((..(.....)..))))..))))).... ( -33.10) >DroSec_CAF1 50651 120 - 1 CCUACUGGCGAUACUUCAUUACGUUACUGAGAACUGCGCACACAGCUCUCUCGGAUUGAAAUCCAAUGACGUCUAGUGGGAUUUCAUAGCUGAGUUCUAUUCGGUCUCACUACUGUUCUU ((((((((.((....))...((((((..((((.(((......))).))))..((((....))))..))))))))))))))......(((.((((..(.....)..)))))))........ ( -30.70) >DroSim_CAF1 8030 120 - 1 CCUACUGGCGAUACUUCAUUACGUUACUGAGAACUGCGCACACAGCUCUCUCGGAUUGAAAUCCAAUGACGUCUAGUGGGAUUUCAUAGCUGAGUUCUAUUCGGUCUCACUGCUGUUCUU ((((((((.((....))...((((((..((((.(((......))).))))..((((....))))..)))))))))))))).....(((((((((..(.....)..))))..))))).... ( -33.10) >DroEre_CAF1 8278 120 - 1 CCUACUGGCAAUACUUUACUUCGCUACUGAGAACCGCGCACACAGCUCUCUCAGAUUGAAAUCCAAUGACGUCUAGUGGGAUUUCAUAGCUGCGUUCUAUUCGGUCUCACUGCUGCUCCU ......((((............((...(((((.(((.(.((.(((((.........((((((((....((.....)).)))))))).))))).)).)....))))))))..))))))... ( -26.70) >DroYak_CAF1 7934 120 - 1 CCUACUGGCAAACCUUUAUUACGCUACUGAGAACUGCGCACACAGCUCUCUCAGAUUGAAAUCCAAUGAGGUUUAGUGGGAUUUCAUAGCUGAGUUCCAUUUGGUCUCACUGCUGUUCCU (((((((...((((((..........((((((...((.......))..))))))((((.....))))))))))))))))).....(((((((((..((....)).))))..))))).... ( -33.70) >consensus CCUACUGGCGAUACUUCAUUACGUUACUGAGAACUGCGCACACAGCUCUCUCGGAUUGAAAUCCAAUGACGUCUAGUGGGAUUUCAUAGCUGAGUUCUAUUCGGUCUCACUGCUGUUCUU (((((((((.................((((((...((.......))..))))))((((.....))))...).)))))))).....(((((((((..((....)).))))..))))).... (-26.64 = -26.68 + 0.04)
Location | 2,394,964 – 2,395,069 |
---|---|
Length | 105 |
Sequences | 5 |
Columns | 115 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 88.57 |
Mean single sequence MFE | -32.46 |
Consensus MFE | -27.82 |
Energy contribution | -27.10 |
Covariance contribution | -0.72 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -1.96 |
Structure conservation index | 0.86 |
SVM decision value | 1.62 |
SVM RNA-class probability | 0.968281 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 2394964 105 + 20766785 CCCACUAGACGUCAUUGGAUUUCAAUCCGAGAGAGCUGUGUGCGCAGUUCUCAGUAACGUAAUGAAGUAUCGCCAGUAGGUACAUA----------UAUGUCCAGUGCAUAUAUG ..((((.(((((((((((((....))))..(((((((((....)))))))))........))))).(((((.......)))))...----------..)))).))))........ ( -32.60) >DroSec_CAF1 50691 105 + 1 CCCACUAGACGUCAUUGGAUUUCAAUCCGAGAGAGCUGUGUGCGCAGUUCUCAGUAACGUAAUGAAGUAUCGCCAGUAGGUACAUA----------UAUGUCCAGUGCAUAUAUG ..((((.(((((((((((((....))))..(((((((((....)))))))))........))))).(((((.......)))))...----------..)))).))))........ ( -32.60) >DroSim_CAF1 8070 105 + 1 CCCACUAGACGUCAUUGGAUUUCAAUCCGAGAGAGCUGUGUGCGCAGUUCUCAGUAACGUAAUGAAGUAUCGCCAGUAGGUACAUA----------UAUGUCCAGUGCAUAUAUG ..((((.(((((((((((((....))))..(((((((((....)))))))))........))))).(((((.......)))))...----------..)))).))))........ ( -32.60) >DroEre_CAF1 8318 115 + 1 CCCACUAGACGUCAUUGGAUUUCAAUCUGAGAGAGCUGUGUGCGCGGUUCUCAGUAGCGAAGUAAAGUAUUGCCAGUAGGUACAUAUAGGUACAUAUGAGUCCAGUGCAUAUAUG ..........(.(((((((((.((......(((((((((....))))))))).........(((..((((((((....)))).))))...)))...))))))))))))....... ( -32.10) >DroYak_CAF1 7974 107 + 1 CCCACUAAACCUCAUUGGAUUUCAAUCUGAGAGAGCUGUGUGCGCAGUUCUCAGUAGCGUAAUAAAGGUUUGCCAGUAGGUACA--------CAUAUGUGUUCGGUGCAUAUAUG ((.(((((((((..(..(((....)))..)(((((((((....))))))))).............))))))...))).))....--------(((((((((.....))))))))) ( -32.40) >consensus CCCACUAGACGUCAUUGGAUUUCAAUCCGAGAGAGCUGUGUGCGCAGUUCUCAGUAACGUAAUGAAGUAUCGCCAGUAGGUACAUA__________UAUGUCCAGUGCAUAUAUG ..((((.(((....((((((....))))))(((((((((....)))))))))..............(((((.......)))))................))).))))........ (-27.82 = -27.10 + -0.72)
Location | 2,394,964 – 2,395,069 |
---|---|
Length | 105 |
Sequences | 5 |
Columns | 115 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 88.57 |
Mean single sequence MFE | -30.06 |
Consensus MFE | -22.46 |
Energy contribution | -22.10 |
Covariance contribution | -0.36 |
Combinations/Pair | 1.09 |
Mean z-score | -2.25 |
Structure conservation index | 0.75 |
SVM decision value | 1.01 |
SVM RNA-class probability | 0.898976 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 2394964 105 - 20766785 CAUAUAUGCACUGGACAUA----------UAUGUACCUACUGGCGAUACUUCAUUACGUUACUGAGAACUGCGCACACAGCUCUCUCGGAUUGAAAUCCAAUGACGUCUAGUGGG (((((((((....).))))----------))))..((((((((.((....))...((((((..((((.(((......))).))))..((((....))))..)))))))))))))) ( -31.20) >DroSec_CAF1 50691 105 - 1 CAUAUAUGCACUGGACAUA----------UAUGUACCUACUGGCGAUACUUCAUUACGUUACUGAGAACUGCGCACACAGCUCUCUCGGAUUGAAAUCCAAUGACGUCUAGUGGG (((((((((....).))))----------))))..((((((((.((....))...((((((..((((.(((......))).))))..((((....))))..)))))))))))))) ( -31.20) >DroSim_CAF1 8070 105 - 1 CAUAUAUGCACUGGACAUA----------UAUGUACCUACUGGCGAUACUUCAUUACGUUACUGAGAACUGCGCACACAGCUCUCUCGGAUUGAAAUCCAAUGACGUCUAGUGGG (((((((((....).))))----------))))..((((((((.((....))...((((((..((((.(((......))).))))..((((....))))..)))))))))))))) ( -31.20) >DroEre_CAF1 8318 115 - 1 CAUAUAUGCACUGGACUCAUAUGUACCUAUAUGUACCUACUGGCAAUACUUUACUUCGCUACUGAGAACCGCGCACACAGCUCUCUCAGAUUGAAAUCCAAUGACGUCUAGUGGG ........((((((((((((..((((......))))....((((.............))))((((((...((.......))..))))))...........)))).)))))))).. ( -27.62) >DroYak_CAF1 7974 107 - 1 CAUAUAUGCACCGAACACAUAUG--------UGUACCUACUGGCAAACCUUUAUUACGCUACUGAGAACUGCGCACACAGCUCUCUCAGAUUGAAAUCCAAUGAGGUUUAGUGGG ((((((((.........))))))--------))..(((((((...((((((..........((((((...((.......))..))))))((((.....))))))))))))))))) ( -29.10) >consensus CAUAUAUGCACUGGACAUA__________UAUGUACCUACUGGCGAUACUUCAUUACGUUACUGAGAACUGCGCACACAGCUCUCUCGGAUUGAAAUCCAAUGACGUCUAGUGGG ........((((((((...................((....))..................((((((...((.......))..))))))((((.....))))...)))))))).. (-22.46 = -22.10 + -0.36)
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