Locus 4

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 802,520 – 802,690
Length 170
Max. P 0.997378
window6 window7 window8 window9 window10 window11

overview

Window 6

Location 802,520 – 802,619
Length 99
Sequences 6
Columns 105
Reading direction forward
Mean pairwise identity 74.98
Mean single sequence MFE -40.72
Consensus MFE -22.68
Energy contribution -22.35
Covariance contribution -0.33
Combinations/Pair 1.40
Mean z-score -2.03
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 1.29
SVM RNA-class probability 0.938652
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 802520 99 + 20766785
GCCGUUGAGGGAGAAU---CUGAUCGAAAACGUAGAGCC---GGUGGAAAUAGUGCAAAUACAUCCGCAGCCGCAGCGGCAGCUGCCGCCGCUGUCGCACAUGCA
((.((((.(((.((..---....))......(((..(((---.((....)).).))...))).))).)))).)).((((((((.......))))))))....... ( -28.90)
>DroVir_CAF1 1938 102 + 1
GCACCUGAAGGCGAUACUCCGGAUCGAAGAAGGCGCGCC---GCUGGCAAUAAUGCCAACACUUCUGCUGCAGCUGCAGCAGCUGCUGCGGCUGUUGCACACGCC
.........((((............((((..((....))---(.(((((....))))).).))))(((.(((((((((((....))))))))))).)))..)))) ( -44.00)
>DroPse_CAF1 2616 99 + 1
ACUGCUGAUGGGGAAA---CCGAUCGGAGACGUCGAGGC---GGUGGAAAUAGCGGAAACACAUCUGCAGCUGCAGCGGCUGCUGCAGCAGCAGUUGCCCACGCA
.((.(((((.((....---)).))))))).(((....))---)((((.......(....).((.((((.((((((((....)))))))).)))).)).))))... ( -46.70)
>DroYak_CAF1 335 99 + 1
GCUGUUGACGGAGAAU---CUGAUCGAAAACGUAGAGGU---GGGGGAAAUAGUGCAAACACAUCCGCAGCCGCAGCAGCAGCUGCAGCCGCUGUCGCACAUGCA
((((((((((((...(---((.(((...........)))---.)))......(((....))).)))((.((.(((((....))))).)).)).)))).))).)). ( -31.20)
>DroMoj_CAF1 2029 105 + 1
GCAGCUGAAGGCGAUACACCGGAUCGAAGGAGGCGCGGCGGUGCUGGCAAUAAUGCAAAUACUUCGGCUGCAGCUGCAGCGGCUGCCGCGGCCGUGGCACACGCA
(((((((((((((...(.((((.((....))..).))).).)))..(((....))).....)))))))))).......(((..((((((....))))))..))). ( -46.80)
>DroPer_CAF1 2728 99 + 1
ACUGCUGAUGGGGAAA---CCGAUCGGAGACGUCGAGGC---GGUGGAAAUAGCGGAAACACAUCUGCAGCUGCAGCGGCUGCUGCAGCAGCAGUUGCCCACGCA
.((.(((((.((....---)).))))))).(((....))---)((((.......(....).((.((((.((((((((....)))))))).)))).)).))))... ( -46.70)
>consensus
GCUGCUGAAGGAGAAA___CCGAUCGAAGACGUCGAGGC___GGUGGAAAUAGUGCAAACACAUCUGCAGCAGCAGCAGCAGCUGCAGCAGCUGUUGCACACGCA
(((((.((((.((......))...((....)).............................)))).))))).((.((((((((((...))))))))))....)). (-22.68 = -22.35 +  -0.33)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 802,520 – 802,619
Length 99
Sequences 6
Columns 105
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 74.98
Mean single sequence MFE -38.61
Consensus MFE -19.85
Energy contribution -20.72
Covariance contribution 0.86
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -1.71
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 0.20
SVM RNA-class probability 0.631361
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 802520 99 - 20766785
UGCAUGUGCGACAGCGGCGGCAGCUGCCGCUGCGGCUGCGGAUGUAUUUGCACUAUUUCCACC---GGCUCUACGUUUUCGAUCAG---AUUCUCCCUCAACGGC
((((.(((((.(.(((((.(((((....))))).))))).).))))).)))).........((---(...........((.....)---)...........))). ( -32.55)
>DroVir_CAF1 1938 102 - 1
GGCGUGUGCAACAGCCGCAGCAGCUGCUGCAGCUGCAGCAGAAGUGUUGGCAUUAUUGCCAGC---GGCGCGCCUUCUUCGAUCCGGAGUAUCGCCUUCAGGUGC
(((((((((..((((.(((((....))))).))))..)).....((((((((....)))))))---))))))))..(((((...)))))...((((....)))). ( -48.60)
>DroPse_CAF1 2616 99 - 1
UGCGUGGGCAACUGCUGCUGCAGCAGCCGCUGCAGCUGCAGAUGUGUUUCCGCUAUUUCCACC---GCCUCGACGUCUCCGAUCGG---UUUCCCCAUCAGCAGU
((((((((((.((((.((((((((....)))))))).)))).)))....)))).......(((---(..(((.......))).)))---)..........))).. ( -38.10)
>DroYak_CAF1 335 99 - 1
UGCAUGUGCGACAGCGGCUGCAGCUGCUGCUGCGGCUGCGGAUGUGUUUGCACUAUUUCCCCC---ACCUCUACGUUUUCGAUCAG---AUUCUCCGUCAACAGC
.((.(((..(((.(((((((((((....)))))))))))(((.(((....)))..........---.......((....)).....---....)))))).))))) ( -35.00)
>DroMoj_CAF1 2029 105 - 1
UGCGUGUGCCACGGCCGCGGCAGCCGCUGCAGCUGCAGCCGAAGUAUUUGCAUUAUUGCCAGCACCGCCGCGCCUCCUUCGAUCCGGUGUAUCGCCUUCAGCUGC
.(((..((((.(....).))))..))).(((((((.((.(((.......(((....)))..((((((...((.......))...)))))).))).)).))))))) ( -39.30)
>DroPer_CAF1 2728 99 - 1
UGCGUGGGCAACUGCUGCUGCAGCAGCCGCUGCAGCUGCAGAUGUGUUUCCGCUAUUUCCACC---GCCUCGACGUCUCCGAUCGG---UUUCCCCAUCAGCAGU
((((((((((.((((.((((((((....)))))))).)))).)))....)))).......(((---(..(((.......))).)))---)..........))).. ( -38.10)
>consensus
UGCGUGUGCAACAGCCGCUGCAGCUGCCGCUGCAGCUGCAGAUGUGUUUGCACUAUUUCCACC___GCCUCGACGUCUUCGAUCAG___UUUCCCCAUCAGCAGC
.(((.(((((.(.((.((((((((....)))))))).)).).))))).)))...................................................... (-19.85 = -20.72 +   0.86)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 802,554 – 802,650
Length 96
Sequences 6
Columns 99
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.70
Mean single sequence MFE -47.25
Consensus MFE -27.38
Energy contribution -26.60
Covariance contribution -0.77
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -3.77
Structure conservation index 0.58
SVM decision value 2.77
SVM RNA-class probability 0.996931
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 802554 96 + 20766785
CC---GGUGGAAAUAGUGCAAAUACAUCCGCAGCCGCAGCGGCAGCUGCCGCCGCUGUCGCACAUGCAGCAUGUACUGCAGCUGCUGUCGCUAGCACUG
.(---((((....(((((((............((.((((((((.......)))))))).))....(((((.((.....))))))))).))))).))))) ( -38.20)
>DroVir_CAF1 1975 96 + 1
CC---GCUGGCAAUAAUGCCAACACUUCUGCUGCAGCUGCAGCAGCUGCUGCGGCUGUUGCACACGCCGCAAGCACUGCGGCCGCAGCAGCAGCUACGG
((---(.(((((....)))))........((((((((((((((....)))))))))(((((....((((((.....)))))).))))).)))))..))) ( -50.70)
>DroEre_CAF1 16791 96 + 1
GC---GGUGGAAAUAGUGCAAACACAUCAGCAGCCGCAGCGGCAGCUGCUGCCGCUGUCGCACAUGCAGCAUGUACUGCAGCUGCUGCCGCCACCACAG
(.---(((((.....(((....)))..((((((((((((((((((...))))))))).))....(((((......))))))))))))...))))).).. ( -47.40)
>DroYak_CAF1 369 96 + 1
GU---GGGGGAAAUAGUGCAAACACAUCCGCAGCCGCAGCAGCAGCUGCAGCCGCUGUCGCACAUGCAGCGUGUACAGCGGCUGCUGCCGCCACCACUG
((---((((......(((....)))....(((((.(((((....)))))(((((((((.((((.......))))))))))))))))))..)).)))).. ( -48.50)
>DroMoj_CAF1 2066 99 + 1
GCGGUGCUGGCAAUAAUGCAAAUACUUCGGCUGCAGCUGCAGCGGCUGCCGCGGCCGUGGCACACGCAGCCAGCACAGCGGCUGCAGCAGCUGCCACUG
(.((((...(((....)))...)))).)(((.((.((((((((.((((..(((((.(((.....))).))).)).)))).)))))))).)).))).... ( -50.00)
>DroPer_CAF1 2762 93 + 1
GC---GGUGGAAAUAGCGGAAACACAUCUGCAGCUGCAGCGGCUGCUGCAGCAGCAGUUGCCCACGCAGCUAACACGGCAGCUGCUGCAGC---CACAG
..---.(((......(((((......))))).(((((((((((((((((....))((((((....)))))).....)))))))))))))))---))).. ( -48.70)
>consensus
GC___GGUGGAAAUAGUGCAAACACAUCCGCAGCCGCAGCAGCAGCUGCAGCCGCUGUCGCACACGCAGCAAGCACUGCAGCUGCUGCAGCCACCACUG
.............................(((((.((.((((((((.......)))))))).......(((.....))).)).)))))........... (-27.38 = -26.60 +  -0.77)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 802,554 – 802,650
Length 96
Sequences 6
Columns 99
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.70
Mean single sequence MFE -51.08
Consensus MFE -28.58
Energy contribution -30.05
Covariance contribution 1.47
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -3.95
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 2.85
SVM RNA-class probability 0.997378
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 802554 96 - 20766785
CAGUGCUAGCGACAGCAGCUGCAGUACAUGCUGCAUGUGCGACAGCGGCGGCAGCUGCCGCUGCGGCUGCGGAUGUAUUUGCACUAUUUCCACC---GG
.(((((..(((.(.((((((((.(((((((...)))))))...((((((((...)))))))))))))))).).)))....))))).........---.. ( -44.80)
>DroVir_CAF1 1975 96 - 1
CCGUAGCUGCUGCUGCGGCCGCAGUGCUUGCGGCGUGUGCAACAGCCGCAGCAGCUGCUGCAGCUGCAGCAGAAGUGUUGGCAUUAUUGCCAGC---GG
((...(((.((((((((((.((((((((((((((.((.....))))))))..))).))))).)))))))))).)))(((((((....)))))))---)) ( -58.30)
>DroEre_CAF1 16791 96 - 1
CUGUGGUGGCGGCAGCAGCUGCAGUACAUGCUGCAUGUGCGACAGCGGCAGCAGCUGCCGCUGCGGCUGCUGAUGUGUUUGCACUAUUUCCACC---GC
..(((((((...((((((((((.(((((((...)))))))...((((((((...))))))))))))))))))..(((....))).....)))))---)) ( -54.10)
>DroYak_CAF1 369 96 - 1
CAGUGGUGGCGGCAGCAGCCGCUGUACACGCUGCAUGUGCGACAGCGGCUGCAGCUGCUGCUGCGGCUGCGGAUGUGUUUGCACUAUUUCCCCC---AC
((((.(..(((((((((((((((((.(.(((.....))).))))))))))...))))))))..).)))).(((.(((....)))....)))...---.. ( -52.10)
>DroMoj_CAF1 2066 99 - 1
CAGUGGCAGCUGCUGCAGCCGCUGUGCUGGCUGCGUGUGCCACGGCCGCGGCAGCCGCUGCAGCUGCAGCCGAAGUAUUUGCAUUAUUGCCAGCACCGC
.((((((.((....)).))))))((((((((((((.((((..((((.(((((.((....)).))))).))))..)))).)))).....))))))))... ( -52.10)
>DroPer_CAF1 2762 93 - 1
CUGUG---GCUGCAGCAGCUGCCGUGUUAGCUGCGUGGGCAACUGCUGCUGCAGCAGCCGCUGCAGCUGCAGAUGUGUUUCCGCUAUUUCCACC---GC
(((..---((((((((.(((((..(((.(((...(..(....)..).))))))))))).))))))))..)))..(((....)))..........---.. ( -45.10)
>consensus
CAGUGGUAGCGGCAGCAGCCGCAGUACAUGCUGCAUGUGCGACAGCGGCAGCAGCUGCCGCUGCGGCUGCAGAUGUGUUUGCACUAUUUCCACC___GC
..(((((.((....)).)))))..........(((..((((.((((.((((((((....)))))))).)))).))))..)))................. (-28.58 = -30.05 +   1.47)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 802,579 – 802,690
Length 111
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.16
Mean single sequence MFE -43.61
Consensus MFE -27.44
Energy contribution -26.72
Covariance contribution -0.72
Combinations/Pair 1.45
Mean z-score -3.05
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 2.32
SVM RNA-class probability 0.992342
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 802579 111 + 20766785
CGCAGCCGCAGCGGCAGCUGCCGCCGCUGUCGCACAUGCAGCAUGUACUGCAGCUGCUGUCGCUAGCACU---GGGCUCUAUGCAUCUCAUUCCAACUCAGCUUCGCCUAUUCC
.(((((.(((((((((((.......))))))))....(((((.((.....)))))))))).))).))..(---((((.....((................))...))))).... ( -37.79)
>DroVir_CAF1 2000 111 + 1
UGCUGCAGCUGCAGCAGCUGCUGCGGCUGUUGCACACGCCGCAAGCACUGCGGCCGCAGCAGCAGCUACG---GGCCUUUACGCAACGCACUCUAACUCAGCAUCACCCAUUCC
(((((.(((((.(((.(((((((((((((((((...........)))..)))))))))))))).))).))---)((......))............)))))))........... ( -46.00)
>DroPse_CAF1 2675 108 + 1
UGCAGCUGCAGCGGCUGCUGCAGCAGCAGUUGCCCACGCAGCUAACACGGCAGCUGCUGCAGC---CACA---GGACUCUAUACAUCGCAUUCAAACUCAGCAUCGCCCAUUCC
.((.(((((((((((((((((....))((((((....)))))).....)))))))))))))))---....---..............((...........))...))....... ( -41.50)
>DroGri_CAF1 2512 114 + 1
GGCAGCAGCUGCAGCGGCAGCCGCGGCUGUCGCCCAUGCUGCAAGCACUGCGGCAGCAGCAGCUGCUACUCAGGGACUCUAUGCAACGCACUCUAACUCAGCAUCACCGAUUCC
((((((.(((((.((((((((....))))))))...(((((((.....)))))))))))).))))))......(((.((.((((................))))....)).))) ( -49.69)
>DroMoj_CAF1 2094 111 + 1
GGCUGCAGCUGCAGCGGCUGCCGCGGCCGUGGCACACGCAGCCAGCACAGCGGCUGCAGCAGCUGCCACU---GGACUAUACACAAACCACUCUAACUCAGCAUCACCAAUUCC
(((.((.((((((((.((((..(((((.(((.....))).))).)).)))).)))))))).)).)))...---......................................... ( -45.20)
>DroPer_CAF1 2787 108 + 1
UGCAGCUGCAGCGGCUGCUGCAGCAGCAGUUGCCCACGCAGCUAACACGGCAGCUGCUGCAGC---CACA---GGACUCUAUACAUCGCAUUCAAACUCAGCAUCGCCCAUUCC
.((.(((((((((((((((((....))((((((....)))))).....)))))))))))))))---....---..............((...........))...))....... ( -41.50)
>consensus
UGCAGCAGCAGCAGCAGCUGCCGCGGCUGUUGCACACGCAGCAAGCACUGCAGCUGCAGCAGCUGCCACU___GGACUCUAUACAACGCACUCUAACUCAGCAUCACCCAUUCC
.(((((.((.((((((((((...)))))))))).......(((.....))).)).)))))...................................................... (-27.44 = -26.72 +  -0.72)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 802,579 – 802,690
Length 111
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.16
Mean single sequence MFE -51.63
Consensus MFE -29.19
Energy contribution -29.13
Covariance contribution -0.05
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -2.62
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 1.91
SVM RNA-class probability 0.982247
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 802579 111 - 20766785
GGAAUAGGCGAAGCUGAGUUGGAAUGAGAUGCAUAGAGCCC---AGUGCUAGCGACAGCAGCUGCAGUACAUGCUGCAUGUGCGACAGCGGCGGCAGCUGCCGCUGCGGCUGCG
.......((...((((.(((...(((.....)))..))).)---)))....))....((((((((.(((((((...)))))))...((((((((...)))))))))))))))). ( -45.60)
>DroVir_CAF1 2000 111 - 1
GGAAUGGGUGAUGCUGAGUUAGAGUGCGUUGCGUAAAGGCC---CGUAGCUGCUGCUGCGGCCGCAGUGCUUGCGGCGUGUGCAACAGCCGCAGCAGCUGCUGCAGCUGCAGCA
...((((((.((((...((......))...))))....)))---))).(((((.((((((((.((..((((.(((((.((.....))))))))))))).)))))))).))))). ( -57.90)
>DroPse_CAF1 2675 108 - 1
GGAAUGGGCGAUGCUGAGUUUGAAUGCGAUGUAUAGAGUCC---UGUG---GCUGCAGCAGCUGCCGUGUUAGCUGCGUGGGCAACUGCUGCUGCAGCAGCCGCUGCAGCUGCA
.....((((.((((...((......))...))))...))))---.(..---((((((((.(((((..(((.(((...(..(....)..).))))))))))).))))))))..). ( -50.60)
>DroGri_CAF1 2512 114 - 1
GGAAUCGGUGAUGCUGAGUUAGAGUGCGUUGCAUAGAGUCCCUGAGUAGCAGCUGCUGCUGCCGCAGUGCUUGCAGCAUGGGCGACAGCCGCGGCUGCCGCUGCAGCUGCUGCC
(((.((.(..((((...........))))..)...)).)))....(((((((((((.((.(((((.((((.....)))).(((....))))))))....)).))))))))))). ( -56.20)
>DroMoj_CAF1 2094 111 - 1
GGAAUUGGUGAUGCUGAGUUAGAGUGGUUUGUGUAUAGUCC---AGUGGCAGCUGCUGCAGCCGCUGUGCUGGCUGCGUGUGCCACGGCCGCGGCAGCCGCUGCAGCUGCAGCC
...(((((..((((.((.(......).))...))))...))---)))(((.((.((((((((.(((((((.(((((.(.....).))))))).))))).)))))))).)).))) ( -48.90)
>DroPer_CAF1 2787 108 - 1
GGAAUGGGCGAUGCUGAGUUUGAAUGCGAUGUAUAGAGUCC---UGUG---GCUGCAGCAGCUGCCGUGUUAGCUGCGUGGGCAACUGCUGCUGCAGCAGCCGCUGCAGCUGCA
.....((((.((((...((......))...))))...))))---.(..---((((((((.(((((..(((.(((...(..(....)..).))))))))))).))))))))..). ( -50.60)
>consensus
GGAAUGGGCGAUGCUGAGUUAGAAUGCGAUGCAUAGAGUCC___AGUGGCAGCUGCAGCAGCCGCAGUGCUUGCUGCGUGGGCAACAGCCGCGGCAGCAGCCGCAGCUGCUGCA
......(((.((((...((......))...))))...)))...........(((...(((((..........)))))...)))....((.((((((((....)))))))).)). (-29.19 = -29.13 +  -0.05)

alignment

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secondary structure

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