Locus 398

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 2,385,373 – 2,385,473
Length 100
Max. P 0.594357
window780

overview

Window 0

Location 2,385,373 – 2,385,473
Length 100
Sequences 6
Columns 105
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.71
Mean single sequence MFE -35.32
Consensus MFE -23.57
Energy contribution -24.52
Covariance contribution 0.95
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -1.33
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.12
SVM RNA-class probability 0.594357
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2385373 100 - 20766785
CUAGCCUUGUAUGCGGGCAUCCACAAGAUCCUGUGGGUGCUAAUAUGCGCAGGAUUCGUGAUCCUCAUGUGCCGCAAGGUUGGAGGUGGGU-----AACAGGUUU
((((((((((.((((((((((((((......))))))))))......))))((...((((.....))))..))))))))))))........-----......... ( -39.10)
>DroPse_CAF1 21453 104 - 1
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>DroSim_CAF1 35488 105 - 1
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(((((((((((.((.(((((((((((....))))))))))).(((((...(((((.....)))))))))))))))))))))))...................... ( -41.80)
>DroEre_CAF1 34865 105 - 1
CUAGCCCUGUAUGCAGGCAUCCACAAGAUCUUGUGGGUGCUAAUAUGCGCAGGAUUCGUGAUCCUCAUGUGCUGCAAGGUGGGAGGUGGGUUAACUAACAGAUUU
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>DroYak_CAF1 34981 105 - 1
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>DroPer_CAF1 13960 104 - 1
CUGGCCCUCUAUGCGGGCCUGUACAGGAAUCUGUGGGUCCUGAUCUGCGGGGGAUUCGUUUACUUCAUGUGCAGCAAAGUGGGAGGUGGGUG-GUUGAGAGAAGC
((.(((..((((....((.((((((.(((....((((((((.........)))))))).....))).))))))))...))))..))).))..-............ ( -29.70)
>consensus
CUAGCCCUGUAUGCGGGCAUCCACAAGAUCCUGUGGGUGCUAAUAUGCGCAGGAUUCGUGAUCCUCAUGUGCUGCAAGGUGGGAGGUGGGUU_AUUAACAGAUUU
...((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..)))))).............((((....(((....)))..)))).)))).............. (-23.57 = -24.52 +   0.95)

alignment

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