Locus 3978

Window 8

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>2R_DroMel_CAF1 13127595 95 + 20766785
CU----UUUUCGACUGCAUUGGCUU----------------CAAAAG-UUUUGCUCUGUUAAGCAAAUUGCAUACAAAACGCGAGUUUUGUUGCUAAAAGAGCGCAUUUCAAUGCA---
..----.........(((((((...----------------......-.((((((......)))))).(((..(((((((....))))))).(((.....))))))..))))))).--- ( -26.40)
>DroVir_CAF1 26758 89 + 1
CCAG--AGCUG-GCCGA-----------------------GCUGCAGGUUUUGCUCUGUUAAACAAAUUGCAUACAAAACGCAAGUUUUGUUGCUAAAAG-GCGAAUUUUAUUGCA---
.(((--(((.(-(((..-----------------------......))))..))))))...........(((.(((((((....))))))))))......-((((......)))).--- ( -29.20)
>DroPse_CAF1 21650 113 + 1
CU-GAAGUUGGGGCUGCAUUGGCUGGGAGAGGUUUCUGAAGCUGAAG-UUGUGCUCUGUUAAGCAAAUUGCAUACAAAACGCGAGUUUUGUUGCUAAAAG-GCGCAUUUCAAUGCA---
..-......(((((.((.(..(((.((((....))))..)))..).)-)...))))).....((.....(((.(((((((....))))))))))......-))((((....)))).--- ( -33.60)
>DroWil_CAF1 23141 93 + 1
-------GCUCUAUGUCUUUAGCUU--------------AGCAGCAG-UUGUGCUCUGUUAAACAAAUUGCAUACAAAACGCGAGUUUUGUUGCUAAAAG-CUGCAUUUCAUUGCA---
-------((...(((....((((((--------------((((((((-((((..........)).))))))..(((((((....))))))))))))..))-))).....))).)).--- ( -26.80)
>DroMoj_CAF1 24117 90 + 1
U--G--AGCUGAGCUGC-----------------------GCUGCAG-UUUUGCUCUGUUAAACAAAUUGCAUACAAAACGCAAGUUUUGUUGCUAAAAG-GCGCAUUUGAUUGCAGUU
.--(--(((.(((((((-----------------------...))))-))).))))(((....(((((.((..(((((((....))))))).(((....)-)))))))))...)))... ( -31.40)
>DroAna_CAF1 21678 94 + 1
UU----UUUUGGCCUGCAUUGGCUC----------------CAAAAG-UUGUGCUCUGUUAAGCAAAUUGCAUACAAAACGCGAGUUUUGUUGCUAAAAG-GUGCAUUUCAAUGCA---
..----.........((((((((.(----------------(.....-...((((......))))....(((.(((((((....)))))))))).....)-).))....)))))).--- ( -27.00)
>consensus
CU____AGCUGGGCUGCAUUGGCU________________GCAGAAG_UUGUGCUCUGUUAAACAAAUUGCAUACAAAACGCGAGUUUUGUUGCUAAAAG_GCGCAUUUCAAUGCA___
........................................((.......(((((..((.....))....(((.(((((((....)))))))))).......))))).......)).... (-14.10 = -14.54 +   0.44) 

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Window 9

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13127595 95 - 20766785
---UGCAUUGAAAUGCGCUCUUUUAGCAACAAAACUCGCGUUUUGUAUGCAAUUUGCUUAACAGAGCAAAA-CUUUUG----------------AAGCCAAUGCAGUCGAAAA----AG
---(((((((...((((((.....))).(((((((....)))))))..))).(((((((....))))))).-......----------------....)))))))........----.. ( -25.60)
>DroVir_CAF1 26758 89 - 1
---UGCAAUAAAAUUCGC-CUUUUAGCAACAAAACUUGCGUUUUGUAUGCAAUUUGUUUAACAGAGCAAAACCUGCAGC-----------------------UCGGC-CAGCU--CUGG
---((((.........((-......)).(((((((....))))))).))))..........((((((....((......-----------------------..)).-..)))--))). ( -20.70)
>DroPse_CAF1 21650 113 - 1
---UGCAUUGAAAUGCGC-CUUUUAGCAACAAAACUCGCGUUUUGUAUGCAAUUUGCUUAACAGAGCACAA-CUUCAGCUUCAGAAACCUCUCCCAGCCAAUGCAGCCCCAACUUC-AG
---(((((((...(((((-......)).(((((((....)))))))..)))...(((((....)))))...-.....(((..(((....)))...))))))))))...........-.. ( -24.30)
>DroWil_CAF1 23141 93 - 1
---UGCAAUGAAAUGCAG-CUUUUAGCAACAAAACUCGCGUUUUGUAUGCAAUUUGUUUAACAGAGCACAA-CUGCUGCU--------------AAGCUAAAGACAUAGAGC-------
---.(((......)))((-(((.((((((((((((....))))))).(((..((((.....)))))))...-.)))))..--------------))))).............------- ( -21.00)
>DroMoj_CAF1 24117 90 - 1
AACUGCAAUCAAAUGCGC-CUUUUAGCAACAAAACUUGCGUUUUGUAUGCAAUUUGUUUAACAGAGCAAAA-CUGCAGC-----------------------GCAGCUCAGCU--C--A
....((.......(((((-......((((((((((....))))))).)))..(((((((....))))))).-.....))-----------------------))).....)).--.--. ( -22.30)
>DroAna_CAF1 21678 94 - 1
---UGCAUUGAAAUGCAC-CUUUUAGCAACAAAACUCGCGUUUUGUAUGCAAUUUGCUUAACAGAGCACAA-CUUUUG----------------GAGCCAAUGCAGGCCAAAA----AA
---(((((((....((.(-(.....((((((((((....))))))).)))....(((((....)))))...-.....)----------------).)))))))))........----.. ( -24.80)
>consensus
___UGCAAUGAAAUGCGC_CUUUUAGCAACAAAACUCGCGUUUUGUAUGCAAUUUGCUUAACAGAGCAAAA_CUGCAGC________________AGCCAAUGCAGCCCAAAA____AG
...((((......))))........((((((((((....))))))).)))....(((((....)))))................................................... (-13.94 = -13.63 +  -0.31) 

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