Locus 3959

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 13,055,056 – 13,055,176
Length 120
Max. P 0.779563
window6393 window6394

overview

Window 3

Location 13,055,056 – 13,055,176
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.39
Mean single sequence MFE -47.28
Consensus MFE -34.54
Energy contribution -34.52
Covariance contribution -0.02
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -2.05
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.55
SVM RNA-class probability 0.779563
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13055056 120 + 20766785
AAAGCUGACCCGUCAGCUGAGGCAACGCUACUACGCAGAGUCCGCUGCCCAGCGUAAUCUUCUCCAGCGCCUGCUGAAGGAGUGGGCGAAGCUGAAGGAGUUGCGCCGCCAGCAGCGAUU
..((((((....))))))..(....)((......))......((((((.(.((((((.(((((.(((((((..((.....))..)))...)))).))))))))))).)...))))))... ( -50.00)
>DroVir_CAF1 5451 120 + 1
GCAAUUGACCCAACAGCUGCGGAUACGCUACUACGCCGAAUCCACGGCGCAGCGCGUAUUGCUUCAACGCCUGCUCACACAGUGGGCCAAGCUGAAGGAGUUGCGCAAGCAGCAACAGUU
..(((((..((..((((((((.((((((..((.(((((......))))).)).)))))))))......(((..((.....))..)))..)))))..)).(((((....)))))..))))) ( -50.10)
>DroGri_CAF1 5014 120 + 1
GGAAUUGACACAACAAUUGCGCAAACGCUACUAUGCCGAGUCGACGGCCGAGCGUUCACUGCUCCAGCGUCUGCUCAAGCAUUGGGCCAAGCUGAAGGAGCUGCGCACACAGCAACAAUU
..(((((......)))))(((((((((((.....((((......))))..))))))....((((((((....(((((.....)))))...)))...)))))))))).............. ( -38.90)
>DroSec_CAF1 3804 120 + 1
GAAGCUGACCCGUCAGCUGAGACAACGCUACUACGCAGAGUCCGCUGCCCAGCGUAAUCUUCUCCAGCGCCUGCUAAAGCAGUGGGCCAAGCUGAAGGAGCUGCGCCGCCAGCAGCGAUU
..((((((....))))))..(((...((......))...)))((((((.(.(((((..(((((.(((((((..((.....))..)))...)))).))))).))))).)...))))))... ( -47.70)
>DroSim_CAF1 3756 120 + 1
GAAGCUGACCCGUCAGCUGAGGCAACGCUACUACGCAGAGUCCGCUGCCCAGCGUAAUCUCCUCCAGCGCCUGCUAAAGCAGUGGGCCAAGCUGAAGGAGCUGCGCCGCCAGCAGCGAUU
..((((((....))))))..(....)((......))......((((((.(.(((((..(((((.(((((((..((.....))..)))...)))).))))).))))).)...))))))... ( -50.20)
>DroEre_CAF1 3746 120 + 1
AAAGCUGACCCGUCAGCUGAGGCAACGUUACUACGCCGAGUCGGCUGCCCAGCGUAAUCUUCUCCAGCGCCUGCUGAAGGAGUGGGCCAAGCUGAAGGAACUGCGCCGUCAGCAGCGAUU
...((((((......((((.((((..((....))((((...))))))))))))(((...((((.(((((((..((.....))..)))...)))).))))..)))...))))))....... ( -46.80)
>consensus
GAAGCUGACCCGUCAGCUGAGGCAACGCUACUACGCAGAGUCCGCUGCCCAGCGUAAUCUUCUCCAGCGCCUGCUAAAGCAGUGGGCCAAGCUGAAGGAGCUGCGCCGCCAGCAGCGAUU
..((((((....))))))........(((.....((((......))))...((((...(((((.(((((((((((.....)))))))...)))).)))))..))))....)))....... (-34.54 = -34.52 +  -0.02)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 13,055,056 – 13,055,176
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.39
Mean single sequence MFE -50.03
Consensus MFE -36.35
Energy contribution -35.97
Covariance contribution -0.38
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -1.69
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.27
SVM RNA-class probability 0.660979
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13055056 120 - 20766785
AAUCGCUGCUGGCGGCGCAACUCCUUCAGCUUCGCCCACUCCUUCAGCAGGCGCUGGAGAAGAUUACGCUGGGCAGCGGACUCUGCGUAGUAGCGUUGCCUCAGCUGACGGGUCAGCUUU
...(((((....)))))..........((((..((((.((.(((((((....))))))).)).....(((((((((((.(((......)))..))))))).))))....)))).)))).. ( -48.40)
>DroVir_CAF1 5451 120 - 1
AACUGUUGCUGCUUGCGCAACUCCUUCAGCUUGGCCCACUGUGUGAGCAGGCGUUGAAGCAAUACGCGCUGCGCCGUGGAUUCGGCGUAGUAGCGUAUCCGCAGCUGUUGGGUCAAUUGC
....(((((.......))))).....(((.(((((((((((((.((....((......))..((((((((((((((......))))))))).))))))))))))....))))))))))). ( -48.60)
>DroGri_CAF1 5014 120 - 1
AAUUGUUGCUGUGUGCGCAGCUCCUUCAGCUUGGCCCAAUGCUUGAGCAGACGCUGGAGCAGUGAACGCUCGGCCGUCGACUCGGCAUAGUAGCGUUUGCGCAAUUGUUGUGUCAAUUCC
.......(((((....))))).........(((((.((((..(((.((((((((((((((.(....))))).((((......))))....)))))))))).)))..)))).))))).... ( -46.50)
>DroSec_CAF1 3804 120 - 1
AAUCGCUGCUGGCGGCGCAGCUCCUUCAGCUUGGCCCACUGCUUUAGCAGGCGCUGGAGAAGAUUACGCUGGGCAGCGGACUCUGCGUAGUAGCGUUGUCUCAGCUGACGGGUCAGCUUC
...(((((((..(((((...((.(((((((...(((...(((....))))))))))))).))....))))))))))))(((..(((......)))..)))..((((((....)))))).. ( -50.60)
>DroSim_CAF1 3756 120 - 1
AAUCGCUGCUGGCGGCGCAGCUCCUUCAGCUUGGCCCACUGCUUUAGCAGGCGCUGGAGGAGAUUACGCUGGGCAGCGGACUCUGCGUAGUAGCGUUGCCUCAGCUGACGGGUCAGCUUC
..........((((((((..((((((((((...(((...(((....))))))))))))))))(((((((.((((....).))).))))))).))))))))..((((((....)))))).. ( -56.80)
>DroEre_CAF1 3746 120 - 1
AAUCGCUGCUGACGGCGCAGUUCCUUCAGCUUGGCCCACUCCUUCAGCAGGCGCUGGAGAAGAUUACGCUGGGCAGCCGACUCGGCGUAGUAACGUUGCCUCAGCUGACGGGUCAGCUUU
.......(((((((((...)))((.((((((.(((...((.(((((((....))))))).))((((((((((((....).)))))))))))......)))..)))))).))))))))... ( -49.30)
>consensus
AAUCGCUGCUGGCGGCGCAGCUCCUUCAGCUUGGCCCACUGCUUCAGCAGGCGCUGGAGAAGAUUACGCUGGGCAGCGGACUCGGCGUAGUAGCGUUGCCUCAGCUGACGGGUCAGCUUC
...((((((((.(((((...((.(((((((...(((...(((....))))))))))))).))....))))).((((......)))).)))))))).......((((((....)))))).. (-36.35 = -35.97 +  -0.38)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:08:21 2006