Locus 3950

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 13,029,727 – 13,029,847
Length 120
Max. P 0.522374
window6377

overview

Window 7

Location 13,029,727 – 13,029,847
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.00
Mean single sequence MFE -45.75
Consensus MFE -24.95
Energy contribution -25.52
Covariance contribution 0.56
Combinations/Pair 1.40
Mean z-score -1.75
Structure conservation index 0.55
SVM decision value -0.02
SVM RNA-class probability 0.522374
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13029727 120 - 20766785
UGGGCUGUUGGGCCAAUCCGGCGCGGAAGAGCAAUUGAUUCAGGUGCUCAACCGAUGGCAUCUGCCCCUCCAGCAAAGCUGCCUUUAUGGCACUGGCAUCAUCCGCCGGCAGCCCAUCCA
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>DroVir_CAF1 2390 120 - 1
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>DroGri_CAF1 9385 120 - 1
UGGGCUGCUGUGCCAAUCCGGCGCGAAAGAGUAACUGAUUCAGAUGCUCCACUGCCGGCAUCUGGCCAUCGAGCAGGGCACUCUUAAUGGCACUGGCAUCGUCUGCCGGCAGCCCAUCCA
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>DroWil_CAF1 1983 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 14648 120 - 1
UGGGCUGUUGUGCGAGUCCAGCACGGAACAGCAGCUGAUUCAAAUGCUCCACAGCCGGCAUCUGGCCAUCAAGCAGGGCACUCUUAAUCGCACUGGCAUCAUCCGCCGGCAGUCCAUCCA
(((((((((((((((((((.((..(((...(((..((...))..))))))...(((((...)))))......)).))))........)))))).(((.......)))))))))))).... ( -42.00)
>DroAna_CAF1 141 120 - 1
UGGGCUGUUGGGCCAAGCCUGCGCGAAACAGCAACUGAUUUAGAUGAUCCACCGAAGGCAUCUGACCUUCCAACAAUGCAGCUUUUAUGGCGCUCGCAUCGUCCGCCGGAAUCCCGUCGA
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>consensus
UGGGCUGUUGCGCCAAUCCGGCGCGAAACAGCAACUGAUUCAAAUGCUCCACCGACGGCAUCUGGCCAUCAAGCAGAGCACUCUUAAUGGCACUGGCAUCAUCCGCCGGCAGCCCAUCCA
((((((((((.((((.....((........))....((((((((((((........)))))))))..))).................))))....((.......)))))))))))).... (-24.95 = -25.52 +   0.56)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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