Locus 3932

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	12,973,260 – 12,973,352
Length	92
Max. P	0.999889

overview

Window 9

Location	12,973,260 – 12,973,352
Length	92
Sequences	5
Columns	92
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	96.96
Mean single sequence MFE	-30.30
Consensus MFE	-27.26
Energy contribution	-27.10
Covariance contribution	-0.16
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.21
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	2.77
SVM RNA-class probability	0.996948
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12973260 92 + 20766785
ACGCACGCACGUACCGUACAAACAAACAGACGUGCGGACACAGAGCAGGGUCUGUAUGUACGUACGUGUGUUUAUAUAUGGGACUGGUUGUU
....((((((((((.(((((.....((((((.(((.........))).).))))).)))))))))))))))..................... ( -28.90)
>DroSec_CAF1 14970 92 + 1
AAGCACGCACGUUCCGUACAAACAAACAGACGUGCGGACACAGAGCAGGGUCUGUAUGUACGUACGUGUGUUUAUAUAUGGGACUGGUUGUU
.(((((.((.((((((((.....(((((.(((((((.(((((((......)))))..)).))))))).)))))...))))))))))).)))) ( -31.60)
>DroSim_CAF1 16767 92 + 1
ACGCACGCACGUACCGUACAAACAAACAGACGUGCGGACACAGAGCAGGGUCUGUAUGUACGUACGUGUGUUUAUAUAUGGGACUGGUUGUU
....((((((((((.(((((.....((((((.(((.........))).).))))).)))))))))))))))..................... ( -28.90)
>DroEre_CAF1 13979 92 + 1
ACGCACACACGUACCGUACAAACAAGCAUACGUGCGGACACAGAGCAGGGUCUGUAUGUACGUACGUGUGUUUAUAUAUGGGACUGGUUGUU
..(((..((.((.(((((.....(((((((((((((.(((((((......)))))..)).)))))))))))))...))))).))))..))). ( -30.50)
>DroYak_CAF1 21513 92 + 1
ACGCACACACGUACCGUAGAAACAAACAUACGUGCGGACACAGAGCAGGGUCUGUAUGUACGUACGUGUGUUUAUAUAUGGGACUGGUUGUU
..(((..((.((.(((((.....(((((((((((((.(((((((......)))))..)).)))))))))))))...))))).))))..))). ( -31.60)
>consensus
ACGCACGCACGUACCGUACAAACAAACAGACGUGCGGACACAGAGCAGGGUCUGUAUGUACGUACGUGUGUUUAUAUAUGGGACUGGUUGUU
..(((..((.((.(((((.....(((((.(((((((.(((((((......)))))..)).))))))).)))))...))))).))))..))). (-27.26 = -27.10 +  -0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	12,973,260 – 12,973,352
Length	92
Sequences	5
Columns	92
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	96.96
Mean single sequence MFE	-28.00
Consensus MFE	-26.30
Energy contribution	-26.50
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-2.85
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	4.40
SVM RNA-class probability	0.999889
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12973260 92 - 20766785
AACAACCAGUCCCAUAUAUAAACACACGUACGUACAUACAGACCCUGCUCUGUGUCCGCACGUCUGUUUGUUUGUACGGUACGUGCGUGCGU
.....................((.(((((((((((.(((((((...((..((((....))))...))..)))))))..))))))))))).)) ( -30.40)
>DroSec_CAF1 14970 92 - 1
AACAACCAGUCCCAUAUAUAAACACACGUACGUACAUACAGACCCUGCUCUGUGUCCGCACGUCUGUUUGUUUGUACGGAACGUGCGUGCUU
........................(((((((((.(.(((((((...((..((((....))))...))..))))))).)..)))))))))... ( -24.90)
>DroSim_CAF1 16767 92 - 1
AACAACCAGUCCCAUAUAUAAACACACGUACGUACAUACAGACCCUGCUCUGUGUCCGCACGUCUGUUUGUUUGUACGGUACGUGCGUGCGU
.....................((.(((((((((((.(((((((...((..((((....))))...))..)))))))..))))))))))).)) ( -30.40)
>DroEre_CAF1 13979 92 - 1
AACAACCAGUCCCAUAUAUAAACACACGUACGUACAUACAGACCCUGCUCUGUGUCCGCACGUAUGCUUGUUUGUACGGUACGUGUGUGCGU
.....................((((((((((((..(((((((......)))))))..)).(((((........))))))))))))))).... ( -28.40)
>DroYak_CAF1 21513 92 - 1
AACAACCAGUCCCAUAUAUAAACACACGUACGUACAUACAGACCCUGCUCUGUGUCCGCACGUAUGUUUGUUUCUACGGUACGUGUGUGCGU
.....................((((((((((((..(((((((......)))))))..)).((((.(......).)))))))))))))).... ( -25.90)
>consensus
AACAACCAGUCCCAUAUAUAAACACACGUACGUACAUACAGACCCUGCUCUGUGUCCGCACGUCUGUUUGUUUGUACGGUACGUGCGUGCGU
.....................((.(((((((((((.(((((((...((..((((....))))...))..)))))))..))))))))))).)) (-26.30 = -26.50 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

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