Locus 3921

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	12,919,145 – 12,919,360
Length	215
Max. P	0.542184

overview

Window 2

Location	12,919,145 – 12,919,264
Length	119
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.57
Mean single sequence MFE	-42.25
Consensus MFE	-26.92
Energy contribution	-26.23
Covariance contribution	-0.69
Combinations/Pair	1.45
Mean z-score	-1.59
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	0.02
SVM RNA-class probability	0.542184
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12919145 119 - 20766785
UCAUGGUACUGCCGCUCUGAAUGCUGCUGGCAUUUGAGGAUCGCUUGGUGCUCACCAUACUGAUGCUACUGAUAUUGGCACUUGCUCCGGGCAUCUCCUGUUUGGUGCCCUCGUAUCCA
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>DroVir_CAF1 45322 119 - 1
UCAUUGUGCUGCCACUUUGAAUGCUGCUCGCAUUCGAGAUGCGCUUCGUGCUGGUCACGCUGAUGCUGCUGAUGUUGGCGCUGGCGCCGGGUAUCUCCUGCUUGGUGCCCUCAUAGCUG
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>DroGri_CAF1 41554 119 - 1
UCAUUGUGCUGCCACUUUGAAUGCUGCUCGCAUUCGAAGUCCGCUUUGUGCUGGUCACACUGAUGCUACUGAUAUUCGCACUGGCACCGGGCAACUCCUGCUUGGUGCCCUCAUAGCUC
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>DroWil_CAF1 74539 118 - 1
UCAUAGUGCUGCCACUUUGAAUGCUACUGGCAUUCGAUGAUCGUUUGGUACUGACCAUGCUAAUGCUACUUAUAUUGGCACUGGCACCGGGCAUCUCUUGUUUGGUACCCUCAUAGGC-
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>DroMoj_CAF1 64671 119 - 1
UCAUUGUGCUGCCGCUCUGAGUGCUGCUCGCAUUGGAGACGCGCUUCAUGCUGGUCACACUGAUGCUGCUGAUGUUGGCGCUGGCGCCGGGCAGCUCCUGCUUGGUACCCUCAUAGCUG
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>DroAna_CAF1 42545 119 - 1
UCACGGUGCUGCCACUCUGGAUGCUGCUGGCGUUUGAGGAUCGCUUGGUGCUCACCAUGCUGAUGCUGCUUAUGUUGGCACUCGCUCCGGGCAUCUCCUGCUUGGUGCCCUCGUAUCCG
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>consensus
UCAUUGUGCUGCCACUCUGAAUGCUGCUCGCAUUCGAGGAUCGCUUGGUGCUGACCACACUGAUGCUACUGAUAUUGGCACUGGCACCGGGCAUCUCCUGCUUGGUGCCCUCAUAGCCG
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	12,919,264 – 12,919,360
Length	96
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.93
Mean single sequence MFE	-37.07
Consensus MFE	-25.96
Energy contribution	-25.88
Covariance contribution	-0.08
Combinations/Pair	1.33
Mean z-score	-1.82
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	-0.05
SVM RNA-class probability	0.508700
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12919264 96 + 20766785
AUGCCUCCGAUUUGGAUGUGGUCGAUAGGGGAAUA------CCGGCAGUCGCUGCUCCGGUGGCUAUCACCCC---GCCU---CCCGUUCAAAAUGGAAGUAAACCCU
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>DroSec_CAF1 42597 96 + 1
AUGCCUCCGAUUUGGAUGUGGUCGAUAGGGGAAUC------CCGGCAGCCGCUGCUCCGGUGGUUACCACCCC---GCCU---CCCGUUCAAAAUGGAAGUAAACCCU
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>DroSim_CAF1 30810 102 + 1
AUGCCUCCGAUUUGGAUGUGGUCGAUAGGGGAAUCCCUAUCCCGGCAGCCGCUGCUCCGGUGGCUACCACCCC---GCCU---CCCGUUCAAAAUGGAAGUAAACCCU
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>DroEre_CAF1 45348 96 + 1
AUGCCUCCGAUUUGGAUGUGGUGGAUAGGGGAAUC------CCGGCAGCCGCAGCUCCGGUGGCUACCACACC---UUCU---CCCGUUCAAAAUGGUAGUAAACCCU
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>DroYak_CAF1 45083 99 + 1
AUGCCUCCGAUUUGGAUGUGGUCGAUAGGGGAAUC------CCGGCAGCCACAGCUCCGGUGGCUACCACACCACCGCCU---CCCGUUCAAAAUGGUAGUAAACCCU
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>DroAna_CAF1 42664 96 + 1
AUGCCUCCGACCUGGAUGUGGUGGACAGGGGACUG------CCGGCAACUC---CCCCCGUGGUGGCGCCCCU---GCCUGUGCCGGCUCAGAACGGAAGCAAACCCU
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>consensus
AUGCCUCCGAUUUGGAUGUGGUCGAUAGGGGAAUC______CCGGCAGCCGCUGCUCCGGUGGCUACCACCCC___GCCU___CCCGUUCAAAAUGGAAGUAAACCCU
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alignment

secondary structure

dotplot

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