Locus 3911

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	12,888,771 – 12,888,879
Length	108
Max. P	0.736424

overview

Window 5

Location	12,888,771 – 12,888,879
Length	108
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.82
Mean single sequence MFE	-41.58
Consensus MFE	-22.45
Energy contribution	-23.40
Covariance contribution	0.95
Combinations/Pair	1.20
Mean z-score	-2.74
Structure conservation index	0.54
SVM decision value	0.13
SVM RNA-class probability	0.597030
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12888771 108 + 20766785
CAUACCGAUUGUCCUGCCGCCGGCCAACAUCAUGGCGGCCAUGAUCACCAGUCCCAGUGAU---CAGCAGC------CAGCUGUGCCGGUGGCCACAACAACAGCCAAUCCGGCGGC
....(((.((((...(((((((((..(((...((((.((..(((((((........)))))---)))).))------))..)))))))))))).)))))....(((.....))))). ( -45.90)
>DroPse_CAF1 11597 113 + 1
CAUACCCAUUGUCCUGCCGCCGGCCAACAUCAUGGCUGCCAUGAUCACAAAUCCAAACGAA---CAGCAACAGCAGGCCACUGCUGCAGCAGCUGCAGCUGCUGUCGGUCCCAAUU-
.......((((....((((..((((...(((((((...)))))))................---..((....)).))))......((((((((....))))))))))))..)))).- ( -34.80)
>DroSec_CAF1 12053 108 + 1
CAUACCGAUUGUCCUGCCGCCGGCCAACAUCAUGGCGGCCAUGAUCACCAGUCCCAGUGAU---CAGCAGC------CAGCUGUGCCGGUGGCCACAACAACUGCCAAUCCGGCGGC
......(.((((...(((((((((..(((...((((.((..(((((((........)))))---)))).))------))..)))))))))))).)))))..(((((.....))))). ( -46.80)
>DroEre_CAF1 11895 108 + 1
CAUACCGAUUGUCCUGCCGCCGGCCAACAUCAUGGCGGCCAUGAUCACCAGUCCCAGUGAU---CAGCAGC------CAGCUGUGCCGGUGGCCACAACAACAGCCAAUCCGGUAGC
..(((((((((..(((((((((((..(((...((((.((..(((((((........)))))---)))).))------))..)))))))))))).........)).)))).))))).. ( -45.00)
>DroYak_CAF1 13202 108 + 1
CAUACCGAUUGUCCUGCCGCCGGCCAACAUCAUGGCGGCCAUGAUCACCAGUCCCAGUGAU---CAGCAGG------CAGCUGUCCCGGUGGCCACAACAACAGCCAAUCCGGCGGC
...............(((((((((((......))))((((((((((((........)))))---).((((.------...))))....))))))................))))))) ( -41.80)
>DroAna_CAF1 12155 105 + 1
UAUACCGAUUGUCCUGCCGCCAGCCAACAUCAUGGCGGCCAUGAUCACCAGUCCCAGUGACGCCCAGCAGC------CGG------CGGUGGCCACCACAGCCGCCAAUCCUGCAGC
......(((..(...(((((((..........))))))).)..)))....((..(((.((.(((.......------.))------)((((((.......))))))..)))))..)) ( -35.20)
>consensus
CAUACCGAUUGUCCUGCCGCCGGCCAACAUCAUGGCGGCCAUGAUCACCAGUCCCAGUGAU___CAGCAGC______CAGCUGUGCCGGUGGCCACAACAACAGCCAAUCCGGCGGC
........((((...(((((((((((......)))).((....(((((........))))).....))..................)))))))....))))..(((.....)))... (-22.45 = -23.40 +   0.95)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	12,888,771 – 12,888,879
Length	108
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.82
Mean single sequence MFE	-50.57
Consensus MFE	-33.99
Energy contribution	-35.17
Covariance contribution	1.17
Combinations/Pair	1.36
Mean z-score	-2.35
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	0.44
SVM RNA-class probability	0.736424
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12888771 108 - 20766785
GCCGCCGGAUUGGCUGUUGUUGUGGCCACCGGCACAGCUG------GCUGCUG---AUCACUGGGACUGGUGAUCAUGGCCGCCAUGAUGUUGGCCGGCGGCAGGACAAUCGGUAUG
((((((((.(..((.((..(.((((((((((((...))))------)....((---((((((......))))))))))))))).)..))))..)))))))))............... ( -54.70)
>DroPse_CAF1 11597 113 - 1
-AAUUGGGACCGACAGCAGCUGCAGCUGCUGCAGCAGUGGCCUGCUGUUGCUG---UUCGUUUGGAUUUGUGAUCAUGGCAGCCAUGAUGUUGGCCGGCGGCAGGACAAUGGGUAUG
-((((.((((.(((((((((.(((((..(((...)))..).)))).)))))))---)).)))).))))....(((((((...)))))))(((.(((...)))..))).......... ( -43.80)
>DroSec_CAF1 12053 108 - 1
GCCGCCGGAUUGGCAGUUGUUGUGGCCACCGGCACAGCUG------GCUGCUG---AUCACUGGGACUGGUGAUCAUGGCCGCCAUGAUGUUGGCCGGCGGCAGGACAAUCGGUAUG
((((((((.(..(((.(..(.((((((((((((...))))------)....((---((((((......))))))))))))))).)..))))..)))))))))............... ( -55.10)
>DroEre_CAF1 11895 108 - 1
GCUACCGGAUUGGCUGUUGUUGUGGCCACCGGCACAGCUG------GCUGCUG---AUCACUGGGACUGGUGAUCAUGGCCGCCAUGAUGUUGGCCGGCGGCAGGACAAUCGGUAUG
..(((((.((((.(((((((((.((((((((((...))))------)....((---((((((......)))))))))))))((((......)))))))))))))..))))))))).. ( -51.00)
>DroYak_CAF1 13202 108 - 1
GCCGCCGGAUUGGCUGUUGUUGUGGCCACCGGGACAGCUG------CCUGCUG---AUCACUGGGACUGGUGAUCAUGGCCGCCAUGAUGUUGGCCGGCGGCAGGACAAUCGGUAUG
((((((((.(..((.((..(.(((((((.((((.(....)------)))).((---((((((......))))))))))))))).)..))))..)))))))))............... ( -52.60)
>DroAna_CAF1 12155 105 - 1
GCUGCAGGAUUGGCGGCUGUGGUGGCCACCG------CCG------GCUGCUGGGCGUCACUGGGACUGGUGAUCAUGGCCGCCAUGAUGUUGGCUGGCGGCAGGACAAUCGGUAUA
(((((.((.(..(((..(((((((((((.((------(((------(.(.(..(......)..).)))))))....))))))))))).)))..))).)))))............... ( -46.20)
>consensus
GCCGCCGGAUUGGCUGUUGUUGUGGCCACCGGCACAGCUG______GCUGCUG___AUCACUGGGACUGGUGAUCAUGGCCGCCAUGAUGUUGGCCGGCGGCAGGACAAUCGGUAUG
((((((((.(..((.(((((.(((((((......((((...........))))...((((((......))))))..))))))).)))))))..)))))))))............... (-33.99 = -35.17 +   1.17)

alignment

secondary structure

dotplot

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