Locus 3902

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	12,869,984 – 12,870,095
Length	111
Max. P	0.843380

overview

Window 0

Location	12,869,984 – 12,870,095
Length	111
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	91.59
Mean single sequence MFE	-24.67
Consensus MFE	-20.39
Energy contribution	-21.42
Covariance contribution	1.03
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.35
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	0.76
SVM RNA-class probability	0.843380
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12869984 111 + 20766785
UGUGUAAUCGUACACAAUUUGUAAAACACAAAUUAUGCUAUUUAUUUAUACUGCAUAUUCAAUGGC--AUUGCCAUUGGCUAUGCAAUAAACGCUUUAGCGAAAUUCGAACUC
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>DroSec_CAF1 3113 110 + 1
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(((((.....((((-....))))..))))).....(((((....(((((..((((((..((.((((--...)))).))..))))))))))).....)))))............ ( -24.20)
>DroSim_CAF1 2971 110 + 1
UGUGUAAUCGUACA-AAUUUGUAAAACACAAAUUAUGCUAUUUAUUUAUGCUGCAUAUUCAAUAUC--ACUGCCAAUGGCUAUGCAAUAAACGCUUUAGCGAAUUUCAAACUC
(((((.....((((-....))))..))))).....(((((....(((((..((((((..((.....--........))..))))))))))).....)))))............ ( -16.32)
>DroEre_CAF1 3422 109 + 1
UGUGUAAUCGUACA--AUUUGUAAAACACAAAUUAUGCUAUUUAUUUAUGCUGCAUAUUCAAUGGC--AUUGCCAAUGGUUAUGCAAUAAACGCUUUAGCGAAAUUCGAACUC
(((((.....(((.--....)))..)))))((((.(((((....(((((..((((((..((.((((--...)))).))..))))))))))).....))))).))))....... ( -24.10)
>DroYak_CAF1 3059 109 + 1
UGUGUAAUCGUACA--AUUUGUAAAACACAAAUUAUGCUAUUUAUUUAUGCUGCAUAUUCAAUGGC--AUUGCCAAUGGCUAUGCAAUAAACGCUUUUGCGAAAUUCGAACUC
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>DroAna_CAF1 3980 110 + 1
UGUGUAAUCGCACA-AAUUUGUAAAACACAAAUUAUGCUAUUUAUUUAUGCUGCAUAUUCAUUGGGAUAUCGCCAGUGGCUAUGCAAUAAUCACUUGGGCGAUCUCCG--CUC
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>consensus
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.((((((..(((((.(((((((.....))))))).)).)))....))))))((((((..((.((((.....)))).))..)))))).....(((....)))............ (-20.39 = -21.42 +   1.03)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	12,869,984 – 12,870,095
Length	111
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	91.59
Mean single sequence MFE	-26.27
Consensus MFE	-21.33
Energy contribution	-21.75
Covariance contribution	0.42
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.37
Structure conservation index	0.81
SVM decision value	0.48
SVM RNA-class probability	0.752973
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12869984 111 - 20766785
GAGUUCGAAUUUCGCUAAAGCGUUUAUUGCAUAGCCAAUGGCAAU--GCCAUUGAAUAUGCAGUAUAAAUAAAUAGCAUAAUUUGUGUUUUACAAAUUGUGUACGAUUACACA
....(((.....(((....)))..(((((((((..(((((((...--)))))))..)))))))))..........((((((((((((...)))))))))))).)))....... ( -34.90)
>DroSec_CAF1 3113 110 - 1
GAGUUCGAAAUUCGCUAAAGCGUUUAUUGCAUAACCAUUGGCAAU--GCCAUUGAAUAUGCAGCAUAAAUAAAUAGCAUAAUUUGUGUUUUACAAAUU-UGUACGAUUACACA
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>DroSim_CAF1 2971 110 - 1
GAGUUUGAAAUUCGCUAAAGCGUUUAUUGCAUAGCCAUUGGCAGU--GAUAUUGAAUAUGCAGCAUAAAUAAAUAGCAUAAUUUGUGUUUUACAAAUU-UGUACGAUUACACA
(((((((....(((((...(((.....)))...(((...))))))--))............(((((((((..........)))))))))...))))))-)............. ( -18.50)
>DroEre_CAF1 3422 109 - 1
GAGUUCGAAUUUCGCUAAAGCGUUUAUUGCAUAACCAUUGGCAAU--GCCAUUGAAUAUGCAGCAUAAAUAAAUAGCAUAAUUUGUGUUUUACAAAU--UGUACGAUUACACA
....(((......((((....((((((((((((..((.((((...--)))).))..))))))..))))))...))))((((((((((...)))))))--))).)))....... ( -26.60)
>DroYak_CAF1 3059 109 - 1
GAGUUCGAAUUUCGCAAAAGCGUUUAUUGCAUAGCCAUUGGCAAU--GCCAUUGAAUAUGCAGCAUAAAUAAAUAGCAUAAUUUGUGUUUUACAAAU--UGUACGAUUACACA
....(((......((......((((((((((((..((.((((...--)))).))..))))))..)))))).....))((((((((((...)))))))--))).)))....... ( -24.70)
>DroAna_CAF1 3980 110 - 1
GAG--CGGAGAUCGCCCAAGUGAUUAUUGCAUAGCCACUGGCGAUAUCCCAAUGAAUAUGCAGCAUAAAUAAAUAGCAUAAUUUGUGUUUUACAAAUU-UGUGCGAUUACACA
(.(--((.....))).)..((((((..((((((..((.(((.(....)))).))..))))))((((((((....(((((.....)))))......)))-)))))))))))... ( -29.20)
>consensus
GAGUUCGAAUUUCGCUAAAGCGUUUAUUGCAUAGCCAUUGGCAAU__GCCAUUGAAUAUGCAGCAUAAAUAAAUAGCAUAAUUUGUGUUUUACAAAUU_UGUACGAUUACACA
....(((.....(((....)))....(((((((..((.((((.....)))).))..)))))))............(((.((((((((...)))))))).))).)))....... (-21.33 = -21.75 +   0.42)

alignment

secondary structure

dotplot

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