Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,868,737 – 12,868,847 |
Length | 110 |
Max. P | 0.771487 |
Location | 12,868,737 – 12,868,847 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 5 |
Columns | 114 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 87.81 |
Mean single sequence MFE | -26.22 |
Consensus MFE | -22.18 |
Energy contribution | -22.58 |
Covariance contribution | 0.40 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.58 |
Structure conservation index | 0.85 |
SVM decision value | 0.53 |
SVM RNA-class probability | 0.771487 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 12868737 110 - 20766785 --AUAUAUUAUUAUCAGGUGGUAUAU--AUAUUUUUCGAUUCAUUGGAUCGAUAUUCGUGGUUGCAGCGCACAUCGGUAUCGGUUUUGGUAUCAGUAUCAGUUGAUUGGUUGAU --....((((..(((((.((((((..--.......((((((.....)))))).....(((((....)).)))...(((((((....))))))).)))))).)))))....)))) ( -24.10) >DroSec_CAF1 1744 114 - 1 AUAUAUAUUAUUAUCAGGUGGUAUAUAUAUAUUUUUCGAUUCAUUGGAUCGAUAUUUGUGGUUGCAGCGCACAUCGGUAUCGGUUUUGGUAUCAGUAUCAGUUGAUUGGUUGAU ((((((((((((....)))))))))))).......(((((..((..((((((((((((((((....)).))))..))))))))).((((((....)))))))..))..))))). ( -26.60) >DroSim_CAF1 1741 114 - 1 AUAUAUAUUAUUAUCAGGUGGUAUAUAUAUAUUUUUCGAUUCAUUGGAUCGAUAUUCGUGGUUGCAGCGCACAUCGGUAUCGGUUUUGGUAUCAGUAUCAGUUGAUUGGUUGAU ((((((((((((....)))))))))))).......(((((..((..(((((((((..(((((......)).)))..)))))))).((((((....)))))))..))..))))). ( -25.70) >DroEre_CAF1 2147 98 - 1 ----AUAUCAUUAUCAGGUGGUAUA----UAUUUAUCGAUUCGUUGCAUCGAUUUUCGUGGUUGCAGCGCACAUCGGUAUCGGUUUUGGUAUCGGUAUCAGUUGAU-------- ----........(((((.((((((.----....(((((((.(((((((.((.....))....)))))))...))))))).((((......)))))))))).)))))-------- ( -28.50) >DroYak_CAF1 1791 98 - 1 ----AUAUCAUUAUCAGGUGGUAUA----UAUUUAUCGAUGCAUUGGAUCGAUUUUCGUGGUUGCAGCGCACAUCGGUAUCGGUUUUGGUAUCGGUAUCAGUUGAU-------- ----((((((((....)))))))).----....(((((((((...((((((((..(((..((.((...))))..))).))))))))..))))))))).........-------- ( -26.20) >consensus __AUAUAUUAUUAUCAGGUGGUAUAU__AUAUUUUUCGAUUCAUUGGAUCGAUAUUCGUGGUUGCAGCGCACAUCGGUAUCGGUUUUGGUAUCAGUAUCAGUUGAUUGGUUGAU ............(((((.((((((...........((((((.....)))))).....(((((....)).)))...(((((((....))))))).)))))).)))))........ (-22.18 = -22.58 + 0.40)
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