Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,866,986 – 12,867,093 |
Length | 107 |
Max. P | 0.588259 |
Location | 12,866,986 – 12,867,093 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 77.40 |
Mean single sequence MFE | -41.71 |
Consensus MFE | -26.06 |
Energy contribution | -26.34 |
Covariance contribution | 0.28 |
Combinations/Pair | 1.24 |
Mean z-score | -1.36 |
Structure conservation index | 0.62 |
SVM decision value | 0.11 |
SVM RNA-class probability | 0.588259 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 12866986 107 - 20766785 GGUCACGG------GAUCCGGACCCAGCAAGGCGGGCACCAGGUGUCCCGUUGUGUAGUACGGACUGUACGAGUUGGCCGGAAUGCCGGUCAGAUAGGGGUUUGUUGCCUGC-------A ((((.(((------...))))))).......(((((((.((((..((((.(((((((((....))))))))).((((((((....))))))))...)))))))).)))))))-------. ( -46.60) >DroVir_CAF1 1031 110 - 1 GGCAACGGCCGUCGGAUCAUGUCCCAGCAAAGUAGGCACUAAGUGUCCGG---CAUAGUAAGGACUGUAUGUGUUGGCUGGUAUGCCAGUCAAGUAGGGAUUUGUAGCCUGG-------A (((....)))...((..((.(((((.((......(((((.....((((..---........)))).....)))))((((((....))))))..)).))))).))...))...-------. ( -38.10) >DroPse_CAF1 1 113 - 1 GGACACGGCCGACGGAUCGGGCCCCAGCAAGGUGGGCACCAGAUGUCCAGUUGUGUAGUACGGACUGUACGAAUUGGCCGGUAUCCCGGACAAGUAUGGAUUUGUGGCCUGC-------A .(.((.((((.((((((((((((((......).)))).))...((((((((((((((((....))))))).))))))((((....)))))))......))))))))))))))-------. ( -41.60) >DroWil_CAF1 1 113 - 1 GGCAACGGCCGUUGGAUCCGGCCCCAGUAAAGUAGGCACUAAGUGUCCAGUUGGAUAAUAUGGACUAUAUGUGUUGGCUGGUAUUCCAGACAAAUAUGGAUUUGCGGCCUAA-------A (....)((((((((((.((((((...........(((((.....(((((...........))))).....)))))))))))...))))).(((((....))))))))))...-------. ( -37.60) >DroMoj_CAF1 1609 120 - 1 GGCGACGGCCGUCGGAUCGGGUCCCAGCAAAGUAGGCACUAAGUGUCCGGUUGCAUAGUAAGGACUGUAUGUAUUGGCUGGUAUGCCAGUCAAGUAGGGAUUUGCGGCCUGUACAUAAAA ......((((((......(((((((.((((....(((((...)))))...))))(((((....))))).....((((((((....))))))))...)))))))))))))........... ( -41.80) >DroAna_CAF1 742 113 - 1 GGCCACGGCCGUAUGAUCCGGAGUCAGCAAGGUGGGCACCAGGUGUCCCGUUGCGUAGUAGGGACUGUACGAGUUGGCCGGAAUGCCAGUCAGAUAGGGAUUUGUGGCCUGC-------A ((((((((((((((..(((.......((((.(.((((((...))))))).)))).......)))..)))).....)))).((((.((.........)).))))))))))...-------. ( -44.54) >consensus GGCCACGGCCGUCGGAUCCGGACCCAGCAAAGUAGGCACCAAGUGUCCAGUUGCAUAGUAAGGACUGUACGAGUUGGCCGGUAUGCCAGUCAAAUAGGGAUUUGUGGCCUGC_______A ......(((((.((((((........(((.(((....)))....((((.............))))))).....((((((((....)))))))).....)))))))))))........... (-26.06 = -26.34 + 0.28)
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