Locus 3841

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	12,687,823 – 12,687,915
Length	92
Max. P	0.984539

overview

Window 3

Location	12,687,823 – 12,687,915
Length	92
Sequences	5
Columns	94
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	96.66
Mean single sequence MFE	-30.20
Consensus MFE	-28.36
Energy contribution	-28.56
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.67
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	1.98
SVM RNA-class probability	0.984539
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12687823 92 + 20766785
GAAUCCACUGCUGCAGCCGGGUCCAAAAGCUGGCCAGCAGACAGAGCGCAGAGAUAUAGGAGCGACAGGAGCUGAAGCUAUCGGAUUCGAAG--
((((((.(((((((.(((((.(.....).)))))..)))).)))..............(((((..(((...)))..))).))))))))....-- ( -31.00)
>DroSec_CAF1 40880 92 + 1
GAAUCCACUGCUGCAGCCGGGGCCAAAAGCUGGCCAGCAGACAGAGCGCAGAGAUAUAGGAGCGACAGGAGCUGAAGCUAUCGGAUUCGAAG--
((((((.((.((((......(((((.....))))).((.......)))))))).....(((((..(((...)))..))).))))))))....-- ( -31.20)
>DroSim_CAF1 43850 92 + 1
GAAUCCACUGCUGCAGCCGGGGCCAAAAGCUGGCCAGCAGACAGAGCGCAGAGAUAUAGGAGCGACAGGAGCUAAAGCUAUCAGAUUCGAAG--
(((((..(((((((......(((((.....))))).)))).)))........((((....(((.......))).....)))).)))))....-- ( -26.60)
>DroEre_CAF1 41545 92 + 1
GAAUCCACUGCUGCAGCCGGGGCCGAAAGCUGGCCAGCAGACAGAGCGUAGAGAUAUAGGAGCGACAGGAGCUGAAGCUAUCGGAUUCGAAG--
((((((.(((((((.(((((...(....))))))..)))).)))..............(((((..(((...)))..))).))))))))....-- ( -31.80)
>DroYak_CAF1 43469 94 + 1
GAAUCCACUGCUGCAGCCGGGACCAAAAGCUGGCCAGCAGACAGAGCGCAGAGAUAUAGGAGCGACAGGAGCUGAAGCUAUCGGAUUCGAAGGA
((((((.(((((((.(((((.........)))))..)))).)))..............(((((..(((...)))..))).))))))))...... ( -30.40)
>consensus
GAAUCCACUGCUGCAGCCGGGGCCAAAAGCUGGCCAGCAGACAGAGCGCAGAGAUAUAGGAGCGACAGGAGCUGAAGCUAUCGGAUUCGAAG__
((((((.(((((((.(((((.........)))))..)))).)))........((((....(((.......))).....))))))))))...... (-28.36 = -28.56 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	12,687,823 – 12,687,915
Length	92
Sequences	5
Columns	94
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	96.66
Mean single sequence MFE	-27.62
Consensus MFE	-26.04
Energy contribution	-25.88
Covariance contribution	-0.16
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-1.45
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	1.28
SVM RNA-class probability	0.940070
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12687823 92 - 20766785
--CUUCGAAUCCGAUAGCUUCAGCUCCUGUCGCUCCUAUAUCUCUGCGCUCUGUCUGCUGGCCAGCUUUUGGACCCGGCUGCAGCAGUGGAUUC
--....(((((((...(((.(((((...(((((............))(((..(((....))).))).....)))..))))).)))..))))))) ( -27.80)
>DroSec_CAF1 40880 92 - 1
--CUUCGAAUCCGAUAGCUUCAGCUCCUGUCGCUCCUAUAUCUCUGCGCUCUGUCUGCUGGCCAGCUUUUGGCCCCGGCUGCAGCAGUGGAUUC
--....((((((((((.....(((.......)))....)))).....(((((((..(((((((((...))))))..))).)))).))))))))) ( -28.60)
>DroSim_CAF1 43850 92 - 1
--CUUCGAAUCUGAUAGCUUUAGCUCCUGUCGCUCCUAUAUCUCUGCGCUCUGUCUGCUGGCCAGCUUUUGGCCCCGGCUGCAGCAGUGGAUUC
--....(((((.((((.....(((.......)))....))))....((((((((..(((((((((...))))))..))).)))).))))))))) ( -26.90)
>DroEre_CAF1 41545 92 - 1
--CUUCGAAUCCGAUAGCUUCAGCUCCUGUCGCUCCUAUAUCUCUACGCUCUGUCUGCUGGCCAGCUUUCGGCCCCGGCUGCAGCAGUGGAUUC
--....((((((((((.....(((.......)))....)))).....(((((((..(((((((.......))))..))).)))).))))))))) ( -27.70)
>DroYak_CAF1 43469 94 - 1
UCCUUCGAAUCCGAUAGCUUCAGCUCCUGUCGCUCCUAUAUCUCUGCGCUCUGUCUGCUGGCCAGCUUUUGGUCCCGGCUGCAGCAGUGGAUUC
......((((((((((.....(((.......)))....)))).....(((((((..(((((((((...))))..))))).)))).))))))))) ( -27.10)
>consensus
__CUUCGAAUCCGAUAGCUUCAGCUCCUGUCGCUCCUAUAUCUCUGCGCUCUGUCUGCUGGCCAGCUUUUGGCCCCGGCUGCAGCAGUGGAUUC
......((((((((((.....(((.......)))....)))).....(((((((..(((((((.......))..))))).)))).))))))))) (-26.04 = -25.88 +  -0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

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