Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,660,538 – 12,660,685 |
Length | 147 |
Max. P | 0.945174 |
Location | 12,660,538 – 12,660,645 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.47 |
Mean single sequence MFE | -46.18 |
Consensus MFE | -34.64 |
Energy contribution | -33.90 |
Covariance contribution | -0.74 |
Combinations/Pair | 1.51 |
Mean z-score | -1.97 |
Structure conservation index | 0.75 |
SVM decision value | 1.35 |
SVM RNA-class probability | 0.945174 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 12660538 107 + 20766785 GAAAGCCAAGUGCACCCGCGUUGAUGAGUUGAAUCGUUCUAUUCGGCAGCGUGAGGAUUUGCCCAGUGUUCUUUGUGGUG-----CCU--------CGCAUCGUUCGGGACGCAGGGCUU ....((.....)).(((((((((.(((((.((.....)).))))).))))))).))....((((.(((((((..((((((-----(..--------.)))))))..))))))).)))).. ( -39.10) >DroPse_CAF1 21747 119 + 1 GAAAGCCAAACACACCCGCGUUGAUGAGUUAAAUCGUCCUAUUCGGCAGCGUGAGGUUUUGCCCAGCGCCCUUUCUGGUGCGGCACUUC-GGUGUCCGUGUCGUUCGGGGCGCAGAGCUU ..((((((((...((((((((((.(((((...........))))).))))))).)))))))....(((((((...(((..((((((...-.))).)))..)))...)))))))...)))) ( -50.00) >DroGri_CAF1 22367 115 + 1 GAAAGCACUUCACACCCGCGUUGAUGAGGUGAAUCGUUUUAUUCGGCAGCGUGAGGUUUUGCGUGAUGCCCUUUGCGGUAUGA--CUUCGGUCAUCCGUGUUG---UGGGCGUGGCGCUU .............((((((((((.((((.((((....)))))))).))))))).)))...((((.((((((..(((((.((((--(....))))))))))...---.)))))).)))).. ( -49.90) >DroYak_CAF1 20493 107 + 1 GAAAGCCAAGCGCACCCGCGUUGAUGAGUUGAAUCGUUCUAUUCGGCAGCGUGAGGAUUUGUCCAGUGUCCUUUGUGGUG-----CUU--------CGCACUGUUCGGGAUGCAGGGCUU ..(((((..(.((((((((((((.(((((.((.....)).))))).))))))).))...))).).(((((((..(..(((-----(..--------.))))..)..)))))))..))))) ( -39.80) >DroAna_CAF1 17676 119 + 1 GAAAGCUAAGCACACCCGCGUUGAUGAGGUGAAUCGUUCUAUUCGGCAGCGUGAGGAUUUGUCCAGCGGCCUUUGUGGUGUGGCGCUUC-GGUGUCCGCAUCCUCCGGGUCGUCGGGCUU ..............(((((((((.((((..((.....))..)))).))))))).))....((((.(((((((..(.((((((((((...-.))).))))))))...))))))).)))).. ( -48.30) >DroPer_CAF1 21684 119 + 1 GAAAGCCAAACACACCCGCGUUGAUGAGUUAAAUCGUCCUAUUCGGCAGCGUGAGGUUUUGCCCAGCGCCCUUUCUGGUGCGGCACUUC-GGUGUCCGUGUCGUUCGGGGCGCAGAGCUU ..((((((((...((((((((((.(((((...........))))).))))))).)))))))....(((((((...(((..((((((...-.))).)))..)))...)))))))...)))) ( -50.00) >consensus GAAAGCCAAGCACACCCGCGUUGAUGAGUUGAAUCGUUCUAUUCGGCAGCGUGAGGAUUUGCCCAGCGCCCUUUGUGGUG_GG__CUUC_GGUGUCCGCAUCGUUCGGGGCGCAGGGCUU ..............(((((((((.(((((.((.....)).))))).))))))).))....((((.(((((((...((((((((............))))))))...))))))).)))).. (-34.64 = -33.90 + -0.74)
Location | 12,660,578 – 12,660,685 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 79.39 |
Mean single sequence MFE | -44.28 |
Consensus MFE | -31.04 |
Energy contribution | -29.00 |
Covariance contribution | -2.04 |
Combinations/Pair | 1.60 |
Mean z-score | -1.53 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | 0.59 |
SVM RNA-class probability | 0.792266 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 12660578 107 + 20766785 AUUCGGCAGCGUGAGGAUUUGCCCAGUGUUCUUUGUGGUG-----CCU--------CGCAUCGUUCGGGACGCAGGGCUUCGAUGAUCGCUCGGUAGAAACGGAUAGAGCGAAUUCUGAG ..((((...(....)((...((((.(((((((..((((((-----(..--------.)))))))..))))))).)))).)).....((((((..............))))))...)))). ( -34.54) >DroVir_CAF1 30616 113 + 1 AUUCGGCAGCGUGAGGAUUUGCGUGAUGCCCUUUGCGAUGUGA--UUUU-AUCACUCGUUUUG---UGGGCGUGGCGCUUCGAUGAUCGCUCGGUA-ACACGAAUAGAACGAAUUCUGAG (((((.....((((..(((.((((.((((((...((((.((((--(...-)))))))))....---.)))))).))))...)))..))))(((...-...)))......)))))...... ( -38.50) >DroPse_CAF1 21787 118 + 1 AUUCGGCAGCGUGAGGUUUUGCCCAGCGCCCUUUCUGGUGCGGCACUUC-GGUGUCCGUGUCGUUCGGGGCGCAGAGCUUCGAUGAUCGCUCGGUA-AAACGGAUAGAACGAAUUCUGAG (((((....(....)((((((((..(((((((...(((..((((((...-.))).)))..)))...))))))).((((..........))))))))-))))........)))))...... ( -50.90) >DroGri_CAF1 22407 114 + 1 AUUCGGCAGCGUGAGGUUUUGCGUGAUGCCCUUUGCGGUAUGA--CUUCGGUCAUCCGUGUUG---UGGGCGUGGCGCUUCGAUGAUCGCUCGGUA-ACACGAAUAGAACGAAUUCUGAG (((((.....((((.(((..((((.((((((..(((((.((((--(....))))))))))...---.)))))).))))...)))..))))(((...-...)))......)))))...... ( -44.40) >DroAna_CAF1 17716 118 + 1 AUUCGGCAGCGUGAGGAUUUGUCCAGCGGCCUUUGUGGUGUGGCGCUUC-GGUGUCCGCAUCCUCCGGGUCGUCGGGCUUCGAUGAUCGCUCGGUA-ACACGAAUAGAGCGAAUUCUGAG ..((((...(....)((...((((.(((((((..(.((((((((((...-.))).))))))))...))))))).)))).)).....((((((....-.........))))))...)))). ( -46.42) >DroPer_CAF1 21724 118 + 1 AUUCGGCAGCGUGAGGUUUUGCCCAGCGCCCUUUCUGGUGCGGCACUUC-GGUGUCCGUGUCGUUCGGGGCGCAGAGCUUCGAUGAUCGCUCGGUA-AAACGGAUAGAACGAAUUCUGAG (((((....(....)((((((((..(((((((...(((..((((((...-.))).)))..)))...))))))).((((..........))))))))-))))........)))))...... ( -50.90) >consensus AUUCGGCAGCGUGAGGAUUUGCCCAGCGCCCUUUGUGGUGUGG__CUUC_GGUGUCCGUGUCGUUCGGGGCGCAGAGCUUCGAUGAUCGCUCGGUA_AAACGAAUAGAACGAAUUCUGAG (((((...(((.........((((.(((((((...((((((((............))))))))...))))))).)))).........)))(((.......)))......)))))...... (-31.04 = -29.00 + -2.04)
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