Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,628,368 – 12,628,468 |
Length | 100 |
Max. P | 0.506746 |
Location | 12,628,368 – 12,628,468 |
---|---|
Length | 100 |
Sequences | 6 |
Columns | 105 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.96 |
Mean single sequence MFE | -26.17 |
Consensus MFE | -18.32 |
Energy contribution | -18.82 |
Covariance contribution | 0.50 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.11 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | -0.05 |
SVM RNA-class probability | 0.506746 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 12628368 100 - 20766785 UAAAGGAAAGCUAUGCA---AAA--UCUAGUCACUUACCGAUAUGAACUGCUGCAGGAGCAAUGGAUAUCUGGUCAGUCUUUGGAUGGGCUGAACUAGGAAGCUG ........((((.....---..(--(((((((.......)))......((((.....)))).))))).((((((((((((......)))))).)))))).)))). ( -23.90) >DroPse_CAF1 23049 101 - 1 UAUAUGAUC--UGGAUAAAGAAU--UCCAGUCUCUUACCGAUAUGAAUUGCUGCAACAGCAAUGGAUAUCUGGUCAGUCUUUGUAUGGGCUGCACAAGGAAGCUA .....((.(--((((........--))))))).(((.(((((((..(((((((...)))))))..)))))..((((((((......)))))).))..)))))... ( -30.60) >DroSim_CAF1 21638 100 - 1 CAAUGACAAGCUGUGCG---AAA--UCUAGUUACUUACCGAUAUGAACUGCUGCAGGAGCAAUGGAUAUCUGGUCAGUCUUUGGAUGGGCUGAACUAGGAAGCUG ........((((.....---...--(((((((....((((((((..(.((((.....)))).)..))))).)))((((((......))))))))))))).)))). ( -25.10) >DroEre_CAF1 21432 94 - 1 UU---GAUU--GGUGUA---AAA---UGCGUUACCUACCGAUAUGAACUGCUGCAGGAGCAAUGGAUAUCUGGUCAGUCUUUGGAUGGGCUGCACUAGGAAGCUG ..---.(((--((((((---(..---....))))..)))))).....((..(((....)))..))...((((((((((((......)))))).))))))...... ( -23.70) >DroYak_CAF1 21526 97 - 1 AA---ACUA--UGUAUG---AUAAGCUUAGUUACUUACCGAUAUGAACUGCUGCAGUAGCAAUGGAUAUCUGGUCAGUCUUUGGAUGGGCUGAACUAGGAAGCUG .(---((((--.((...---....)).))))).(((.(((((((..(.(((((...))))).)..)))))((((((((((......)))))).)))))))))... ( -23.10) >DroPer_CAF1 28268 101 - 1 UAUAUGAUC--UGGAUAAAGAAU--UCCAGUCUCUUACCGAUAUGAAUUGCUGCAACAGCAAUGGAUAUCUGGUCAGUCUUUGUAUGGGCUGCACAAGGAAGCUA .....((.(--((((........--))))))).(((.(((((((..(((((((...)))))))..)))))..((((((((......)))))).))..)))))... ( -30.60) >consensus UA_A_GAUA__UGUAUA___AAA__UCUAGUCACUUACCGAUAUGAACUGCUGCAGGAGCAAUGGAUAUCUGGUCAGUCUUUGGAUGGGCUGAACUAGGAAGCUG .................................(((.(((((((..(.((((.....)))).)..)))))((((((((((......)))))).)))))))))... (-18.32 = -18.82 + 0.50)
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