Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,583,335 – 12,583,443 |
Length | 108 |
Max. P | 0.743579 |
Location | 12,583,335 – 12,583,443 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.20 |
Mean single sequence MFE | -44.42 |
Consensus MFE | -23.13 |
Energy contribution | -24.13 |
Covariance contribution | 1.00 |
Combinations/Pair | 1.27 |
Mean z-score | -2.03 |
Structure conservation index | 0.52 |
SVM decision value | 0.46 |
SVM RNA-class probability | 0.743579 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 12583335 108 + 20766785 ------CAGCGGAUUGG---CCAAUAGCUGUUUCUGCUGUUGCUGCCAGCACUGUUCGUCGUACUCCAUGGACGAGCGGUUGGCCUCAUCGUCUGCCGAGCAGCCCGAUGAAGCAUC ------(((((((.(((---(.....))))..))))))).((((((((..((((((((((..........)))))))))))))).((((((.((((...))))..)))))))))).. ( -45.40) >DroVir_CAF1 12901 106 + 1 -----------GAUUGGUGGUCAGCAGCUGUUUCUGCUGUUGCUGCCAGCACUGCUCGUCGAACUCCAGCGAGGAGCGGUUGGCCUCAUCAUCGGCACAGCUGCCCGAUGAGAUGUA -----------...(((..(.(((((((.......))))))))..)))(((...(((((((...(((.....)))((((((((((........))).))))))).))))))).))). ( -47.60) >DroPse_CAF1 8480 108 + 1 ------CAGUGGAUUGG---CCAGCAGUUGCUUCUGCUGCUGCUGCCAGCACUGCUCGUCGUACUCCAUUGAGGACCGAUUAGCCUCAUCGUCGGCGGAGCACCCCGACGAGGCAUC ------(((((..((((---(.((((((.((....)).))))))))))))))))...((((..(((....)))...))))..(((((...(((((.((....))))))))))))... ( -47.30) >DroMoj_CAF1 11824 114 + 1 UGCCUUGAGUGGAUUGG---AGAGCAGCUGCUUCUGCUGCUGCUGCCAGCAUUGCUCGUCAAACUCCAGCGAUGAGCGAUUGGCCUCAUCAUCAGCGCAGCUGCCGGACGAGAUGUA ...((((..(((....(---((((((((.((....)).))))))((((..((((((((((..........))))))))))))))))).....((((...)))))))..))))..... ( -42.40) >DroAna_CAF1 8808 108 + 1 ------CAGUGGGUUGG---UCAGGAGUUGCUUUUGCUGCUGCUGCCAGCACUGCUCGUCGAACUCCAUGGAGGACCUAUUCGCCUCGUCAUCUGCUGAGCAUCCAGAACUGGCAUC ------(((((((((((---.(((.(((.((....)).))).))))))))..(((((((.((.(((....)))(((...........))).)).)).))))).))...))))..... ( -35.20) >DroPer_CAF1 8471 108 + 1 ------CAGUGGAUUGG---CCAGCAGUUGCUUCUGUUGCUGCUGCCAGCACUGCUCGUCGUACUCCAUUGAGGACCGAUUGGCCUCAUCGUCGGCGGAGCACCCCGACGAGGCAUC ------(((((..((((---(.((((((.((....)).))))))))))))))))...(((.........(((((.((....)))))))(((((((.((....))))))))))))... ( -48.60) >consensus ______CAGUGGAUUGG___CCAGCAGCUGCUUCUGCUGCUGCUGCCAGCACUGCUCGUCGAACUCCAUCGAGGACCGAUUGGCCUCAUCAUCGGCGGAGCAGCCCGACGAGGCAUC ......(((((..((((....(((((((.((....)).))))))))))))))))((((((..........((((.........)))).......((...)).....))))))..... (-23.13 = -24.13 + 1.00)
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