Locus 3807

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	12,557,051 – 12,557,199
Length	148
Max. P	0.826384

overview

Window 3

Location	12,557,051 – 12,557,171
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	71.40
Mean single sequence MFE	-48.88
Consensus MFE	-24.41
Energy contribution	-24.80
Covariance contribution	0.39
Combinations/Pair	1.42
Mean z-score	-1.76
Structure conservation index	0.50
SVM decision value	0.70
SVM RNA-class probability	0.826384
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12557051 120 - 20766785
UACUAUUAUUGGUCGCUGGAGCCGGUGUAACCGUGGCUAUAGGCAGCAUUGGGGCCAAUGGUGUGGUAGUCAAUGUGGCUGUCGCAGCCAAUGGCUGUACUGUAUCAGUGCUCAACUCCA
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>DroPse_CAF1 18875 120 - 1
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>DroWil_CAF1 38963 117 - 1
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.((---.((((((.......))))))(((((.((((((((((.(((....((((((...)))))).))))))))))))).))))).))...(((...(((((......)))))....))) ( -47.00)
>DroYak_CAF1 18510 120 - 1
UACUAUUAUUGGUCGCUGGAGCUGGUGUAACUGUGGCUAUAGGCAACAUUGGUGCCAAGGGAGUGGUAGUCAAUGUGGCUGUCGCAGCCAAUGGCUGUACUGUAUCGGUGCUCAACUCCA
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>DroAna_CAF1 17499 111 - 1
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...---------.....(((((((((((..(((((.(((....))))))))..))).((((.((..(((...(((((((((...)))))).))))))..)).)))).....)))))))). ( -47.90)
>DroPer_CAF1 18880 120 - 1
UGCUGUUGCUUGUUGCAGGUGCGGGCGUGACUGUGGCUAUUGGCAGCAUCGGUGCCAAUGGUGUCGUUGUCACAGUCGCGGUGGCGGCCAUUGGCUGCGGGCACUCGGACGCCAGCUCCA
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>consensus
UGCU_UUGCUGGUCGCAGGAGCCGGCGUGACUGUGGCUAUUGGCAGCAUUGGUGCCAAUGGUGUCGUUGUCACUGUGGCUGUGGCAGCCAUUGGCUGUACGCAAUCGGAGGUCAGCUCCA
...........(((((((..((....))..)))))))................(((((((((((((((((.......)))))))).)))))))))......................... (-24.41 = -24.80 +   0.39)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	12,557,091 – 12,557,199
Length	108
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.84
Mean single sequence MFE	-34.75
Consensus MFE	-22.62
Energy contribution	-23.27
Covariance contribution	0.65
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-1.85
Structure conservation index	0.65
SVM decision value	0.03
SVM RNA-class probability	0.549719
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12557091 108 - 20766785
AACUGAACUCCAGUAAGAGAGCUAACGUUACUAUUAUUGGUCGCUGGAGCCGGUGUAACCGUGGCUAUAGGCAGCAUUGGGGCCAAUGGUGUGGUAGUCAAUGUGGCU
.((((..(((((((.....(((....)))((((....)))).))))))).))))((.((..(((((((..(((.(((((....))))).))).)))))))..)).)). ( -36.50)
>DroVir_CAF1 23186 99 - 1
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>DroSec_CAF1 18487 108 - 1
AACUGAACUCCAGUCAGAGAGCUAACGUUACUAUUAUUAGUCGCUGGAGCCGGUGUAACCGUGGCUAUAGGCAACAUUGGGGCCAAAGGUGUGGUAGUCAAUGUGGCU
..((((.(....)))))..(((((.((((((((((((....(((((....)))))..(((.(((((...(....).....)))))..))))))))))).))))))))) ( -32.10)
>DroSim_CAF1 18461 108 - 1
AACUGAACUCCAGUAAGAGAGCUAACGUUACUAUUAUUAGUCGCUGGAGCUGGUGUAACCGUGGCUAUAGGCAACAUUGGGGCCAAAGGUGUGGUAGUCAAUGUGGCU
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>DroEre_CAF1 18296 108 - 1
AGCUGAAUUCCAGUAAUAGAGCUAACGUUACUAUUAUUGGUCGCUGGAGCCGGUGUAACCGUGGCUAUAGGCAACAUUGGGGCCAAGGGAGUGGUAGUCAAUGUGGCU
((((.....(((((((((((((....))).))))))))))..(((..((((((.....))..))))...))).(((((((.((((......))))..))))))))))) ( -39.30)
>DroYak_CAF1 18550 108 - 1
AACUGAAUUCCAGUAAUAGAGCUAACGUUACUAUUAUUGGUCGCUGGAGCUGGUGUAACUGUGGCUAUAGGCAACAUUGGUGCCAAGGGAGUGGUAGUCAAUGUGGCU
..(((.....((((((((((((....))).)))))))))(((((.(..((....))..).)))))..)))((.((((((((((((......))))).))))))).)). ( -35.10)
>consensus
AACUGAACUCCAGUAAGAGAGCUAACGUUACUAUUAUUGGUCGCUGGAGCCGGUGUAACCGUGGCUAUAGGCAACAUUGGGGCCAAAGGUGUGGUAGUCAAUGUGGCU
.((((.....))))......((((.((((((((((((...((..(((..(((((((..((.........))..)))))))..)))..)).)))))))).)))))))). (-22.62 = -23.27 +   0.65)

alignment

secondary structure

dotplot

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