Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,554,914 – 12,555,034 |
Length | 120 |
Max. P | 0.993156 |
Location | 12,554,914 – 12,555,034 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 91.67 |
Mean single sequence MFE | -28.09 |
Consensus MFE | -23.82 |
Energy contribution | -23.94 |
Covariance contribution | 0.12 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -2.20 |
Structure conservation index | 0.85 |
SVM decision value | 2.38 |
SVM RNA-class probability | 0.993156 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 12554914 120 + 20766785 AUCACAGAAUGCUCGUGAUAAAGUCGCUCAUGUAAAUGGAAUUAUUUUUUGGUGUAAAUCUAAAAAUAGAGCUUUCGGAUGUUACACUUAUAAUUCUGGGAAAAUGUGUGCACAAAUUUA (((((((....)).)))))...(((((.(((.....(((((((((.....((((((((((..(((.......)))..))).))))))).))))))))).....))).))).))....... ( -26.90) >DroSec_CAF1 16307 120 + 1 AUCACAGAACACUCGUGAUAAAGUCACUCAUGUAAACGGAAUUAUUCUUUGGUGUAAAUCUAAAAAUAGAGCUUUCGGAUGUUACACUUAUAAUUCUGGGGAAAUGUGUGCACAUAUUCA (((((((....)).)))))...(((((.(((.....(((((((((.....((((((((((..(((.......)))..))).))))))).))))))))).....))).))).))....... ( -29.50) >DroSim_CAF1 16283 120 + 1 AUCACAGAACACUCGUGAUAAAGUCACUCAUGUAAACGGAAUUAUUCUUUGGUGUAAAUCUAAAAAUAGAGCUUUUGGAUGUUACACUUAUAAUUCUGGGGAAAUGUGUGCACAUAUUCA (((((((....)).)))))...(((((.(((.....(((((((((.....(((((((((((((((.......)))))))).))))))).))))))))).....))).))).))....... ( -32.40) >DroEre_CAF1 16115 117 + 1 AUCACAUAAUACUCGUGAUAAAGUU--CCAUGUACAUGGAAUUAUU-UUUGAUGUAAAUCUAAAAAUAAACCUUUCGGAUGUUACACUUAUAGUUCUGGGAAAAUGUGUGCACACAUUCA (((((.........)))))...(((--((((....)))))))((((-((((((....))).)))))))....(..((((...............))))..).((((((....)))))).. ( -22.46) >DroYak_CAF1 16371 120 + 1 AUCACAGAAUACUCGUGAUAAAGUCACUCAUGUAAAUGGAAUUAUUCUUUGGUGUAUAUCUAAAAAUAGAGUUUUCGGAUGUUACACUUAUAAUUCUGGGGAAAUGUGUGCACACAUACA (((((((....)).)))))...(((((.(((.....(((((((((.....((((((((((..(((((...)))))..)))).)))))).))))))))).....))).))).))....... ( -29.20) >consensus AUCACAGAAUACUCGUGAUAAAGUCACUCAUGUAAAUGGAAUUAUUCUUUGGUGUAAAUCUAAAAAUAGAGCUUUCGGAUGUUACACUUAUAAUUCUGGGGAAAUGUGUGCACACAUUCA (((((.........)))))...(((((.(((.....(((((((((.....((((((((((..(((.......)))..))).))))))).))))))))).....))).))).))....... (-23.82 = -23.94 + 0.12)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:04:28 2006