Locus 3805

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 12,552,936 – 12,553,036
Length 100
Max. P 0.818040
window6151

overview

Window 1

Location 12,552,936 – 12,553,036
Length 100
Sequences 6
Columns 102
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.44
Mean single sequence MFE -21.68
Consensus MFE -14.50
Energy contribution -14.37
Covariance contribution -0.14
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -1.59
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.67
SVM RNA-class probability 0.818040
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12552936 100 + 20766785
AUAAAAA--UCGAUCACCCUGCAGAUGAAUGUUCGUGGUCAUCCAUUGGUAUUGCGUCAAUACUAUGAAGUGACGCACUGCAAUCAUUGUCAGACGAUUAUC
.......--..((((...(((..(((((.(((..((((((((....((((((((...))))))))....))))).))).))).)))))..)))..))))... ( -26.50)
>DroVir_CAF1 14988 94 + 1
G-UAACAUUUCGA-------AUAGAUGAUUGUACGGGGUCAUCCAUUAGUAUUACGACAAUACUACGAAGUGACACAUUGUAAUCAUUGCCAAACGAUUAUA
(-(..(((((((.-------...(((((((......)))))))...(((((((.....))))))))))))))..))..(((((((.((....)).))))))) ( -21.60)
>DroPse_CAF1 14770 98 + 1
--UAAUA--UUCCUCCCCUUGUAGAUGAAUGUUCGUGGUCAUGCAUUGAUAUUGCGUCAAUACUAUGAAGUGACGCACUGCAAUCAUUGUCAAACGAUUAUA
--..(((--(((.((........)).))))))((((((..(((.((((.((.(((((((...........))))))).)))))))))..))..))))..... ( -19.80)
>DroGri_CAF1 15865 91 + 1
U----UAUUUUGA-------CUAGAUGAUUGUACGUGGUCAUCCAUUAGUAUUACGCCAAUACUACGAAGUAACACAUUGUAAUCAUUGUCAAACGAUUAUA
(----(((((((.-------...(((((((......)))))))...(((((((.....))))))))))))))).....(((((((.((....)).))))))) ( -18.20)
>DroWil_CAF1 26962 98 + 1
--UAUUU--UAUUUCAUUUUUUAGAUGGUUGUACGUGGUCAUCCAUUGGUAUUACGUCAAUACUACGAAGUGACGCACUGCAAUCAUUGUCAGACCAUUAUC
--.....--..............((((((((((.((((((((....(((((((.....)))))))....))))).))))))))))))).............. ( -24.20)
>DroPer_CAF1 14785 98 + 1
--UAAUA--UUCCUCCCCUUGUAGAUGAAUGUUCGUGGUCAUGCAUUGAUAUUGCGUCAAUACUAUGAAGUGACGCACUGCAAUCAUUGUCAAACGAUUAUA
--..(((--(((.((........)).))))))((((((..(((.((((.((.(((((((...........))))))).)))))))))..))..))))..... ( -19.80)
>consensus
__UAAUA__UUGAUC_CCUUGUAGAUGAAUGUACGUGGUCAUCCAUUGGUAUUACGUCAAUACUACGAAGUGACGCACUGCAAUCAUUGUCAAACGAUUAUA
.......................(((((.(((..((((((((....(((((((.....)))))))....))))).))).))).))))).............. (-14.50 = -14.37 +  -0.14)

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