Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,542,472 – 12,542,587 |
Length | 115 |
Max. P | 0.976283 |
Location | 12,542,472 – 12,542,587 |
---|---|
Length | 115 |
Sequences | 5 |
Columns | 115 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 94.17 |
Mean single sequence MFE | -42.68 |
Consensus MFE | -37.34 |
Energy contribution | -37.66 |
Covariance contribution | 0.32 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -1.77 |
Structure conservation index | 0.87 |
SVM decision value | 1.77 |
SVM RNA-class probability | 0.976283 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 12542472 115 + 20766785 GCUUAUAGGGGCAUCGAAUGUAUGACGGCAUAUGUGUAUUUAUUUUCCACACUCGCCCAUCGGUGGCAGUGAGUGUUAGUGAGCGACGCGCGUGUGUGAGUGCGUCGAGUGCUGA ((((....)))).............((((((.......((((((....(((((((((((....)))..)))))))).))))))((((((((........)))))))).)))))). ( -38.90) >DroSec_CAF1 3942 115 + 1 GCUUAUAGGGGCAUCGCAUGUAUGACGGCAUAUGUGUAUUUAUUUUCCACACUCGCCCAUCGGUGGCAGUGAGUGUGAGGGAACGACGCGCGUGUGUGAGUGCGUCGAGUGCUGA .........(((((.(((((((((....))))))))).....((..(((((((((((((....)))..))))))))).)..))((((((((........)))))))).))))).. ( -46.00) >DroSim_CAF1 3937 115 + 1 GCUUAUAGGGGCAUCGCAUGUAUGACGGCAUAUGUGUAUUUAUUUUCCACACUCGCCCAUCGGUGGCAGUGAGUGUGAGGGAACGACGCGCGUGUGUGAGUGCGUCGAGUGCUGA .........(((((.(((((((((....))))))))).....((..(((((((((((((....)))..))))))))).)..))((((((((........)))))))).))))).. ( -46.00) >DroEre_CAF1 3984 115 + 1 GCUUAUAGGGGCAGCGUAUGUAUGACGGCAUAUGUGUAUUUAUUUUCCACACUCGCCCAUCGCUGUAAGUGAGUGUGAGUGAGCGGCGCGCGUGUGUGUGUGCGUCGAGUGCUGA ((((....)))).((((((((......))))))))((((((........(((((((...((((.....))))..)))))))...((((((((......))))))))))))))... ( -41.50) >DroYak_CAF1 4022 115 + 1 GCUUAUAGGGGCAGCGUAUGUAUGACGGCAUAUGUGUAUUUAUUUUCCACACUCGCCCAUCGGUGCAAGGGAGUGUGAGUGAGCGGCGCGCGUGUGUUUGUGCGUCGAGUGCUGA ((((....)))).((((((((......))))))))............(((((((.((...........)))))))))((((..(((((((((......)))))))))..)))).. ( -41.00) >consensus GCUUAUAGGGGCAUCGCAUGUAUGACGGCAUAUGUGUAUUUAUUUUCCACACUCGCCCAUCGGUGGCAGUGAGUGUGAGUGAGCGACGCGCGUGUGUGAGUGCGUCGAGUGCUGA ((((....)))).............((((((...........((..(((((((((((((....)))..))))))))).)..))((((((((........)))))))).)))))). (-37.34 = -37.66 + 0.32)
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