Locus 3788

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 12,520,759 – 12,520,879
Length 120
Max. P 0.757667
window6133

overview

Window 3

Location 12,520,759 – 12,520,879
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.66
Mean single sequence MFE -42.32
Consensus MFE -24.04
Energy contribution -24.02
Covariance contribution -0.02
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -2.04
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 0.49
SVM RNA-class probability 0.757667
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12520759 120 + 20766785
UGCCCGAUAUCUAUGUAAUCGGAUUCCAGGAGGUGAGCACCACACCGCAGGUGCUAAAAAUCUUCAAUGACGAUCCGUGGGUGCUGAAGAUCGCGGACUCUCUGAGCGAUCACCAGUUCG
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>DroPse_CAF1 4228 117 + 1
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>DroEre_CAF1 3514 120 + 1
UGCCCGACAUCUAUGUGAUCGGAUUCCAGGAGGUGAGCACCACACCACAGGUGCUAAAGAUCUUCCAUGACGAUCCGUGGGUGCUGAAGAUCGCGGACUCCCUGCACAAACAGCAGUUCG
(((.((.((((((((.(((((.....(((((((..((((((........))))))......))))).)).))))))))))))).))......((((.....)))).......)))..... ( -39.10)
>DroYak_CAF1 3765 117 + 1
UGCCCGACAUCUAUGUGAUCGGAUUUCAGGAGGUGAGCACCAC---ACAGGUGCUCAAGAUCUUCAAUGACGAUCCAUGGGUGCUGAAGAUCGCGGACUCCCUGCACGAUCACCAGUUCG
....(((((((((((.(((((...((.((((..((((((((..---...))))))))...)))).))...)))))))))))))(((..((((((((.....))))..))))..))).))) ( -45.90)
>DroAna_CAF1 3766 117 + 1
UACCCGACAUCUAUGUGAUCGGUAUGCAGGAGGUGAGCACCAAA---CAGGUGCUUAAAAUCUUCCAAGAUGAUCCCUGGGUGCUCAAGAUCGCCAGUGCUCUGCAGGAGCACGAGUUCG
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>DroPer_CAF1 4213 117 + 1
UGCCCGACAUUUACGUCAUAGGCUUGCAGGAGGUCAGCACCAA---GCAGGUGCUGAACAUCUUUAAAGACGACCCGUGGGUGUUGGAAAUAGCCUCCCAUCUGGAGGAUCACGAGUACU
...((((((((((((.......(((..((((..((((((((..---...))))))))...))))..)))......))))))))))))......(((((.....)))))............ ( -42.52)
>consensus
UGCCCGACAUCUAUGUGAUCGGAUUGCAGGAGGUGAGCACCAA___GCAGGUGCUAAAAAUCUUCAAAGACGAUCCGUGGGUGCUGAAGAUCGCCGACUCUCUGCACGAUCACCAGUUCG
....((.((((((((...(((......((((..((((((((........))))))))...))))......)))..)))))))).)).................................. (-24.04 = -24.02 +  -0.02)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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