Locus 3712

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	12,313,171 – 12,313,281
Length	110
Max. P	0.939635

overview

Window 9

Location	12,313,171 – 12,313,281
Length	110
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.71
Mean single sequence MFE	-46.60
Consensus MFE	-35.45
Energy contribution	-36.65
Covariance contribution	1.20
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.53
Structure conservation index	0.76
SVM decision value	1.28
SVM RNA-class probability	0.939635
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12313171 110 + 20766785
AUUGUCGGCCUGUUUGGGAUU--GCAAGUGGGAGUGGGUGGUGGCCACAUAACUCUGUCAGCCCCCCAAAGAGCUGGAUGGGGCGUGUCUGCCGCCCACACUGUCACAUUGG--
..((.(((((..((((.....--.))))..)).((((((((..(.((((((....)))..((((((((......)))..)))))))).)..)))))))).))).))......-- ( -45.90)
>DroSec_CAF1 11930 108 + 1
AUUGUCGGCCUGUUUGAAA-U--GCAAGUGGGAGUGGGUGGUGGCCACAUAACUCUGUCAGCCCCCCA-AGAGCUGGUUGGGGCGUGGCUGCCGCCCACACUGUCACAUUGG--
..((.(((((..((((...-.--.))))..)).((((((((..((((((((....)))..((((((((-.....)))..))))))))))..)))))))).))).))......-- ( -52.50)
>DroSim_CAF1 10058 109 + 1
AUUGUCGGCCUGUUUGGGAUU--GCAAGUGGGAGUGGGUGGUGGCCACAUAACUCUGUCAGCCCCCCA-AGAGCUGGAUGGGGCGUGGCUGCCGCCCACACUGUCACAUUGG--
..((.(((((..((((.....--.))))..)).((((((((..((((((((....)))..((((((((-.....)))..))))))))))..)))))))).))).))......-- ( -52.80)
>DroEre_CAF1 10280 91 + 1
AUUG--------------------CAAGUGGGAGUGGGUGGUGGCCACAUAACUCUGACAGCCCCCCA-AGAAGUGAAUGGGGCGUGGCUGCCGCCCACACUGUCACAUUGG--
....--------------------(((((((.(((((((((..(((((.((....))...(((((.((-.....))...))))))))))..))))))..))).)))).))).-- ( -42.40)
>DroYak_CAF1 10272 111 + 1
AUUGUCGGCCUGUUUGGGAAUUGGGAAGUGGGAGUGGGUGGUGGCCACAUAACUCUGUCAGCCCCCCA-AGAAGUGGAUGGGGCGUGUCUGCCGCCCACACUGUCACAUUGG--
..((.(((((..(((..........)))..)).((((((((..(.((((((....)))..((((((((-.....)))..)))))))).)..)))))))).))).))......-- ( -41.60)
>DroAna_CAF1 9802 101 + 1
AUUGUCAGC-----UGUGAGU--GGGUGUGGGUGUGAGUGUGGGCCACAUAACUUUGUCAGCCCC--A-UGGGG---CGGAGGCGUGGCACUCGCCCACACAAUAACACUGGAG
....((((.-----(((....--..((((((((..((((((.(((((((......)))..((((.--.-..)))---)...))).).))))))))))))))....))))))).. ( -44.40)
>consensus
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...........................((((.(((((((((((((((((((....)))..((((((((......)))..))))))))))))))))))..))).))))....... (-35.45 = -36.65 +   1.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	12,313,171 – 12,313,281
Length	110
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.71
Mean single sequence MFE	-34.70
Consensus MFE	-28.40
Energy contribution	-29.10
Covariance contribution	0.70
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-1.32
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	0.30
SVM RNA-class probability	0.677657
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12313171 110 - 20766785
--CCAAUGUGACAGUGUGGGCGGCAGACACGCCCCAUCCAGCUCUUUGGGGGGCUGACAGAGUUAUGUGGCCACCACCCACUCCCACUUGC--AAUCCCAAACAGGCCGACAAU
--((((.((....(((.(((((.......))))))))...))...))))(((..((...((((...((((.......))))....)))).)--)..)))............... ( -32.30)
>DroSec_CAF1 11930 108 - 1
--CCAAUGUGACAGUGUGGGCGGCAGCCACGCCCCAACCAGCUCU-UGGGGGGCUGACAGAGUUAUGUGGCCACCACCCACUCCCACUUGC--A-UUUCAAACAGGCCGACAAU
--..((((..(..(.(((((.((..((((((((((..((((...)-))))))))((((...)))).)))))..)).))))).)....)..)--)-))................. ( -37.00)
>DroSim_CAF1 10058 109 - 1
--CCAAUGUGACAGUGUGGGCGGCAGCCACGCCCCAUCCAGCUCU-UGGGGGGCUGACAGAGUUAUGUGGCCACCACCCACUCCCACUUGC--AAUCCCAAACAGGCCGACAAU
--.(((.(((...(.(((((.((..((((((((((..((((...)-))))))))((((...)))).)))))..)).))))).).)))))).--..................... ( -36.40)
>DroEre_CAF1 10280 91 - 1
--CCAAUGUGACAGUGUGGGCGGCAGCCACGCCCCAUUCACUUCU-UGGGGGGCUGUCAGAGUUAUGUGGCCACCACCCACUCCCACUUG--------------------CAAU
--......((.(((.((((..(((((((...(((((.........-)))))))))))).((((...((((...))))..)))))))))))--------------------)).. ( -34.80)
>DroYak_CAF1 10272 111 - 1
--CCAAUGUGACAGUGUGGGCGGCAGACACGCCCCAUCCACUUCU-UGGGGGGCUGACAGAGUUAUGUGGCCACCACCCACUCCCACUUCCCAAUUCCCAAACAGGCCGACAAU
--((...(((...(((.(((((.......)))))))).)))...(-(((((((.((...((((...((((...))))..)))).))))))))))..........))........ ( -32.30)
>DroAna_CAF1 9802 101 - 1
CUCCAGUGUUAUUGUGUGGGCGAGUGCCACGCCUCCG---CCCCA-U--GGGGCUGACAAAGUUAUGUGGCCCACACUCACACCCACACCC--ACUCACA-----GCUGACAAU
.....(((.....(((((((.((((((((((.....(---(((..-.--.))))((((...))))))))))....))))...)))))))..--...))).-----......... ( -35.40)
>consensus
__CCAAUGUGACAGUGUGGGCGGCAGCCACGCCCCAUCCACCUCU_UGGGGGGCUGACAGAGUUAUGUGGCCACCACCCACUCCCACUUGC__A_UCCCAAACAGGCCGACAAU
.......(((...(.(((((.((..((((((((((..(((......))))))))((((...)))).)))))..)).))))).).)))........................... (-28.40 = -29.10 +   0.70)

alignment

secondary structure

dotplot

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