Locus 3704

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 12,286,514 – 12,286,616
Length 102
Max. P 0.971826
window6018 window6019

overview

Window 8

Location 12,286,514 – 12,286,616
Length 102
Sequences 6
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.37
Mean single sequence MFE -38.15
Consensus MFE -19.09
Energy contribution -21.28
Covariance contribution 2.20
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -2.75
Structure conservation index 0.50
SVM decision value 1.17
SVM RNA-class probability 0.925738
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12286514 102 + 20766785
--------AAUGACCUCCCACGCAAAUGUUCCACUUGAAUAGUGGAAUG--CUG----GCUGAGUAGCAGCGAGGUGAAGGUUGUG---CCUUCAGACUCCUUCUUCUCAAAGGUCAGA
--------..((((((.(((.(((....(((((((.....)))))))))--)))----).((((.((.((.(((.((((((.....---))))))..))))).)).)))).)))))).. ( -40.30)
>DroSec_CAF1 150094 102 + 1
--------AUCGACCUCCCACGCAAAUGUGCCACUUGAAUGGGGCAACG--CUG----GCUGAGUAGCAGCGAGGUGAAGGUUGUG---CCUUCAGACUCCUUCUACUCAAAGGUCAGA
--------...(((((.(((.((...(((.(((......))).)))..)--)))----).(((((((.((.(((.((((((.....---))))))..))))).))))))).)))))... ( -41.20)
>DroSim_CAF1 143869 102 + 1
--------AACGACCUCCCACGCAAUUGUGCCACUUGAAUGGGGCAACG--CUG----GCUGAGUAGCAGCGAGGUGAAGGUUGUG---CCUUCAGACUCCUUCUACUCAAAGGUCAGA
--------...(((((.(((.((..((((.(((......))).)))).)--)))----).(((((((.((.(((.((((((.....---))))))..))))).))))))).)))))... ( -42.00)
>DroEre_CAF1 156448 100 + 1
--------UACAACCUCCCACGCAAAUGUGCCACUUGAAUGGG--CAUG--CUG----GCUGAGUGGCAGCGAGGUGAAGGUUGUC---CCUUCAGACUCCUGCUUCUCAAAGGUCAGA
--------....((((.(((.(((....((((.(......)))--))))--)))----).((((.(((((.(((.((((((.....---))))))..)))))))).)))).)))).... ( -37.20)
>DroYak_CAF1 152120 99 + 1
--------UAUGACCUCCCACGCAAAUGUGCCACUUGAAUGGG--CAUG--CUG----GCUGAGUAGCAGCGAGGUGAAGGUUGUC----CUUCAGACUCCUGCCACUCAAAGGUCAGA
--------..((((((.(((.(((....((((.(......)))--))))--)))----).(((((.((((.(((.((((((....)----)))))..))))))).))))).)))))).. ( -43.00)
>DroAna_CAF1 141135 112 + 1
UGAGGUGUAAUAUCUGCCCACACAAUUCUUCCAUUUCAAUGGG--AAUGCACUGACUUUCUGCGUCGCAACGAGGUGAAGGCUAUUCUGAUGUCUGACUCC-----CGCAAAGGUCAAA
...((((((.....((......))....((((((....)))))--).))))))((((((.((((((((......))))((((.........))))......-----))))))))))... ( -25.20)
>consensus
________AACGACCUCCCACGCAAAUGUGCCACUUGAAUGGG__AAUG__CUG____GCUGAGUAGCAGCGAGGUGAAGGUUGUG___CCUUCAGACUCCUUCUACUCAAAGGUCAGA
...........(((((((((..(((.((...)).)))..)))).................((((.((.((.(((.((((((........))))))..))))).)).)))).)))))... (-19.09 = -21.28 +   2.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 12,286,514 – 12,286,616
Length 102
Sequences 6
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.37
Mean single sequence MFE -38.45
Consensus MFE -24.41
Energy contribution -26.13
Covariance contribution 1.73
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.88
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 1.68
SVM RNA-class probability 0.971826
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12286514 102 - 20766785
UCUGACCUUUGAGAAGAAGGAGUCUGAAGG---CACAACCUUCACCUCGCUGCUACUCAGC----CAG--CAUUCCACUAUUCAAGUGGAACAUUUGCGUGGGAGGUCAUU--------
..(((((((((((.((.(((((..((((((---.....)))))).))).)).)).)))).(----(((--(((((((((.....)))))))....))).))))))))))..-------- ( -39.70)
>DroSec_CAF1 150094 102 - 1
UCUGACCUUUGAGUAGAAGGAGUCUGAAGG---CACAACCUUCACCUCGCUGCUACUCAGC----CAG--CGUUGCCCCAUUCAAGUGGCACAUUUGCGUGGGAGGUCGAU--------
..((((((((((((((.(((((..((((((---.....)))))).))).)).)))))))).----...--......(((((.((((((...)))))).)))))))))))..-------- ( -40.60)
>DroSim_CAF1 143869 102 - 1
UCUGACCUUUGAGUAGAAGGAGUCUGAAGG---CACAACCUUCACCUCGCUGCUACUCAGC----CAG--CGUUGCCCCAUUCAAGUGGCACAAUUGCGUGGGAGGUCGUU--------
...(((((((((((((.(((((..((((((---.....)))))).))).)).))))))).(----(((--(((((..((((....))))..))).))).)))))))))...-------- ( -41.10)
>DroEre_CAF1 156448 100 - 1
UCUGACCUUUGAGAAGCAGGAGUCUGAAGG---GACAACCUUCACCUCGCUGCCACUCAGC----CAG--CAUG--CCCAUUCAAGUGGCACAUUUGCGUGGGAGGUUGUA--------
...((((((((((..(((((((..((((((---.....)))))).))).))))..))))).----...--....--(((((.((((((...)))))).))))))))))...-------- ( -39.00)
>DroYak_CAF1 152120 99 - 1
UCUGACCUUUGAGUGGCAGGAGUCUGAAG----GACAACCUUCACCUCGCUGCUACUCAGC----CAG--CAUG--CCCAUUCAAGUGGCACAUUUGCGUGGGAGGUCAUA--------
..((((((((((((((((((((..(((((----(....)))))).))).))))))))))).----...--....--(((((.((((((...)))))).)))))))))))..-------- ( -47.30)
>DroAna_CAF1 141135 112 - 1
UUUGACCUUUGCG-----GGAGUCAGACAUCAGAAUAGCCUUCACCUCGUUGCGACGCAGAAAGUCAGUGCAUU--CCCAUUGAAAUGGAAGAAUUGUGUGGGCAGAUAUUACACCUCA
(((((..(((((.-----...).))))..)))))...((((.(((((..((((...))))..))((((((....--..))))))............))).))))............... ( -23.00)
>consensus
UCUGACCUUUGAGUAGAAGGAGUCUGAAGG___CACAACCUUCACCUCGCUGCUACUCAGC____CAG__CAUU__CCCAUUCAAGUGGCACAUUUGCGUGGGAGGUCAUU________
..(((((((((((.((.(((((..((((((........)))))).))).)).)).)))))................(((((.((((((...)))))).))))))))))).......... (-24.41 = -26.13 +   1.73)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:02:18 2006