Locus 3681

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>2R_DroMel_CAF1 12233910 96 + 20766785
------CGUUGUAAUUUUAUUUGUUACA--UCU-CGAAAUUAGCAUGAAUUUGCUAAUUAGCUGCGAUUGUAAAU-GUUGCAGGCGAG-GCGG---CUGCGAUUU--UAUAG-
------(((((((((.......))))))--.((-((.((((((((......))))))))..(((((((.......-))))))).))))-))).---.........--.....- ( -25.80)
>DroVir_CAF1 119241 94 + 1
------CUUUGUAAUUUUAUUUGUUACA--ACU-GAAAAUUAGCAUGCAUUUGCUAAUUAGUCGCGAUUGUAAAAAGUGGCAC-CGCG-ACGU---GAACAAGCU--UGC---
------.............((((((...--((.-...((((((((......)))))))).((((((..(((........))).-))))-))))---.))))))..--...--- ( -23.50)
>DroGri_CAF1 120706 97 + 1
------GUUUGUAAUUUUAUUUGUUACACAGCUCGAAAAUUAGCGUGAAUUCGCUAAUGAGCUGCGAUUGUAAAA-CUUGCAA-CAAAAGCAG---CAACAACAU--UGU---
------(((((((((.......)))))).)))......(((((((......)))))))..(((((..((((....-......)-)))..))))---)........--...--- ( -23.10)
>DroEre_CAF1 102788 96 + 1
------CGUUGUAACUUUAUUUGUUACA--UUU-CGAAAUUAGCAUGAAUUUGCUAAUUAGCUGCGAUUGUAAAA-GUUGCAGGCGAG-GCGG---CAGCGAUUU--UAUAG-
------((((((..((((..........--...-...((((((((......))))))))..((((((((.....)-)))))))..)))-)..)---)))))....--.....- ( -27.90)
>DroAna_CAF1 87860 102 + 1
------CGUUGUAAUUUUAUUUGUUACA--ACU-UGAAAUUAGCAUGAAUUUGCUAAUUAGCUGUGAUUGUAAAA-GUUGCAGGCGGA-GCGACAACUGCAACGCCAUAUAGC
------.((((((((.......))))))--)).-...((((((((......)))))))).((((((..((((...-..))))((((..-(((.....)))..)))).)))))) ( -32.30)
>DroPer_CAF1 98952 88 + 1
ACGCGUCGUUGUAAUUUUAUUUGUUACA--ACU-CGAAAUUAGCAUGAAUUUGCUAAUUAGCUCUGAUUGUAAAA-GUUGCAGGCGAG-ACCA--------------------
..(.(((((((((((.......))))))--))(-(..((((((((......)))))))).((.(((.((....))-....))))))))-))).-------------------- ( -22.90)
>consensus
______CGUUGUAAUUUUAUUUGUUACA__ACU_CGAAAUUAGCAUGAAUUUGCUAAUUAGCUGCGAUUGUAAAA_GUUGCAGGCGAG_GCGG___CAGCAACUU__UAU___
.........((((((.......)))))).........((((((((......)))))))).((..((.((((((....)))))).))...))...................... (-14.75 = -14.67 +  -0.08) 

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Window 7

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>2R_DroMel_CAF1 12233910 96 - 20766785
-CUAUA--AAAUCGCAG---CCGC-CUCGCCUGCAAC-AUUUACAAUCGCAGCUAAUUAGCAAAUUCAUGCUAAUUUCG-AGA--UGUAACAAAUAAAAUUACAACG------
-.....--.....((((---.((.-..)).))))...-..(((((.(((.....((((((((......)))))))).))-)..--))))).................------ ( -17.60)
>DroVir_CAF1 119241 94 - 1
---GCA--AGCUUGUUC---ACGU-CGCG-GUGCCACUUUUUACAAUCGCGACUAAUUAGCAAAUGCAUGCUAAUUUUC-AGU--UGUAACAAAUAAAAUUACAAAG------
---...--...(((((.---((((-((((-((.............)))))))).((((((((......))))))))...-...--.)))))))..............------ ( -21.62)
>DroGri_CAF1 120706 97 - 1
---ACA--AUGUUGUUG---CUGCUUUUG-UUGCAAG-UUUUACAAUCGCAGCUCAUUAGCGAAUUCACGCUAAUUUUCGAGCUGUGUAACAAAUAAAAUUACAAAC------
---...--.((((((((---(.((....)-).)))).-.........(((((((((((((((......)))))))....)))))))))))))...............------ ( -26.70)
>DroEre_CAF1 102788 96 - 1
-CUAUA--AAAUCGCUG---CCGC-CUCGCCUGCAAC-UUUUACAAUCGCAGCUAAUUAGCAAAUUCAUGCUAAUUUCG-AAA--UGUAACAAAUAAAGUUACAACG------
-.....--...((((((---(...-............-..........))))).((((((((......))))))))..)-)..--((((((.......))))))...------ ( -17.71)
>DroAna_CAF1 87860 102 - 1
GCUAUAUGGCGUUGCAGUUGUCGC-UCCGCCUGCAAC-UUUUACAAUCACAGCUAAUUAGCAAAUUCAUGCUAAUUUCA-AGU--UGUAACAAAUAAAAUUACAACG------
(((....)))(((((((.((....-..)).)))))))-..........((((((((((((((......))))))))...-)))--)))...................------ ( -24.80)
>DroPer_CAF1 98952 88 - 1
--------------------UGGU-CUCGCCUGCAAC-UUUUACAAUCAGAGCUAAUUAGCAAAUUCAUGCUAAUUUCG-AGU--UGUAACAAAUAAAAUUACAACGACGCGU
--------------------..((-((((((((....-.........))).)).((((((((......))))))))..)-)((--(((((.........)))))))))).... ( -17.42)
>consensus
___AUA__AAAUUGCUG___CCGC_CUCGCCUGCAAC_UUUUACAAUCGCAGCUAAUUAGCAAAUUCAUGCUAAUUUCG_AGU__UGUAACAAAUAAAAUUACAACG______
........................................(((((.........((((((((......)))))))).........)))))....................... (-10.45 = -10.34 +  -0.11) 

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