Locus 3639

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	12,073,554 – 12,073,766
Length	212
Max. P	0.987044

overview

Window 1

Location	12,073,554 – 12,073,652
Length	98
Sequences	6
Columns	100
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.21
Mean single sequence MFE	-19.32
Consensus MFE	-19.45
Energy contribution	-19.37
Covariance contribution	-0.08
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-3.00
Structure conservation index	1.01
SVM decision value	2.06
SVM RNA-class probability	0.987044
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12073554 98 - 20766785
CCGUCC-AAA-AAAAAAAAACUACGAUUGUUUGCUUAAAGCAGCCAUUUUAAGCAAACAAUUGAGAGUUAUCGAAAUAAUACAUUCCCUUUUAUAAACUC
......-...-.......((((.(((((((((((((((((......)))))))))))))))))..))))............................... ( -21.00)
>DroSec_CAF1 69096 90 - 1
CCGUCC-AAA-A-----AAACUACGAUUGUUUGCUCAAAGCAGCCAUUUUGAGCAAACAACUGAGAGUUAUCGAAA---CACAUUCCCUUUUAAAAACUC
......-...-.-----......((.((((((((((((((......)))))))))))))).)).(((((.(..(((---.........)))..).))))) ( -19.70)
>DroSim_CAF1 69966 90 - 1
CCGUCC-AAA-A-----AAACUACGAUUGUUUGCUCAAAGCAGCCAUUUUGAGCAAACAACUGAGAGUUAUCGAAA---CACAUUCCCUUUUAAAAACUC
......-...-.-----......((.((((((((((((((......)))))))))))))).)).(((((.(..(((---.........)))..).))))) ( -19.70)
>DroEre_CAF1 69292 89 - 1
CCGUCC-ACA-A-----AAACUACGAUUGCUUGCUUAAAGCAGUCAUUUUAAGCAAUCAAUGGGCAGUUAUCGA-C---CGCAUUCCCUUUUAUAAACUG
..(((.-...-.-----.((((.(.((((.((((((((((......)))))))))).)))).)..))))...))-)---..................... ( -16.70)
>DroYak_CAF1 70980 89 - 1
CCGUCC-AAAAA-----AAACUACGAUUGUUUGCUUAAAGCAGCCAUUUUAAGCAAUCAAUUGCGAGUUA-CAA-C---AGCAUUCCCGUUUGUAAACUG
......-.....-----......((((((.((((((((((......)))))))))).))))))..(((((-(((-.---.((......)))))).)))). ( -17.80)
>DroAna_CAF1 64859 84 - 1
CCAUCCCACCAC-----AAACUACGAUUGUUUGCCUAAAACAGCCAUUUUAGGUAAGCAAUGGGCAGUU-----------GAAUUCCCUGUUAAAUAAUU
............-----.((((.(.(((((((((((((((......))))))))))))))).)..))))-----------.................... ( -21.00)
>consensus
CCGUCC_AAA_A_____AAACUACGAUUGUUUGCUUAAAGCAGCCAUUUUAAGCAAACAAUUGAGAGUUAUCGA_A___CACAUUCCCUUUUAAAAACUC
..................((((.(((((((((((((((((......)))))))))))))))))..))))............................... (-19.45 = -19.37 +  -0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	12,073,585 – 12,073,692
Length	107
Sequences	6
Columns	109
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	86.36
Mean single sequence MFE	-22.53
Consensus MFE	-20.94
Energy contribution	-20.78
Covariance contribution	-0.16
Combinations/Pair	1.25
Mean z-score	-2.00
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	1.60
SVM RNA-class probability	0.967010
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12073585 107 - 20766785
AUUUUGUCAUAUGCAAAGGUUUGUUCUAGACUAAUUAACCCCGUCC-AAA-AAAAAAAAACUACGAUUGUUUGCUUAAAGCAGCCAUUUUAAGCAAACAAUUGAGAGUU
.....(((....((((....))))....)))...............-...-.......((((.(((((((((((((((((......)))))))))))))))))..)))) ( -24.00)
>DroSec_CAF1 69124 102 - 1
AUUUUGUCAUAUGCAAAGGUUUGUUCUAGACUAGUUAACCCCGUCC-AAA-A-----AAACUACGAUUGUUUGCUCAAAGCAGCCAUUUUGAGCAAACAACUGAGAGUU
.....(((....((((....))))....)))...............-...-.-----.((((.((.((((((((((((((......)))))))))))))).))..)))) ( -22.20)
>DroSim_CAF1 69994 102 - 1
AUUUUGUCAUAUGCAAAGGUUUGUUCUAGACUAGUUAACCCCGUCC-AAA-A-----AAACUACGAUUGUUUGCUCAAAGCAGCCAUUUUGAGCAAACAACUGAGAGUU
.....(((....((((....))))....)))...............-...-.-----.((((.((.((((((((((((((......)))))))))))))).))..)))) ( -22.20)
>DroEre_CAF1 69319 102 - 1
AUUUUGUCAUAUGCAAAGGUUUGUUCUAGACUAAUUUACCCCGUCC-ACA-A-----AAACUACGAUUGCUUGCUUAAAGCAGUCAUUUUAAGCAAUCAAUGGGCAGUU
...........(((...(((((......(((...........))).-...-.-----))))).(.((((.((((((((((......)))))))))).)))).))))... ( -20.10)
>DroYak_CAF1 71006 103 - 1
AUUUUGUCAUAUGCAAAGGUUUGUUCUAGACUAAUUUACCCCGUCC-AAAAA-----AAACUACGAUUGUUUGCUUAAAGCAGCCAUUUUAAGCAAUCAAUUGCGAGUU
.....(((....((((....))))....)))...............-.....-----.((((.((((((.((((((((((......)))))))))).))))))..)))) ( -19.90)
>DroAna_CAF1 64879 102 - 1
AUUCUGCCAUAUGCAAAGGUUUAUUUUAAAAUUAU-AA-CCCAUCCCACCAC-----AAACUACGAUUGUUUGCCUAAAACAGCCAUUUUAGGUAAGCAAUGGGCAGUU
...(((((.........((.((((.........))-))-.))..........-----........(((((((((((((((......))))))))))))))).))))).. ( -26.80)
>consensus
AUUUUGUCAUAUGCAAAGGUUUGUUCUAGACUAAUUAACCCCGUCC_AAA_A_____AAACUACGAUUGUUUGCUUAAAGCAGCCAUUUUAAGCAAACAAUUGAGAGUU
..(((((.....)))))((((((...))))))..........................((((.(((((((((((((((((......)))))))))))))))))..)))) (-20.94 = -20.78 +  -0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	12,073,652 – 12,073,766
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.69
Mean single sequence MFE	-33.10
Consensus MFE	-23.84
Energy contribution	-23.65
Covariance contribution	-0.19
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-2.68
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	1.74
SVM RNA-class probability	0.974951
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12073652 114 + 20766785
GGUUAAUUAGUCUAGAACAAACCUUUGCAUAUGACAAAAUCCCCUCAUGGCUGUUUGAGCGGAUUUUGUAGUUCAACUCUGGCAG------CUUUUGCUUCAGUUCCAUGAGAUAUCCUA
((.((.........((((.........(....)(((((((((.((((........)))).))))))))).))))..((((((.((------((........))))))).))).)).)).. ( -27.10)
>DroPse_CAF1 123283 103 + 1
GG---ACUACUGGAAAUCAAUC--------AACACAAAAUCCCUUCAUGGCUGUUUGAAGGGAUUUUGUGGUUCCACUGUGGCAG------CGUAUGCUUCAGUUCGAUGAGAGAUCCUC
..---......(((..((.(((--------..(((((((((((((((........))))))))))))))).....((((.((((.------....)))).))))..)))..))..))).. ( -39.20)
>DroEre_CAF1 69381 114 + 1
GGUAAAUUAGUCUAGAACAAACCUUUGCAUAUGACAAAAUCCCCCCAUGGCUGUUUGAGGGGAUUUUGUAGUUCAACUCUGGCAG------CUUUUGCUUCAGUUCCAUGAGAUAUCCUA
((((..........((((.........(....)(((((((((((.((........)).))))))))))).))))..((((((.((------((........))))))).))).))))... ( -29.60)
>DroYak_CAF1 71069 114 + 1
GGUAAAUUAGUCUAGAACAAACCUUUGCAUAUGACAAAAUCCCAACAUGGCUGUUUGUGGGGAUUUUGUAGUUCAACUCUGGCAG------CUUUUGCUUCAGUUCCAUGAGUUAUCCUA
((............((((.........(....)((((((((((.(((........))).)))))))))).))))((((((((.((------((........))))))).)))))..)).. ( -29.30)
>DroAna_CAF1 64943 118 + 1
G-UU-AUAAUUUUAAAAUAAACCUUUGCAUAUGGCAGAAUCGUCUCAUGGCUGUUUGAGGCGAUUCUGUUGAUCAACUGUGGCAGCAUUUGCUUUUGCUUCAGUUCCAUAAGAUAUCCUA
.-..-........................((((((((((((((((((........)))))))))))))......(((((.((((((....))...)))).)))))))))).......... ( -34.20)
>DroPer_CAF1 120946 103 + 1
GG---ACUACUGGAAAUCAAUC--------AACACAAAAUCCCUUCAUGGCUGUUUGAAGGGAUUUUGUGGUUCCACUGUGGCAG------CGUAUGCUUCAGUUCGAUGAGAGAUCCUC
..---......(((..((.(((--------..(((((((((((((((........))))))))))))))).....((((.((((.------....)))).))))..)))..))..))).. ( -39.20)
>consensus
GGU__AUUAGUCUAAAACAAACCUUUGCAUAUGACAAAAUCCCCUCAUGGCUGUUUGAGGGGAUUUUGUAGUUCAACUCUGGCAG______CUUUUGCUUCAGUUCCAUGAGAUAUCCUA
.................................((((((((((((((........)))))))))))))).....((((..(((((.........)))))..))))............... (-23.84 = -23.65 +  -0.19)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	12,073,652 – 12,073,766
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.69
Mean single sequence MFE	-32.37
Consensus MFE	-22.16
Energy contribution	-21.72
Covariance contribution	-0.44
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-3.08
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	1.92
SVM RNA-class probability	0.982612
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12073652 114 - 20766785
UAGGAUAUCUCAUGGAACUGAAGCAAAAG------CUGCCAGAGUUGAACUACAAAAUCCGCUCAAACAGCCAUGAGGGGAUUUUGUCAUAUGCAAAGGUUUGUUCUAGACUAAUUAACC
(((((((..((......(((.(((....)------))..))).((......(((((((((.((((........)))).))))))))).....))...))..)))))))............ ( -29.50)
>DroPse_CAF1 123283 103 - 1
GAGGAUCUCUCAUCGAACUGAAGCAUACG------CUGCCACAGUGGAACCACAAAAUCCCUUCAAACAGCCAUGAAGGGAUUUUGUGUU--------GAUUGAUUUCCAGUAGU---CC
..(((..((..(((((((((..(((....------.)))..)))).....(((((((((((((((........)))))))))))))))))--------))).))..)))......---.. ( -36.30)
>DroEre_CAF1 69381 114 - 1
UAGGAUAUCUCAUGGAACUGAAGCAAAAG------CUGCCAGAGUUGAACUACAAAAUCCCCUCAAACAGCCAUGGGGGGAUUUUGUCAUAUGCAAAGGUUUGUUCUAGACUAAUUUACC
(((((((..((......(((.(((....)------))..))).((......((((((((((((((........)))))))))))))).....))...))..)))))))............ ( -33.50)
>DroYak_CAF1 71069 114 - 1
UAGGAUAACUCAUGGAACUGAAGCAAAAG------CUGCCAGAGUUGAACUACAAAAUCCCCACAAACAGCCAUGUUGGGAUUUUGUCAUAUGCAAAGGUUUGUUCUAGACUAAUUUACC
(((((((((((.(((......(((....)------)).))))))))(((((((((((((((.(((........))).))))))))))..........)))))))))))............ ( -29.60)
>DroAna_CAF1 64943 118 - 1
UAGGAUAUCUUAUGGAACUGAAGCAAAAGCAAAUGCUGCCACAGUUGAUCAACAGAAUCGCCUCAAACAGCCAUGAGACGAUUCUGCCAUAUGCAAAGGUUUAUUUUAAAAUUAU-AA-C
((((((((((((((((((((..(((...((....)))))..)))))......((((((((.((((........)))).))))))))))))).....))))..)))))).......-..-. ( -29.00)
>DroPer_CAF1 120946 103 - 1
GAGGAUCUCUCAUCGAACUGAAGCAUACG------CUGCCACAGUGGAACCACAAAAUCCCUUCAAACAGCCAUGAAGGGAUUUUGUGUU--------GAUUGAUUUCCAGUAGU---CC
..(((..((..(((((((((..(((....------.)))..)))).....(((((((((((((((........)))))))))))))))))--------))).))..)))......---.. ( -36.30)
>consensus
UAGGAUAUCUCAUGGAACUGAAGCAAAAG______CUGCCACAGUUGAACUACAAAAUCCCCUCAAACAGCCAUGAGGGGAUUUUGUCAUAUGCAAAGGUUUGUUCUAGACUAAU__ACC
(((((((........((((...(((...........)))...)))).....((((((((((((((........))))))))))))))..............)))))))............ (-22.16 = -21.72 +  -0.44)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:00:33 2006