Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,018,870 – 12,018,966 |
Length | 96 |
Max. P | 0.999210 |
Location | 12,018,870 – 12,018,966 |
---|---|
Length | 96 |
Sequences | 6 |
Columns | 96 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 98.38 |
Mean single sequence MFE | -24.93 |
Consensus MFE | -24.70 |
Energy contribution | -24.70 |
Covariance contribution | -0.00 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.79 |
Structure conservation index | 0.99 |
SVM decision value | 3.44 |
SVM RNA-class probability | 0.999210 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 12018870 96 - 20766785 GUGUCCAUUGUUUAUUUAUAAUCCCAGCAACUAGUGCGCUGAUUGAGUUGCCCAAGUUGAGGAGCGCAUAAAUUUGCAUUAUAGAUCGACACACAA ((((.....(((.(((((((((....((((...(((((((..(..(.((....)).)..)..)))))))....))))))))))))).))))))).. ( -26.10) >DroSec_CAF1 20340 94 - 1 --GUCCAUUGUUUAUUUAUAAUCCCAGCAACUAGUGCGCUGAUUGAGUUGCCCAAGUUGAGGAGCGCAUAAAUUUGCAUUAUAGAUCGACACACAG --......((((.(((((((((....((((...(((((((..(..(.((....)).)..)..)))))))....))))))))))))).))))..... ( -24.70) >DroSim_CAF1 20632 94 - 1 --GUCCAUUGUUUAUUUAUAAUCCCAGCAACUAGUGCGCUGAUUGAGUUGCCCAAGUUGAGGAGCGCAUAAAUUUGCAUUAUAGAUCGACACACAG --......((((.(((((((((....((((...(((((((..(..(.((....)).)..)..)))))))....))))))))))))).))))..... ( -24.70) >DroEre_CAF1 20177 94 - 1 --GUCCAUUGUUUAUUUAUAAUCCCAGCAACUAGUGCGCUGAUUGAGUUGCCCAAGUUGAGGAGCGCAUAAAUUUGCAUUAUAGAUCGACACACAG --......((((.(((((((((....((((...(((((((..(..(.((....)).)..)..)))))))....))))))))))))).))))..... ( -24.70) >DroYak_CAF1 19925 94 - 1 --GUCCAUUGUUUAUUUAUAAUCCCAGCAACUAGUGCGCUGAUUGAGUUGCCCAAGUUGAGGAGCGCAUAAAUUUGCAUUAUAGAUCGACACACAG --......((((.(((((((((....((((...(((((((..(..(.((....)).)..)..)))))))....))))))))))))).))))..... ( -24.70) >DroAna_CAF1 16062 94 - 1 --GGCCAUUGUUUAUUUAUAAUCCCAGCAACUAGUGCGCUGAUUGAGUUGCCCAAGUUGAGGAGCGCAUAAAUUUGCAUUAUAGAUCGACACACAA --......((((.(((((((((....((((...(((((((..(..(.((....)).)..)..)))))))....))))))))))))).))))..... ( -24.70) >consensus __GUCCAUUGUUUAUUUAUAAUCCCAGCAACUAGUGCGCUGAUUGAGUUGCCCAAGUUGAGGAGCGCAUAAAUUUGCAUUAUAGAUCGACACACAG ........((((.(((((((((....((((...(((((((..(..(.((....)).)..)..)))))))....))))))))))))).))))..... (-24.70 = -24.70 + -0.00)
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