Locus 3558

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>2R_DroMel_CAF1 11874160 99 + 20766785
CGGCUUUCCAU-----------UCCAUCUAUCCAUCCAG-UCGAU--------GGUCAUGGCCAUGGCCACUUGAAGCGCAUUUUCUGCGCCAUUUCCAUUCCGACUUCUGGCCUUCGG-
.((((......-----------...............((-(((((--------(((((((((....))))..))).(((((.....))))).....))))..)))))...)))).....- ( -25.85)
>DroPse_CAF1 12574 101 + 1
---UUUUUCUUGCAUCCAUCCAAUGUCCAAU--GUCCAGGGCCAU--GGC------CAUGGCCACGGCCACUUGAAGCGCAUUUUCUGCGCCAUUUCAAUUUGGACUUCUGGCC------
---................(((..((((((.--......((((.(--(((------....)))).))))..((((((((((.....)))))...))))).))))))...)))..------ ( -35.70)
>DroSim_CAF1 14192 102 + 1
CGGUUUUCCAUCC--------AUCCAUCUAGCCAUCCAG-UCGAU--------GGUCAUGGCCAUGGCCACUUGAAGCGCAUUUUCUGCGCCAUUUCCAUUCCGACUUCUGGCCUUCGG-
.((....))....--------.........((((...((-(((((--------(((((((((....))))..))).(((((.....))))).....))))..)))))..))))......- ( -30.00)
>DroYak_CAF1 14732 101 + 1
CGC---GCCAUCGUU--U----UCCAUCCAUCCAUCCAG-UCGAU--------GGUCAUGGCCAUGGCCACUUGAAGCGCAUUUUCUGCGCCAUUUCCAUUCCGACUUCUGGCCUUCGG-
...---((((..(..--.----..)............((-(((((--------(((((((((....))))..))).(((((.....))))).....))))..)))))..))))......- ( -25.50)
>DroAna_CAF1 13220 107 + 1
CGGCCGUCCA------------UUGAAGCAUCCAUCCAG-UCGAUAUGGUCAGGGCCAUGGCCAUGGCCACUUGAAGCGCAUUUUCUGCGCCAUUUCCAUUCCGACUUGCGGCCCGAAGC
.((((((...------------.((.......))...((-(((..((((((((((((((....)))))).).))).(((((.....))))).....))))..))))).))))))...... ( -38.40)
>DroPer_CAF1 14286 107 + 1
---UUUUUCUUGCAUCCAUCCAAUGUCCAAU--GUCCAGGGCCAU--GGCCAUGGCCAUGGCCACGGCCACUUGAAGCGCAUUUUCUGCGCCAUUUCAAUUUCGACUUCUGGCC------
---................(((..(((...(--(.((..((((((--(((....)))))))))..)).)).((((((((((.....)))))...)))))....)))...)))..------ ( -37.50)
>consensus
CGGUUUUCCAU_C_________UCCAUCAAUCCAUCCAG_UCGAU________GGUCAUGGCCAUGGCCACUUGAAGCGCAUUUUCUGCGCCAUUUCCAUUCCGACUUCUGGCCUUCGG_
.....................................................((((.((((....))))......(((((.....)))))...................))))...... (-17.85 = -18.18 +   0.33) 

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>2R_DroMel_CAF1 11874160 99 - 20766785
-CCGAAGGCCAGAAGUCGGAAUGGAAAUGGCGCAGAAAAUGCGCUUCAAGUGGCCAUGGCCAUGACC--------AUCGA-CUGGAUGGAUAGAUGGA-----------AUGGAAAGCCG
-(((....(((..(((((..((((....((((((.....))))))....(((((....)))))..))--------)))))-))...))).....))).-----------..((....)). ( -33.90)
>DroPse_CAF1 12574 101 - 1
------GGCCAGAAGUCCAAAUUGAAAUGGCGCAGAAAAUGCGCUUCAAGUGGCCGUGGCCAUG------GCC--AUGGCCCUGGAC--AUUGGACAUUGGAUGGAUGCAAGAAAAA---
------..((((..((((((........((((((.....))))))((.((.(((((((((....------)))--)))))))).)).--.)))))).))))................--- ( -41.70)
>DroSim_CAF1 14192 102 - 1
-CCGAAGGCCAGAAGUCGGAAUGGAAAUGGCGCAGAAAAUGCGCUUCAAGUGGCCAUGGCCAUGACC--------AUCGA-CUGGAUGGCUAGAUGGAU--------GGAUGGAAAACCG
-(((..(((((..(((((..((((....((((((.....))))))....(((((....)))))..))--------)))))-))...)))))...)))..--------((.(....).)). ( -38.70)
>DroYak_CAF1 14732 101 - 1
-CCGAAGGCCAGAAGUCGGAAUGGAAAUGGCGCAGAAAAUGCGCUUCAAGUGGCCAUGGCCAUGACC--------AUCGA-CUGGAUGGAUGGAUGGA----A--AACGAUGGC---GCG
-(((....(((..(((((..((((....((((((.....))))))....(((((....)))))..))--------)))))-))...))).....))).----.--.........---... ( -33.20)
>DroAna_CAF1 13220 107 - 1
GCUUCGGGCCGCAAGUCGGAAUGGAAAUGGCGCAGAAAAUGCGCUUCAAGUGGCCAUGGCCAUGGCCCUGACCAUAUCGA-CUGGAUGGAUGCUUCAA------------UGGACGGCCG
......((((((.((((((.((((....((((((.....))))))(((.(.((((((....)))))))))))))).))))-)).....((....))..------------..).))))). ( -43.30)
>DroPer_CAF1 14286 107 - 1
------GGCCAGAAGUCGAAAUUGAAAUGGCGCAGAAAAUGCGCUUCAAGUGGCCGUGGCCAUGGCCAUGGCC--AUGGCCCUGGAC--AUUGGACAUUGGAUGGAUGCAAGAAAAA---
------((((...........((((...((((((.....))))))))))(((((((((((....)))))))))--))))))(((..(--(........))..)))............--- ( -43.40)
>consensus
_CCGAAGGCCAGAAGUCGGAAUGGAAAUGGCGCAGAAAAUGCGCUUCAAGUGGCCAUGGCCAUGACC________AUCGA_CUGGAUGGAUAGAUCAA_________G_AUGGAAAACCG
........((((...((((....((...((((((.....))))))))..(((((....))))).............)))).))))................................... (-23.00 = -23.08 +   0.09) 

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