Locus 3541

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 11,835,068 – 11,835,188
Length 120
Max. P 0.537758
window5768

overview

Window 8

Location 11,835,068 – 11,835,188
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.94
Mean single sequence MFE -45.40
Consensus MFE -26.74
Energy contribution -27.30
Covariance contribution 0.56
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -1.44
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.01
SVM RNA-class probability 0.537758
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11835068 120 - 20766785
AUCGGGAAGCAGUCCGUUACACAGAGCCCUCUACUACGGCUCUAUAGAUUGCGCCGUACUGCUGCUUCGUUACGGGGCCAGUUUGGAACUGCUGGACGAGGACACAAGGUGUCCACUGCA
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>DroVir_CAF1 45531 120 - 1
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>DroGri_CAF1 54624 120 - 1
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>DroWil_CAF1 34429 120 - 1
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>DroYak_CAF1 25816 120 - 1
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>DroAna_CAF1 24591 120 - 1
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>consensus
AUCGGGCAGCAGUCCAUUGCACCGGGCUCUGUACUACGGCUCCAUAGACUGCGCCGUGCUGCUGCUGCGCUACGGCGCCAGCUUGGAACUGCUGGACGAGGACACCCGCUGUCCACUGCA
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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