Locus 3536

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 11,824,584 – 11,824,697
Length 113
Max. P 0.882727
window5758 window5759 window5760 window5761

overview

Window 8

Location 11,824,584 – 11,824,678
Length 94
Sequences 6
Columns 99
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.86
Mean single sequence MFE -39.35
Consensus MFE -20.76
Energy contribution -23.65
Covariance contribution 2.89
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -1.99
Structure conservation index 0.53
SVM decision value 0.08
SVM RNA-class probability 0.572444
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11824584 94 + 20766785
-GCA-GUCAGCGCCCACGGUUGUGAGUCACGUGCUCCAGCAGGCUGCCCAGUAUCUGGAGCGUUUGCAUGGAGCACGCGAUU---CCGCCGAGGAAAAA
-((.-....))..((.((((.(.(((((.(((((((((((((((.((((((...)))).)))))))).))))))))).))))---)))))).))..... ( -48.50)
>DroVir_CAF1 31718 91 + 1
-GCAGCUCGGAGCCAAGCGGUGUCAGCCAUGUGCUGCAGCAGGCUGUCCAAUAUCUGGAGCGUUUGCACGGCGCACGCGAAUAUCCCGCCGA-------
-((.(((.(....).)))(((((..((..(((((((..((((((..((((.....))))..)))))).))))))).))..)))))..))...------- ( -32.00)
>DroSec_CAF1 15136 94 + 1
-GCA-GCCAGCGUCCACGGUUGUGAGUCACGUGCUCCAGCAGGCUGCCCAGUAUCUGGAGCGUUUGCAUGGAGCACGCGAUU---CCGUCGAGGAAAAG
-(((-(((.........))))))(((((.(((((((((((((((.((((((...)))).)))))))).))))))))).))))---)............. ( -45.00)
>DroEre_CAF1 14970 94 + 1
-GCA-GCCAGCGCCCACGGUUGUCAGUCACGUGCUCCAGCAGGCUGCCCAGUAUCUGGAGCGAUUGCAUGGCGCACGUGAUU---CCCCCGAGGAAGAG
-((.-....))..((.(((..(..((((((((((.(((((((..(((((((...)))).))).)))).))).))))))))))---..)))).))..... ( -39.90)
>DroYak_CAF1 15280 94 + 1
-GCA-GUCAGCGCCCACGGUUGUGAGUCACGUGCUCCAGCAGGCCGCCCAAUAUCUGGAGCGAUUGCAUGGCGCACGCGAUU---CCACCGAGGAAAAG
-((.-....))..((.((((.(.(((((.(((((.(((((((..((((((.....))).))).)))).))).))))).))))---)))))).))..... ( -42.30)
>DroMoj_CAF1 38849 91 + 1
UGCA-AUCCGAGCCCAGCGGCGUCAGCCAAGUGCUCCAGCAGGCUUCGCAGUAUCUGGAACGUUUGCACGGCGCACGCGAUUUUCCAGUCGA-------
....-...........(((((....)))..((((.((.(((((((((.(((...)))))).))))))..)).))))))(((......)))..------- ( -28.40)
>consensus
_GCA_GUCAGCGCCCACGGUUGUCAGUCACGUGCUCCAGCAGGCUGCCCAGUAUCUGGAGCGUUUGCAUGGCGCACGCGAUU___CCGCCGAGGAAAAG
.............((.(((.....((((.(((((.(((((((((.(((((.....))).)))))))).))).))))).))))......))).))..... (-20.76 = -23.65 +   2.89)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 11,824,584 – 11,824,678
Length 94
Sequences 6
Columns 99
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.86
Mean single sequence MFE -37.18
Consensus MFE -23.90
Energy contribution -24.48
Covariance contribution 0.59
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.41
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 0.08
SVM RNA-class probability 0.571920
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11824584 94 - 20766785
UUUUUCCUCGGCGG---AAUCGCGUGCUCCAUGCAAACGCUCCAGAUACUGGGCAGCCUGCUGGAGCACGUGACUCACAACCGUGGGCGCUGAC-UGC-
.......((((((.---..((((((((((((.(((..(((.((((...)))))).)..)))))))))))))))(((((....))))))))))).-...- ( -45.40)
>DroVir_CAF1 31718 91 - 1
-------UCGGCGGGAUAUUCGCGUGCGCCGUGCAAACGCUCCAGAUAUUGGACAGCCUGCUGCAGCACAUGGCUGACACCGCUUGGCUCCGAGCUGC-
-------.(((((((......((((..((...))..))))(((((...)))))...)))))))((((.....)))).....(((((....)))))...- ( -30.80)
>DroSec_CAF1 15136 94 - 1
CUUUUCCUCGACGG---AAUCGCGUGCUCCAUGCAAACGCUCCAGAUACUGGGCAGCCUGCUGGAGCACGUGACUCACAACCGUGGACGCUGGC-UGC-
....(((.((...(---(.((((((((((((.(((..(((.((((...)))))).)..))))))))))))))).)).....)).))).((....-.))- ( -38.90)
>DroEre_CAF1 14970 94 - 1
CUCUUCCUCGGGGG---AAUCACGUGCGCCAUGCAAUCGCUCCAGAUACUGGGCAGCCUGCUGGAGCACGUGACUGACAACCGUGGGCGCUGGC-UGC-
.....((.(((..(---..((((((((.(((.(((..(((.((((...)))))).)..)))))).))))))))....)..))).))((....))-...- ( -36.80)
>DroYak_CAF1 15280 94 - 1
CUUUUCCUCGGUGG---AAUCGCGUGCGCCAUGCAAUCGCUCCAGAUAUUGGGCGGCCUGCUGGAGCACGUGACUCACAACCGUGGGCGCUGAC-UGC-
....(((.((((.(---(.((((((((.(((.(((.((((.((((...))))))))..)))))).)))))))).))...)))).))).((....-.))- ( -41.90)
>DroMoj_CAF1 38849 91 - 1
-------UCGACUGGAAAAUCGCGUGCGCCGUGCAAACGUUCCAGAUACUGCGAAGCCUGCUGGAGCACUUGGCUGACGCCGCUGGGCUCGGAU-UGCA
-------..........((((.((.((.(((.((....(((((((...((....))....)))))))....(((....)))))))))).)))))-)... ( -29.30)
>consensus
CUUUUCCUCGGCGG___AAUCGCGUGCGCCAUGCAAACGCUCCAGAUACUGGGCAGCCUGCUGGAGCACGUGACUCACAACCGUGGGCGCUGAC_UGC_
.......((((.(......((((((((.(((.(((...(((((((...))))..))).)))))).))))))))(((((....)))))).))))...... (-23.90 = -24.48 +   0.59)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 11,824,607 – 11,824,697
Length 90
Sequences 6
Columns 105
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.37
Mean single sequence MFE -41.97
Consensus MFE -25.85
Energy contribution -26.55
Covariance contribution 0.70
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -2.46
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 0.10
SVM RNA-class probability 0.585353
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11824607 90 + 20766785
GUCACGUGCUCCAGCAGGCUGCCCAGUAUCUGGAGCGUUUGCAUGGAGCACGCG---AUUCCGCCGAGGAAAAAACGGA---GGAAGUGCAG---CCAG------
.....((((((((((((((.((((((...)))).)))))))).))))))))(((---.((((.(((.........))).---)))).)))..---....------ ( -42.50)
>DroSec_CAF1 15159 96 + 1
GUCACGUGCUCCAGCAGGCUGCCCAGUAUCUGGAGCGUUUGCAUGGAGCACGCG---AUUCCGUCGAGGAAAAGACGGA---GGAAGUGCAG---CCAGAUGGUG
.....((((((((((((((.((((((...)))).)))))))).))))))))(((---.(((((((........))))))---)....))).(---((....))). ( -47.00)
>DroSim_CAF1 14014 96 + 1
GUCACGUGCUCCAGCAGGCUGCCCAGUAUCUGGAGCGUUUGCAUGGAGCACGCG---AUUCCGUCGAGGAAAAGACGGA---GGAAGUGCAG---CCAGAUGGUG
.....((((((((((((((.((((((...)))).)))))))).))))))))(((---.(((((((........))))))---)....))).(---((....))). ( -47.00)
>DroEre_CAF1 14993 96 + 1
GUCACGUGCUCCAGCAGGCUGCCCAGUAUCUGGAGCGAUUGCAUGGCGCACGUG---AUUCCCCCGAGGAAGAGGCGGA---GGAAGUGCAG---CCAGAUGGCG
.((((((((.(((((((..(((((((...)))).))).)))).))).)))))))---)((((.(((.........))).---)))).....(---((....))). ( -43.20)
>DroYak_CAF1 15303 99 + 1
GUCACGUGCUCCAGCAGGCCGCCCAAUAUCUGGAGCGAUUGCAUGGCGCACGCG---AUUCCACCGAGGAAAAGGCGGAGGAGGAAGUGCAG---CCAGAUGGCC
(.(((((((.(((((((..((((((.....))).))).)))).))).)))).(.---.((((.((........)).))))..)...)))).(---((....))). ( -38.80)
>DroAna_CAF1 13840 93 + 1
GUCACGUGCUCCAGCAGGCGGCCCAGUAUCUGGAGCGAUUGCAUGGCUCACGCGACGAUCCCGUCGAGC---------C---GGAAGUGCCCGUAUCCGAGGCCG
((....((((((((...((......))..))))))))...)).((((((....((((....))))))))---------)---)...(.(((((....)).)))). ( -33.30)
>consensus
GUCACGUGCUCCAGCAGGCUGCCCAGUAUCUGGAGCGAUUGCAUGGAGCACGCG___AUUCCGCCGAGGAAAAGACGGA___GGAAGUGCAG___CCAGAUGGCG
.....((((.((((((..(.((((((...)))).)))..))).))).))))(((....((((.(((.........)))....)))).)))............... (-25.85 = -26.55 +   0.70)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 11,824,607 – 11,824,697
Length 90
Sequences 6
Columns 105
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.37
Mean single sequence MFE -41.68
Consensus MFE -29.42
Energy contribution -29.95
Covariance contribution 0.53
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -3.28
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 0.92
SVM RNA-class probability 0.882727
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11824607 90 - 20766785
------CUGG---CUGCACUUCC---UCCGUUUUUUCCUCGGCGGAAU---CGCGUGCUCCAUGCAAACGCUCCAGAUACUGGGCAGCCUGCUGGAGCACGUGAC
------....---......((((---.(((.........))).))))(---(((((((((((.(((..(((.((((...)))))).)..))))))))))))))). ( -39.60)
>DroSec_CAF1 15159 96 - 1
CACCAUCUGG---CUGCACUUCC---UCCGUCUUUUCCUCGACGGAAU---CGCGUGCUCCAUGCAAACGCUCCAGAUACUGGGCAGCCUGCUGGAGCACGUGAC
..((....))---..........---((((((........)))))).(---(((((((((((.(((..(((.((((...)))))).)..))))))))))))))). ( -41.30)
>DroSim_CAF1 14014 96 - 1
CACCAUCUGG---CUGCACUUCC---UCCGUCUUUUCCUCGACGGAAU---CGCGUGCUCCAUGCAAACGCUCCAGAUACUGGGCAGCCUGCUGGAGCACGUGAC
..((....))---..........---((((((........)))))).(---(((((((((((.(((..(((.((((...)))))).)..))))))))))))))). ( -41.30)
>DroEre_CAF1 14993 96 - 1
CGCCAUCUGG---CUGCACUUCC---UCCGCCUCUUCCUCGGGGGAAU---CACGUGCGCCAUGCAAUCGCUCCAGAUACUGGGCAGCCUGCUGGAGCACGUGAC
.(((....))---).....((((---((((.........))))))))(---(((((((.(((.(((..(((.((((...)))))).)..)))))).)))))))). ( -42.50)
>DroYak_CAF1 15303 99 - 1
GGCCAUCUGG---CUGCACUUCCUCCUCCGCCUUUUCCUCGGUGGAAU---CGCGUGCGCCAUGCAAUCGCUCCAGAUAUUGGGCGGCCUGCUGGAGCACGUGAC
((((....))---))...........((((((........)))))).(---(((((((.(((.(((.((((.((((...))))))))..)))))).)))))))). ( -43.70)
>DroAna_CAF1 13840 93 - 1
CGGCCUCGGAUACGGGCACUUCC---G---------GCUCGACGGGAUCGUCGCGUGAGCCAUGCAAUCGCUCCAGAUACUGGGCCGCCUGCUGGAGCACGUGAC
..(((.((....)))))..((((---(---------......)))))..((((((((..(((.(((..((..((((...))))..))..))))))..)))))))) ( -41.70)
>consensus
CGCCAUCUGG___CUGCACUUCC___UCCGUCUUUUCCUCGACGGAAU___CGCGUGCGCCAUGCAAACGCUCCAGAUACUGGGCAGCCUGCUGGAGCACGUGAC
..........................((((((........)))))).....(((((((.(((.(((..(((.((((...)))))).)..)))))).))))))).. (-29.42 = -29.95 +   0.53)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:57:57 2006