Locus 3520

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 11,791,500 – 11,791,610
Length 110
Max. P 0.794289
window5731 window5732

overview

Window 1

Location 11,791,500 – 11,791,610
Length 110
Sequences 6
Columns 113
Reading direction forward
Mean pairwise identity 87.69
Mean single sequence MFE -54.55
Consensus MFE -37.90
Energy contribution -36.35
Covariance contribution -1.55
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -3.95
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.60
SVM RNA-class probability 0.794289
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11791500 110 + 20766785
AUUGGAACACCCGAUGGCCACCGGAAGGCCCCAGGACAGGAGUCUGUGAAGCAGCUACA---CUGCCCAAGGCAGUGCUCCGGCUUUCAGAGCAUGUCCUGGGACGAUUCGGC
(((((.....))))).(((.((....)).(((((((((.(..((((.(((((.....((---(((((...))))))).....))))))))).).))))))))).......))) ( -50.70)
>DroSec_CAF1 11855 110 + 1
AUUGAAACACCCGAUGGCCACCGGAAGGCCCCAGGACAGGAGUCUGUGAAGCAGCUACA---CUGCCCAAGGCAGUGCUCCGGCUUUCAGAGCUUGUCCUGGGACGAUUCGGU
..........((((......((....)).(((((((((((..((((.(((((.....((---(((((...))))))).....))))))))).))))))))))).....)))). ( -51.90)
>DroSim_CAF1 12886 110 + 1
AUUGAAACACCCGAUGGCCACCGGAAGGCCCCAGGACAGGAGUCUGUGAAGCAGCUACA---CUGCCCAAGGCAGUGCUCCGGCUUUCAGAGCUUGUCCUGGGACGAUUCGGC
..........((((......((....)).(((((((((((..((((.(((((.....((---(((((...))))))).....))))))))).))))))))))).....)))). ( -51.70)
>DroEre_CAF1 11932 110 + 1
AUUGGACCACCCGAUGGCCACCGGAUGGCCCCAGGACAGGAGUCUGUGAAGCAGCUGCA---CUGCCCAAGGCAGUGUUCCGGCUUUCAGAGCAUGUCCUGGGACGAUUCGAU
..(((.(((.....)))))).(((((.(.(((((((((.(..((((.(((((....(((---(((((...))))))))....))))))))).).))))))))).).))))).. ( -54.30)
>DroYak_CAF1 11964 110 + 1
AUUGGACCACCCGAUGGCCACCGGAUGGGCCCAGGACAGGAGUCUGUAAAGCAGCUGCA---CUGCCCACGGCAGUGCUCCGGCUUUCAGAGCAUGUCCUGGGACGAUUCGAC
..(((.(((.....)))))).(((((.(.(((((((((.(..((((.(((((....(((---(((((...))))))))....))))))))).).))))))))).).))))).. ( -56.40)
>DroAna_CAF1 14163 113 + 1
AUUGGAGGACCCGACGGCCCCCGGGAGGUCCCAGGACAGAGUUCUGCCAAGGACCGGCACUACUGCCAUCGGCAGAGUUCCGGCUUCCAGAGCGUGUCCUGGGCCCAUCCGGG
......((.((....))))(((((..((.(((((((((..((((((...(((.((((.(((.(((((...)))))))).))))))).)))))).))))))))).))..))))) ( -62.30)
>consensus
AUUGGAACACCCGAUGGCCACCGGAAGGCCCCAGGACAGGAGUCUGUGAAGCAGCUACA___CUGCCCAAGGCAGUGCUCCGGCUUUCAGAGCAUGUCCUGGGACGAUUCGGC
.(((((.(..(((........))).....((((((((((((((.((((.......))))...(((((...))))).))))).((((...)))).)))))))))..).))))). (-37.90 = -36.35 +  -1.55)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 11,791,500 – 11,791,610
Length 110
Sequences 6
Columns 113
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 87.69
Mean single sequence MFE -52.65
Consensus MFE -39.37
Energy contribution -39.37
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -3.25
Structure conservation index 0.75
SVM decision value 0.48
SVM RNA-class probability 0.752859
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11791500 110 - 20766785
GCCGAAUCGUCCCAGGACAUGCUCUGAAAGCCGGAGCACUGCCUUGGGCAG---UGUAGCUGCUUCACAGACUCCUGUCCUGGGGCCUUCCGGUGGCCAUCGGGUGUUCCAAU
((((.(..(((((((((((.(.((((.((((.(..((((((((...)))))---)))..).))))..))))..).)))))))))))..).)))).(((....)))........ ( -49.00)
>DroSec_CAF1 11855 110 - 1
ACCGAAUCGUCCCAGGACAAGCUCUGAAAGCCGGAGCACUGCCUUGGGCAG---UGUAGCUGCUUCACAGACUCCUGUCCUGGGGCCUUCCGGUGGCCAUCGGGUGUUUCAAU
...(((.((((((((((((((.((((.((((.(..((((((((...)))))---)))..).))))..))))))..)))))))))))..((((((....)))))).).)))... ( -49.90)
>DroSim_CAF1 12886 110 - 1
GCCGAAUCGUCCCAGGACAAGCUCUGAAAGCCGGAGCACUGCCUUGGGCAG---UGUAGCUGCUUCACAGACUCCUGUCCUGGGGCCUUCCGGUGGCCAUCGGGUGUUUCAAU
...(((.((((((((((((((.((((.((((.(..((((((((...)))))---)))..).))))..))))))..)))))))))))..((((((....)))))).).)))... ( -49.90)
>DroEre_CAF1 11932 110 - 1
AUCGAAUCGUCCCAGGACAUGCUCUGAAAGCCGGAACACUGCCUUGGGCAG---UGCAGCUGCUUCACAGACUCCUGUCCUGGGGCCAUCCGGUGGCCAUCGGGUGGUCCAAU
............(((((((.(.((((.((((.((..(((((((...)))))---))...))))))..))))..).)))))))((((((((((((....))))))))))))... ( -51.30)
>DroYak_CAF1 11964 110 - 1
GUCGAAUCGUCCCAGGACAUGCUCUGAAAGCCGGAGCACUGCCGUGGGCAG---UGCAGCUGCUUUACAGACUCCUGUCCUGGGCCCAUCCGGUGGCCAUCGGGUGGUCCAAU
........(.(((((((((.(.(((((((((.(..((((((((...)))))---)))..).))))).))))..).))))))))))(((((((((....)))))))))...... ( -54.80)
>DroAna_CAF1 14163 113 - 1
CCCGGAUGGGCCCAGGACACGCUCUGGAAGCCGGAACUCUGCCGAUGGCAGUAGUGCCGGUCCUUGGCAGAACUCUGUCCUGGGACCUCCCGGGGGCCGUCGGGUCCUCCAAU
.((((..((.((((((((..(((..((..(((((.((((((((...))))).))).)))))))..)))((....)))))))))).))..))))(((((....)))))...... ( -61.00)
>consensus
GCCGAAUCGUCCCAGGACAUGCUCUGAAAGCCGGAGCACUGCCUUGGGCAG___UGCAGCUGCUUCACAGACUCCUGUCCUGGGGCCUUCCGGUGGCCAUCGGGUGUUCCAAU
((((....(((((((((((.((((((.....)))))).(((((...)))))........................)))))))))))....)))).(((....)))........ (-39.37 = -39.37 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

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