Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,739,631 – 11,739,751 |
Length | 120 |
Max. P | 0.506938 |
Location | 11,739,631 – 11,739,751 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 77.89 |
Mean single sequence MFE | -36.61 |
Consensus MFE | -22.15 |
Energy contribution | -21.10 |
Covariance contribution | -1.05 |
Combinations/Pair | 1.57 |
Mean z-score | -1.38 |
Structure conservation index | 0.61 |
SVM decision value | -0.05 |
SVM RNA-class probability | 0.506938 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 11739631 120 - 20766785 CGGUGAUCGGCAAGCAGAUCGGUGUUCCACCGGAUGUUAUGGGCUAUAUUACGGCCGCCUUGCCCCUACUUUAUGUUUUAGCCAAACCCUUGGUGGGUUUCCUAGCCGAUUAUUUCACGG .((((((((((.((((..((((((...)))))).))))...(((((......(((......)))...((.....))..)))))((((((.....))))))....))))))))))...... ( -38.60) >DroVir_CAF1 7953 120 - 1 CAGUGAUAGGCAAACAGAUUGGCAUUCCACCAGAUAUUAUGGGCUAUAUAUAUGCCGUAUUGCCCGUUCUCUAUGUGCUUGCCAAGCCCCUCGUUGGCUUUCUGGCCGACUAUUUUAUGG ....((..(((.......((((((...(((.(((....((((((.((((.......)))).))))))..)))..)))..)))))))))..))(((((((....))))))).......... ( -36.01) >DroGri_CAF1 13961 120 - 1 CAGUGAUAGGCAAGCAGAUUGGUAUUCCACCAGACAUUAUGGGCUAUAUAACAGCUGUUUUACCUGUGAUGUAUGUGUUAGCCAAGCCACUUGUUGGCUUUCUGGCUGACUAUUUUAUGG ((..((((((((......(((((.....)))))((((((((((.((...(((....))).)))))))))))).))).((((((((((((.....)))))...))))))))))))...)). ( -35.00) >DroWil_CAF1 28669 120 - 1 CAGUGAUUGGCAAACAGAUUGGUGUACCGCCCGAUGUGAUGGGCUAUAUUACAGCUGUUCUACCUAUACUCUACGUAUUGGCCAAGCCUCUUGUGGGCUUUCUAGCUGAUUACUUUACCG .((((((..((.(((((..(((((((..(((((......))))))))))))...)))))...((.((((.....)))).))..((((((.....))))))....))..))))))...... ( -35.40) >DroMoj_CAF1 15973 120 - 1 CGGUGAUAGGCAAACAGAUUGGCAUACCGCCGGACAUAAUGGGCUAUAUAACCGCCGUCUUGCCGGUACUCUAUGUGUUGGCCAAGCCGCUAGUUGGUUUUUUAGCCGAUUAUUUUAUGG (((((.(((.(((.....))).).)).)))))((.(((((.(((((...((((((((.((((((..(((.....)))..)).)))).))...).)))))...))))).))))).)).... ( -37.40) >DroAna_CAF1 6589 120 - 1 CGGUAAUUGGCAAACAAAUUGGUGUGCCUCCGGAUGUAAUGGGCUAUAUUAUGGCCGUCCUGCCCAUCCUUUAUGUCCUAGCCAAGCCCCUUGUGGGUUUUCUGGCUGAUUACUUUACGG .(((((((((((.((......)).))))...(((((((((((((.................))))))....))))))).((((((((((.....)))))...))))))))))))...... ( -37.23) >consensus CAGUGAUAGGCAAACAGAUUGGUAUUCCACCGGAUAUUAUGGGCUAUAUAACAGCCGUCUUGCCCGUACUCUAUGUGUUAGCCAAGCCCCUUGUGGGCUUUCUAGCCGAUUAUUUUACGG ((((....(((.......(((((.....)))))((((.((((((.................)))))).....))))....)))((((((.....))))))....))))............ (-22.15 = -21.10 + -1.05)
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