Locus 3502

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 11,738,391 – 11,738,591
Length 200
Max. P 0.590753
window5707 window5708

overview

Window 7

Location 11,738,391 – 11,738,511
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.00
Mean single sequence MFE -45.77
Consensus MFE -33.11
Energy contribution -31.92
Covariance contribution -1.19
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -1.50
Structure conservation index 0.72
SVM decision value -0.01
SVM RNA-class probability 0.530387
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11738391 120 - 20766785
UUUCCAGGGCAUUACCUAUGCUCUGUGCUAUACGUGCAUUGUGGCCUACGCCUCGGCGGUGGCUCCUCCGGGAACAUCGGCCACCGUUCAAGGAUUGAUGGCCGGCAUGGACGAUGGACU
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>DroVir_CAF1 6702 120 - 1
CUUCCAGGGCGUUACCUAUGCCCUCUGCUACACUUGCAUUGUUGCCUAUGCUUCGGCAGUGGCACCACCCGGCACCUCAGCCACUGUACAGGGUCUCAUGGCGGGCAUGGACGAUGGGUU
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>DroGri_CAF1 12705 120 - 1
CUUUCAGGGCAUCACAUAUGCCCUUUGCUACACCUGCAUUGUGGCGUACGCAUCGGCAGUUGCUCCACCCGGCACCUCUGCCACCGUUCAGGGACUCAUGGCUGGCAUGGAUGAUGGAUU
.....(((((((.....)))))))..((((((.......)))))).....(((((((((.((((......))))...))))).((((((((..........)))).))))..)))).... ( -38.90)
>DroWil_CAF1 25393 120 - 1
UUUCCAGGGCAUAACCUAUGCUCUCUGUUAUACCUGCAUCGUGGCCUAUGCCUCGGCCGUGGCUCCACCCGGAACUUCGGCCACUGUGCAGGGUCUAAUGGCUGGAAUGGAUGAUGGCUU
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>DroMoj_CAF1 14732 120 - 1
CUUCCAGGGCGUAACCUACGCCCUCUGCUACACUUGCAUUGUGGCCUAUGCCUCGGCCGUGGCCCCGCCCGGCACCUCAGCCACGGUCCAAGGCCUCAUGGCUGGCAUGGACGAUGGGCU
..(((((((((((...)))))))...((((((.......))))))(((((((..(((((((((.((....)).......)))))))))...((((....)))))))))))....)))).. ( -52.60)
>DroAna_CAF1 5355 120 - 1
CUUCCAGGGCAUCACCUAUGCCCUUUGCUACACUUGCAUUGUGGCCUACGCCUCGGCAGUGGCUCCUCCUGGCACUUCGGCUACUGUUCAAGGACUGAUGGCUGGGAUGGACGAUGGUCU
...(((((((((.....))))))...(((((...(((...(.(((....))).).))))))))((((((..((...((((...((.....))..))))..))..))).)))...)))... ( -41.90)
>consensus
CUUCCAGGGCAUAACCUAUGCCCUCUGCUACACUUGCAUUGUGGCCUACGCCUCGGCAGUGGCUCCACCCGGCACCUCGGCCACUGUUCAAGGACUCAUGGCUGGCAUGGACGAUGGACU
..((((((((((.....))))))...((((..((((.((.((((((...(((.(....).))).((....))......)))))).)).))))......)))).....))))......... (-33.11 = -31.92 +  -1.19)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 11,738,471 – 11,738,591
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.33
Mean single sequence MFE -37.00
Consensus MFE -23.05
Energy contribution -22.00
Covariance contribution -1.05
Combinations/Pair 1.43
Mean z-score -2.41
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 0.11
SVM RNA-class probability 0.590753
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11738471 120 - 20766785
UGCUUUUUCUUCUACGCUGUGCGACUGUCGCUGAUCGCCUGGAUUCCCAAUCCCUGGUAUCUGGUGGGCGUGGAGCUCUUUUUCCAGGGCAUUACCUAUGCUCUGUGCUAUACGUGCAUU
(((......(((((((((..(((.....)))....((((.((((..(((.....))).))))))))))))))))).........((((((((.....))))))))..........))).. ( -38.10)
>DroVir_CAF1 6782 120 - 1
UGCUUCUUCUUUUAUGCGGUACGCUUAUCGCUCAUAUCCUGGAUACCAAAUCCCUGGUAUCUAGUGGGCGUGGAGCUGUUCUUCCAGGGCGUUACCUAUGCCCUCUGCUACACUUGCAUU
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>DroGri_CAF1 12785 120 - 1
UGCUUCUUCUUUUAUGCUGUGCGCCUGUCACUCAUUUCAUGGAUCCCGAAUCCCUGGUAUCUGGUUGGCGUGGAGCUCUUCUUUCAGGGCAUCACAUAUGCCCUUUGCUACACCUGCAUU
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>DroWil_CAF1 25473 120 - 1
UGUUUCUUUUUCUAUGCCGUCCGUUUGUCACUCAUCGCUUGGAUACCAAAUCCUUGGUAUUUGGUGGGUGUUGAGCUCUUUUUCCAGGGCAUAACCUAUGCUCUCUGUUAUACCUGCAUC
.............((((.....(((((.(((((((((....((((((((....))))))))))))))))).))))).........((((((((...))))))))...........)))). ( -31.20)
>DroMoj_CAF1 14812 120 - 1
UGCUUCUUCUUCUAUGCAGUGCGGCUGUCGCUCAUCUCCUGGAUACCGAAUCCCUGGUAUCUAGUAGGCGUGGAGCUGUUCUUCCAGGGCGUAACCUACGCCCUCUGCUACACUUGCAUU
.............((((((((..((....((((.(((.((((((((((......)))))))))).)))....)))).........((((((((...))))))))..))..))).))))). ( -45.40)
>DroAna_CAF1 5435 120 - 1
UGCUUCUUUUUCUAUGCGGUGAGACUGUCGUUGAUAGCUUGGAUUCCCAAUCCCUGGUACCUGGUGGGCGUGGAGCUCUUCUUCCAGGGCAUCACCUAUGCCCUUUGCUACACUUGCAUU
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>consensus
UGCUUCUUCUUCUAUGCGGUGCGACUGUCGCUCAUCGCCUGGAUACCAAAUCCCUGGUAUCUGGUGGGCGUGGAGCUCUUCUUCCAGGGCAUAACCUAUGCCCUCUGCUACACUUGCAUU
(((......((((((((.(((.......))).......((((((.(((......))).))))))...))))))))..........(((((((.....)))))))...........))).. (-23.05 = -22.00 +  -1.05)

alignment

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secondary structure

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